During the period of existence of the department more than 740 scientific works (including those that are currently in print) were published. Among them are 301 articles and 7 monographies and chapters in monographies. 4 patents were received.

Main publications:

1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // Int.J.Qunt.Chem. – 2010. – 110, №1. – Р.230-232.
2. Sukhanov S. et al. Structure and hydrogen bonding in polyhydrated complexes of guanine // Structural Chemistry. – 2008. – 19, N 1. – P. 171-180.
3. Березняк Е. Г. и др. Взаимодействие производного актиноцина с различными структурами poly(rC) // Биофизика. – 2007. – 52,  N – С. 812-821.
4. Шестопалова А. В. Связывание производного актиноцина c фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло // Биополимеры и клетка. – 2007. – 23, N – С.35-44.
5. Shestopalova A.V. The investigation of the association of caffeine and actinocin derivatives in aqueous solution: A molecular dynamics simulation // J. Mol. – 2006. – 27, N1-3. – P.113-117.
6. Miroshnychenko K. V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation – 2005. – 31, N. 8. – P. 567–574.
7. Круглова Е.Б., Больбух Т.В., Гладковская Н.А., Близнюк Ю.Н. Связывание антибиотиков актиноцинового ряда с матрицей полифосфата // Биополимеры и клетка. – –  21, №4. – С.358-364.
8. Круглова Е.Б., Гладковская Н.А., Малеев В.Я. Использование метода спектрофотометрического анализа для вычисления термодинамических параметров связывания в системах актиноциновые производные – ДНК // Биофизика. – 2005. – 50, № 2. – С. 253-264.
9. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Спектрофотометрическое исследование связывания берберина и амитозина с тимусной ДНК в присутствии этидиум бромида // Украинский биохимический журнал. – 2005. – Т. 77. – № 4. – С. 74-80.
10. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation. – 2005. – 31, N 8. – P. 567–574
11. Sukhodub L.F., Moska C., Sukhodub L.B., Sulkio–Cleff B., Maleev V.Ya., Semenov M.A., Bereznyak E.G., Bolbukh T.V. Collagen-hydroxyapatite-water interactions investigated by XRD, piezogravimetry, infra-red and Raman spectroscopy // Mol. Structure. – 2004. – 704. – Р.53-58.
12. Veselkov A. N., Maleev V. Ya. , Glibin E. N., Karawajew L., Davies D. B. Structure–activity relation for synthetic phenoxazone drugs. Evidence for a direct correlation between DNA binding and pro-apoptotic activity // Eur. J. Biochem. – 2003. – 270. – P. 4200–4207.
13. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B., Bolbukh T.V, Gasan A.I., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V. Spectroscopic and calorimetric study of DNA interaction with a new series of actinocin derivatives // J. Mol. Structure. – 2003. – 645. – Р.145-158.
14. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B. A spectroscopic and calorimetric study of DNA complexation with a new series of actinocin derivatives (ActII-ActV). В книге: Anti-cancer drug design: biological and biophysical aspects of synthetic phenoxazone derivatives. Editors: A.N.Veselkov, D.D.Davis; SEVNTU press, Sevastopol. – 2002, Р. 47-125.
15. Анищенко Д.Б., Березняк Е.Г., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. Физические механизмы взаимодействия производных актиноцина с ДНК. 8. Моделирование структуры и гидратации производных актиноцина с различной длиной аминоалкильных цепочек // Вісник Харківського університету №568, Біофізичний вісник.  – 2002. – Вып.2 (11). – С.25-29.
16. Maleev V., Semenov M., Kashpur V., Bolbukh T., Shestopalova A., Anishchenko D. Structure and hydration of polycytidylic acid from the data of infrared spectroscopy, EHF dielectrometry and computer modeling // J. Mol.Structure. – 2002. – 605, N1. – Р.51-61.
17. Virnik K.M., Gasan A.I., Maleev V.Ia.,Shestopalova A.V. Energetics of hydration of nucleic acids with various nucleotide composition // Biofizika. – 2002. – 47, №3. – Р.420-426.
18. Shestopalova A.V. Hydration of nucleic acids components in dependence of nucleotide composition and relative humidity: a Monte Carlo simulation // The European Physical Journal D. – 2002. – 20. – Р.331-337.
19. Glibitskij G.M. Electrodynamic model of measurement in dielectrometer cell // Journal of Physics D: Applied physics. – 2001. – 34, N 1. – P.327 -327.
20. Karawajew L., Glibin E.N., Maleev V.Ya., Czerwony G., Droken B., Davies D.B., Veselkov A.N. Role of crown-like side chains in the biological activity of substituted-phenoxazone drugs // Anti-Cancer Drug Design. – 2000. – 15. – P. 331-338.
21. Tolstorukov M.Ye., Maleev V.Ya. Conformational Transitions of DNA induced by changing water content of the samples: a theoretical study // J. Biomol. Struct. Dyn. – 2000. – 17, N5. – Р.913-920.
22. SemenovA., Bereznyak E.G. Hydration and stability of nucleic acids in the condensed state – J. Comments on Mol. Cell. Biophys. – 2000. – 1, N1. – Р.1-23.
23. Kashpur V.A., Semenov M.A., Sagajdakova N.N. Relaxation and spectroscopic manifestations of hydration of poly(rC) // Вісник ХДУ. – № 466, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип. – С. 29-33.
24. Круглова Е.Б., Довбешко Г.И., Красницкая А.А., Карпенко И.А., Алесина М.Ю. Исследование структурных повреждений в молекулах ДНК из гамма-облученных крыс // Вісник ХДУ. – № 450, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип.4. – С.92-95.
25. Вирник К.М., Толсторуков М.Е. Расчеты фрактальных размерностей для различных конформаций ДНК // Вестн.проблем биол. и мед. – 1998. – №2. – С.5-16.
26. Вирник К.М., Корзовская О.В., Лисецкий Л.Н. Термогравиметрический анализ связанных состояний воды в гидратированных системах на основе фосфолипидов и ДНК // Укр.биохим. журнал. – 1998. – № 5б. – С. 534-539.
27. Tolstorukov M.Ye., Virnik K.M. Mathematic Model of Nucleic Acids Conformational Transitions with Hysteresis over Hydration-Dehydration Cycle. Lectures Notes in Computational Sciences and Engineering. V.4., Computational Molecular Dynamics: Challenges, Methods, Ideas. Berlin, Heidelberg, Springer-Verlag, 1998,p.116-128.
28. Толсторуков М.Е., Гасан.А.И, Гаташ С.В., Малеев В.Я. Молекулярные механизмы сорбционного гистерезиса в системе ДНК-вода // Биофизика. – 1997. – 42,№4. – С.844-854
29. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Влияние воды на структурные переходы и стабильность ДНК из perfringes // Биофизика. – 1997. – 42, №3. – С.591-598.
30. Semenov M.A., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. Infrared study of the influence of water on DNA stability in the dependence on AT/GC composition // Journal of Mol. Struct. – 1997. – 408/409. – Р.213-217.
31. Кашпур В.А., Дубовицкая О.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. КВЧ-диэлектрический метод исследования -облученной ДНК // Радиофизика и электроника. – 1997. – 2, №2. – С.153-156.
32. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Гидратация и структурные переходы ДНК из lysodeikticus в пленках // Биофизика. – 1996. – 41, №5. – С.1007-1015.
33. Круглова Е.Б., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Спектрофотометрия комплексов нуклеиновых кислот с красителем пиронином G в качестве теста радиационных повреждений ДНК // Молекул. биология. – 1995. – 29, №1. – С. 125-134.
34. Гасан А.И., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Термические перестройки и гидратация сывороточного альбумина // Биофизика. – 1994. – 39, № 4. – С.588-593.
35. Семенов М.А., Больбух Т.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Гидратация и структурное состояние ДНК из печени крыс, облученных в зоне Чернобыльской АЭС // Радиационная биология. Радиоэкология. – 1994. – 34, № 3. – С.328-335.
36. Больбух Т.В., Корнилова С.В., Капийнос Л.Е., Томкова А., Мишковский П., Благой Ю.П. Изучение методами ИК- и рамановской спектроскопии взаимодействия ДНК с ионами меди // Биофизика. – 1994. – 39,№3. – С.423-437.
37. Семенов М.А., Больбух Т.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я., Мревлишвили Г.М. Гидратация и стабильность В-формы Li-ДНК // Биофизика. – 1994. – 39, №1. С.50-57.
38. Гасан А.И., Красницкая А.А., Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Структурные изменения в ДНК, выделенной из печени крыс разного возраста, находившихся в зоне Чернобыльской АЭС // ДАН Украины. – 1993. – № 4. – С.149-153.
39. Круглова Е.Б., Зиненко Т.Л. Экспериментальные и теоретические исследования образования комплексов ДНК с биологически активными лигандам, содержащими хромофорные группы, в зависимости от ионной силы раствора // Молекул.биология. – 1993. – 27, №3. – С.655-665.
40. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В.А. Физические свойства системы ДНК-вода // Биофизика. – 1993. – 38. – С.768-790.
41. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический анализ поведения растворов ДНК в воде и при низких ионных силах // Биополимеры и клетка. – 1992. – 8, № 1.- С.56-62.
42. Семенов М.А., Малеев В.Я., Березняк Е.Г., Гасан А.И., Больбух Т.В. Гидратация и стабильность комплекса поли(рГ)-поли(рЦ) // Молекул. биология. – 1991. – 25, №6. – С.1626-1634.
43. Веревкин А.Г., Березняк Е.Г., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое изучение влияния низких температур на структуру и гидратацию ДНК // Проблемы криобиологии. – 1991. – №4. – С.5-10.
44. Starikov E.B., Semenov M.A., Maleev V.Ya., Gasan A.I. Evidental study of correlated events in biochemistry: physico-chemical mechanisms of nucleic acids hydration as revealed by factor analysis // Biopolymers. – 1991. – 31, №1. – Р.255-273.
45. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И. Энергетические аспекты гидратации ДНК. // В книге “Равновесная динамика структуры биополимеров.” – М., Наука, 1990
46. GasanI., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136. – Р.171-178.
47. Перский Е.Э., Гимпилевич Б.Г., Гасан А.И., Никитина Н.А., Утевская Л.А. Термостабильность коллагенов типа I и II // ДАН УССР. – 1990. – сер.Б. – С.72-78.
48. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический метод определения параметров кооперативного связывания в системах полинуклеотид-лиганд // Молекул.биология . – 1990. – 24. – с.514.
49. Gasan A.I., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136, № 1. – Р.171-178.
50. Shestopalova A.V. Interaction of caffeine molecular associates with water: theory and experiment // Croatica Chem.Acta. – 1989. – 62, N4. – Р.825-834.
51. Danilov V.I., Shestopalova A.V. Hydrophobic effect in biological associates: a Monte Carlo simulation of caffeine molecules stacking // Int. Journ. Quant. Chem. 1989. – XXXV, N1. – Р.103-112.
52. Гасан А.И., Перский Е.Э., Малеев В.Я., Утевская Л.А. Зависимость термодинамических и механических свойств коллагена крыс от возраста // Биофизика. – 1988. – 33, № 4. – С.772-780.
53. Стариков Е.Б., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое и квантово-химическое изучение гидратации динатриевой соли цитидин-5-монофосфат // Ж.физ.химии. – 1988. – 42, №6. – С2120-2131.
54. Semenov M., Starikov E.B., Bolbukh T.V. Hydration isotherms and structural state of nucleotides and polynucleotides // Studia biophysica. – 1988. – 123, N 4. – P.217-229.
55. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование комплексообразования бромистого этидия с ДНК во влажных пленках методом ИК-спектроскопии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 3. – С.234-243.
56. Семенов М.А., Кашпур В.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации компонентов нуклеиновых кислот методами ИК-спектроскопии и СВЧ диэлектрометрии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 1. – С.18-27.
57. Maleev V.Ya., Kashpur V.A., Glibitsky G.M., et al. Does DNA absorb microwave energy? // Biopolymers. – 1987. – 26. – P.1965-1970.
58. Семенов М.А., Малеев В.Я. Энергетика гидратации ДНК // Биофизика. – 1986. – 31. – С. 764-771.
59. Семенов М.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации двуспирального комплекса полиА-полиУ методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. – 1985. – 30, №4. – С.571-579.
60. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изотермы гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1085. – 30, №3. – С.409-417.
61. Шестопалова А.В., Данилов В.И., Малеев В.Я. Природа стекинга молекул кофеина в воде: изучение методом Монте Карло // Докл. АН СССР. – 1985. – 282. – С.1000-1003.
62. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Влияние концентрации и температуры на взаимодействие пиронина G с полинуклеотидами // Молекул. биология. – 1985. – 19. – С.566-570.
63. Bolbukh T.V., Starikov E.B., Semenov M. The hydration of double-helical poly(rA) films studied by IR-spectroscopy and piezomicrobalance // Studia biophysica. – 1985. – 108, N 1. – P.199-209.
64. Semenov M.A., Bolbukh T.V., Starikov E.B. Infrared-spectroscopic study of the hydration of polyadenilic acid potassium solt films // Studia biophysica. – 1985. – 106, N – P.181-192.
65. Semenov M.A., Bolbukh T.V. Carbonil vibration resonance interactions of helical polynucleotides Poly(dA)Poly(dT) and PolyG-PolyC // Studia biophysica. – 1984. – 102, №3. – P.215-220.
66. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование конформационнозависимых изотерм гидратации ДНК // Биофизика. – 1984. – 29, №3. – С.37-42.
67. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение макромолекул биополимеров по данным СВЧ-диэлектрометрии // Биофизика. – 1984. – 29, № 6. – С.690-691.
68. Щеголева Т.Ю. Гидратация – параметр для определения сортовых отличий зерен пшеницы // Биофизика. – 1984. – 28, № 4. – С.690-691.
69. Шестопалова А.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Гидратация кофеина в растворах по данным СВЧ-диэлектрометрии // ДАН УССР. – 1984. – Серия «Б», №7. – С.79-82.
70. Малеев В.Я. О применимости термодинамического анализа тепловой денатурации сложных белков на основе уравнения Вант-Гоффа // Биофизика. – 1984. – 29, № 1. – С.45-48.
71. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение белка по данным пространственной структуры // Биофизика. – 1983. – 28, №6. – С.937-943.
72. Малеев В.Я., Кашпур В.А. Взаимодействие миллиметровых волн с водными растворами нуклеиновых кислот и их компонентов. В кн. «Эффекты нетеплового воздействия миллиметрового излучения на биологические объекты», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1983, С.163-171.
73. Semenov M., Bolbukh T.V. Investigation of conformation-depending hydration isotherms for DNA // Studia biophysica. – 1982. – 87, №2/3. – P.227-228.
74. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Спектроскопическое проявление взаимодействия пиронин G – полинуклеотид // Молекул. биология. – 1982. – 16. – С.865-870.
75. Малеев В.Я., Кашпур В.А., Щеголева Т.Ю. Диэлектросметрия в миллиметровом диапазоне длин волн как метод исследования взаимодействия биополимеров с водой. В кн. «Нетепловые эффекты миллиметрового излучения», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1981, С.26-41.
76. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я. Гидратируются ли азотистые основания при низкой влажности? // Биофизика. – 1981. – 26. – С.979-984.
77. Sukhorukov B.I., Semenov M.A., Shabarchina L.I., Maleev V.Ya. IR-spectroscopic study of structural transitions of hydrated shell sugar-phosphate chain and nucleic bases of DNA hydrate // Studia biophysica. – 1980.- 79, N1. – P.75-79.
78. Сухоруков Б.И., Семенов М.А., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование структурных превращений сахаро-фосфатной цепи и азотистых оснований гидрата ДНК методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. – 24, № 4. – С.611-619.
79. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование температурной аномалии воды, сорбированной на ДНК, методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. – 24, № 2. – С.210-216.
80. Семенов М.А., Малеев В.Я., Сухоруков Б.И. Исследование стабильности гидрата ДНК методом термогравиметрии // Биофизика. – 1978. – 23, № 6. – С.1097-1098.
81. Гасан А.И., Малеев В.Я. Деспирализация ДНк под влиянием персульфата калия // ДАН УССР. – 1977. – Серия «Б», №6. – С.536-539.
82. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации глобулярных белков дифференциальным диэлактрическим методом // Молек. биология. – 1976. – 10. – С.568-575.
83. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Shchegoleva T.Yu. // Variation of hydration with pH for serum albumin // Studia biophysica. – 1975. – 48b,N – P.97-108.
84. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Диэлектрические измерения гидратации глобулярных белков // ДАН УССР. – 1975. – Серия Б, № 2. – С.150-153.
85. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изучение изотерм гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1975. – 30, №2. – С.409-413.
86. Блок Л.Н., Красницкая А.А., Анохина Г.А., Никитин В.Н. Синтез белка в бесклеточной системе микросомами и рибосомами печени крыс разного возраста // Докл. АН СССР. – 1974. – 217, № 3. – С.726-729.
87. Maleev V.Ya., Gasan A.I. A statistical-mechanical study ofhelix-coil transition in concentrated solutions of polypeptides and proteins // Biopolymers. – 1974. – 13. – P.2409-2422.
88. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации сывороточного альбумина при конформационном N–F – переходе методом СВЧ-диэлектрометрии // Докл. АН СССР. – 1974. – 215. – С.218-220.
89. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
90. Кашпур В.А., Малеев В.Я. Дифференциальный метод измерения в миллиметровом диапазоне длин волн диэлектрометрической проницаемости растворов с большими потерями // Приборы и техника эксперимента. – 1973. – № 3. – С.140-142.
91. Малеев В.Я., Гасан А.И. Концентрационные эффекты при тепловой денатурации веществ белковой природы // Докл. АН СССР. – 1973. – 209. – С.969-972.
92. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
93. Семенов М.А., Малеев В.Я. Изучение ИК методом термоустойчивости альбумина при различной степени его ионизации // ДАН УССР. – 1972. – Серия Б, №12. – С.1095-1097.
94. Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование температурно-концентрационной устойчивости белковых молекул в растворах // Докл. АН СССР. – 1971. – 200, № 3. – С.716-718.
95. Гасан А.И., Малеев В.Я. Калориметрические исследования концентрированных растворов белка // ДАН УССР. – 1971. – Серия Б, №3. – С.241-243.
96. Семенов М.А., Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование процесса термического разрушения фага Т2 и его компонентов методами ИК спектроскопии и адиабатической калориметрии // Докл. АН СССР. – 1971. – 198. – С.1449-1451.
97. Малеев В.Я., Семенов М.А. Гиперхромизм нуклеиновых кислот в инфракрасной области // Биофизика. – 1971. – 16, № 2. – С.389-397.
98. Малеев В.Я., Семенов М.А., Блок Л.Н. Продольный гиперхромный эффект в полинуклеотидах в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. – Серия Б, №5. – С.448-451.
99. Малеев В.Я., Семенов М.А. Температурные разностные спектры растоворов ДНК в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. – Серия Б, №1. – С.73-77.
100. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Спектры поглощения кристаллов азотистых оснований в дальней инфракрасной области // Оптика и спектроскопия. – 1969. – 26, № 1. – С.95-100.
101. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Длинноволновые инфракрасные спектры поглощения кристаллов нуклеозидов // Оптика и спектроскопия. – 1968. – 25, № 1. – С.72-76.
102. Малеев В.Я. О возможности определения нуклеотидной последовательности по спектрам крутильных колебаний оснований // Биофизика. – 1966. – 11, № 3. – С.561-564.
103. Малеев В.Я. Крутильные колебания оснований в нуклеиновой кислоте // Биофизика. – 1965. – 10, № 4. – С.729-734.
104. Малеев В.Я., Тодоров И.Н. О принципиальной возможности определения последовательности нуклеотидов в полинуклеотиде по его колебательному спектру // Биофизика. – 1965. – 10, № 1. – С.221-225.
105. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem– 2010. – 110, №1. – Р.161-176.
106. Fleury V., Al-Kilan A., Boryskina O.P. et al. Introducing the scanning air puff tonometer for biological studies // Phys Rev E. – 2010 – 81(2 Pt 1):021920.
107. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Полиморфизм ДНК и белково-нуклеиновое узнавание // Биополимеры и клетка. – 201 – № 5, Т.26. – С.360-372.
108. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК-лиганд по данным диэлектрометрии // ДАНУ. – 2010. – 10. – C.170-175.
109. Кондакова Г. К., Семко Г.О., Древаль Н.В., Колесніков В.Г., Каменєв Ю.Ю. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro // Дерматология и венерология.- 2010.- №4 (50).- С. 33-37.
110. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Khorunzhaya O.V. Application of differential EHF dielectrometry in molecular biophysics // Telecommunications and Radio Engineering. – 2010. – V.69. – n.16. – P. 1473-1489.
111. Beshnova D.A., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P. A novel computational approach “BP-STOCH” to study ligand binding to finite lattice // – 2011. – V.95. – N.3. – P.208-216.
112. Fleury V., Boryskina O.P., Al-Kilani A. Hyperbolic symmetry breaking and its role in the establishment of the body plan of vertebrates / C. R. Biol. – – V.334.– N.7. – P. 505-515.
113. Iermak Ie. Light-absorption spectroscopy of mutagen – DNA complex: binding model selection and binding parameters calculation / Iermak Ie. // J. Applied Electromagnetism. – 2011. – V.13, N 3. – P. 15-22.
114. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Исследование термической устойчивости нуклеиновых кислот и их структурных компонентов // Биофизика. – 2011. – Т.56, № 3. – С.403-409.
115. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Комплексы белки-ДНК: специфичность и механизмы узнавания // Биополимеры и клетка. – 201 – № 1, Т.27. – С.3-16.
116. Древаль Н.В., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Теличко Т.В. Исследование поверхностного натяжения плазмы крови больных дерматозами с помощью акусто-диэлектрического метода // Дерматология и венерология.- 2011.- № 4.- С. 47-51
117. Глибицкий Г.М., Джелали В.В., Зегря Г.Г., Рошаль А.Д., Мартинов А.В. Исследование межфазных границ, содержащих адсорбированные наночастицы Ag^@N и нанокластеры Ag^@NДНК_N // Вопросы химии и хим. технологии. – 2011. – №4. – С. 162-164.
118. Semenov M.A., Blyzniuk Iu.N., Bolbukh T.V., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P., Maleev V.Ya. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules probed by the methods of vibrational spectroscopy // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. – – 95, N1. – P. 224–229.
119. Glibitskiy G. M. et al. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles // Ukr. Phys. J. – 2012. – 57, N7. – P.695-699.
120. Dukhopelnikov E. V., Bereznyak E. G., Khrebtova A. S., Lantushenko A. O., Zinchenko A. V. Determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimensional DSC curves // J. Therm. Anal. Calorim. – 2013. – 111, N3. – P. 1817–1827.
121. Glibitskiy G. M., Perepelytsya S.M., Volkov S.N. Texture formation in DNA films with alkali metal chlorides // Biopolymers. – 2013. – 99, N – P.508-516.
122. Ponomarenko A.M., Kostina T.V., Blyzniuk I.M., Persky E.E., Semenov M.A. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress // European Researcher. – 2013. – 44, № 3-2. – P.666-672.
123. Солошенко Э.Н., Кондакова А.К., Колесников В.Г., Хмель Н.В., Шевченко З.М., Ярмак Т.П. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61).– С. 32 – 37.
124. Glibitskiy G. Fractal textures of bovine serum albumin films // Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
125. Pesina D. A., Kashpur V. A., Khorunzhaya O. V., Shestopalova A.  Hydration of complexes of chlorophyllin with human and bovine serum albumin investigated by differential EHF dielectrometry // Біофізичний Вісник (Вісник ХНУ) – Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
126. Zhitnikova M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V. Sequence-specific transitions of the torsion angle gamma change the polar-hydrophobic profile of the DNA grooves: implication for indirect protein-DNA recognition // Biomol. Struct. Dyn. – 2014. – V.32. – N 10. – pp. 1670-1685.
127. Шестопалова А. В., Житникова М.Ю., Борискина Е.П. Полиморфизм ДНК и проблема белково-нуклеинового узнавания: монография. — LAP: Lambert Academic Publishing, Saarbrucken, Germany, 2014-03-25, 112 с., ISBN 978-3-659-30140-7.
128. Малеев В. Я. Методы биофизических исследований: монография. — Х.: ХНУ им. В.Н. Каразина, Харьков, 2014. — 457 с., ISBN 978-966-285-102-1.
129. Evstigneev M.P., Shestopalova A.V. Structure, Thermodynamics and Energetics of Drug-DNA Interactions: Computer Modeling and Experiment, pp.21-58, In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine; Series: Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, V. 17; Netherlands. Springer, Springer Science+Business Media Dordrecht, 2014, 550 p. ISBN: 978-94-017-9256-1.
130. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Гладковская Н.А., Хребтова А.С.,Песина Д.А., Хорунжая О.В., Костюков В.В., Евстигнеев М.П. Термодинамика комплексообразования лигандов с нуклеиновыми кислотами в водном растворе: Монография. – М.: Вузовский учебник:  НИЦ ИНФРА-М, 2015. – 166 с. – (Научная книга). ISBN 978-5-9558-0417-0.

Patents:

Main publications (2016-2020)

1. Miroshnychenko K. V., Shestopalova A. V. Molecular Docking of Biologically Active Substances to Double Helical Nucleic Acids: Problems and Solutions, Chapter 5, рр. 127-156; In: Applied Case Studies and Solutions in Molecular Docking-Based Drug Design (Advances in Medical Technologies and Clinical Practice). Publisher:// IGI Global, USA, Hershey PA. – 2016. 367 p. (29,69) – ISBN-10: 1522503625 ISBN-13: 978-1522503620, DOI: 4018/978-1-5225-0362-0 https://www.igi-global.com/chapter/molecular-docking-of-biologically-active-substances-to-double-helical-nucleic-acids/152418
2. Blyzniuk J.N., Semenov M.A., Shestopalova A.V. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic ligands: Monte Carlo simulations results // Structural Chemistry. – 2016. – V.27. – 1. – P.77-89. DOI: https://doi.org/10.1007/s11224-015-0696-3
3. Shestopalova A.V., Pesina D.A., Kashpur V.A., Khorunzhaya O.V. Hydration of DNA-binding biological active compounds: EHF dielectrometry and molecular modeling results // Structural Chemistry. – 2016. – V. 27. – 1. – P.159-173. DOI: https://doi.org/10.1007/s11224-015-0695-4
4. Glibitskiy D.M., Glibitskiy G.M., Semenov M.A., Shestopalova A.V. Textures of BSA films with iron and copper ions // Biophysical Bulletin. – 2016. – V. 36(1). – P. 21-27. https://doi.org/10.26565/2075-3810-2016-35-03
5. Herus, A.A. GladkovskayaN.A., Bereznyak E.G., Dukhopelnikov E.V. Competitive binding of chloropyllin and proflavine to DNA // Biophysical Bulletin. – 2016. – Т. 36(2). – P. 43-50. https://doi.org/10.26565/2075-3810-2016-36-06
6. Soloshenko E. N., Kondakova A. K., Kolesnikov V. G., Khmil N. V., Shevchenko Z. M., Yarmak T. P. Dielectric permeability of erythrocytes under influence of local anesthetic of amides // Dermatology and Venereology. – 2016. – № 2 (72). – С. 83-91.http://idvamnu.com.ua/wp-content/uploads/2016/11/%D0%94%D0%B8%D0%92-%E2%84%962-72.pdf
7. KashpurV.A., KhorunzhayaO. V., PesinaD. A., ShestopalovaA. V., MaleevV. Ya. Hydration effects accompanying the formation of DNA complexes with some ligands // Biophysics. – 2017. – V. 62, N1. – P. 31-37. DOI:https://doi.org/10.1134/S0006350917010092
8. Zhitnikova M.Yu., Shestopalova A.V. Influence of sequence-specific transitions of the torsion angle gamma and deoxyribose conformations on DNA minor groove electrostatic potential // J. Biomol.Struct. Dyn. – 2017. – V.35, N – P.3384-3397. DOI 10.1080/07391102.2016.1255259
9. Glibitskiy D.M., Gorobchenko O.A., Nikolov O.T., Semenov M.A., Shestopalova A.V. Analysis of characteristics of zigzag patterns on the surface of BSA films // Biophysical Bulletin. – 2017. – V. 37(1). – P. 16-29. 10.26565/2075-3810-2017-37-03
10. Zhitnikova M.Yu., Shestopalova A.V. DNA-protein complexation: contact profiles in DNA grooves // Biophysical Bulletin. – 2017. – V. 38(2). – P. 54-65. https://doi.org/10.26565/2075-3810-2017-38-06
11. Khmil N.V., Kolesnikov V.G. Evaluation of permittivity and surface tension of organic and synthetic lubricants // Elektron. – 2017. – № 22(3). – P. 81-85. http://re-journal.org.ua/sites/default/files/file_attach/2017-3/9.pdf
12. Soloshenko E. N., Kondakova A. K., Kolesnikov V. G., Khmil N. V., Shevchenko Z. M., Yarmak T. P. Estimation of sensitisation to domestic allergens by means of EHF-dielectrometry // Dermatology and Venereology. – 2017.– № 4 (78). – P.82-85. http://idvamnu.com.ua/wp-content/uploads/2018/02/DIV4_2017.pdf
13. Glibitskiy D. M. Modeling of protein and salt redistribution during drying of a solution from a square cell // Biophys. Bull. – 2018. – V. 39(1). – P. 55-74. DOI: http://doi.org/10.26565/2075-3810-2018-39-05
14. Glibitskiy D. M., Gorobchenko A, Nikolov O. T., Cheipesh T. A., Roshal A. D., Zibarov A. M., Semenov M. A., Glibitskiy G. M., Shestopalova A.V. Effect of gamma-irradiation of bovine serum albumin solution on the formation of zigzag film textures // Radiation Physics and Chemistry // 2018. – V.144, N 1. – P.231-237. 10.1016/j.radphyschem.2017.08.019
15. Khmil N.V., Kondakova A.K., Soloshenko E.N., Kolesnikov V.G., Shevchenko Z.M., Yarmak T.P., Kamenev Yu.E. Specificities of terahertz radiation effect on blood plasma and erythrocytes membrane resistance of patients with drug disease // Dermatology and Venereology. – 2018.– № 4 – P.57-62. http://nbuv.gov.ua/UJRN/dtv_2018_4_11
16. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Ligand-induced DNA conformational changes in proflavine-minor groove-bound complexes studied by molecular dynamics simulation // Biophysical Bulletin. – – V. 41(1). – P. 5–33. DOI: https://doi.org/10.26565/2075-3810-2019-41-01
17. Glibitskiy D. M., Gorobchenko O. A, Nikolov O. T., Cheipesh T. A., Roshal A. D., Zibarov A. M., Semenov M. A., Glibitskiy G. M., Shestopalova A.V. Method of estimation of the influence of chemical and physical factors on biopolymers by the texture of their films // Radiofiz. Elektron. – 2019. – 24(1). – P.58-68. DOI: https://10.15407/rej01.058
18. Skuratovskaya A., Pesina D., Gladkovskaya N., Bereznyak E., Dukhopelnikov E. «Interaction of superparamagnetic iron oxide nanoparticles with DNA and BSA» // Biophysical Bulletin. – – V. 41(1). – P. 34-40. DOI: https://doi.org/10.26565/2075-3810-2019-41-02
19. Soloshenko E. N., Kondakova A. K., Kolesnikov V. G., Khmil N. V., Shevchenko Z. M., Yarmak T. P. Investigation of sensitization to penicillin G // Dermatology and Venereology. – 2019. – № 2 (84). – P.35-39. http://nbuv.gov.ua/UJRN/dtv_2019_2_8
20. Bereznyak E., Dukhopelnikov E., Pesina D., Gladkovskaya N., Vakula A., Kalmykova T., Tarapov S., Polozov S., Krasnoselsky N., Belous A,. Solopan S. Binding Parameters of Magnetite Nanoparticles Interaction with Anticancer Drug Doxorubicin // BioNanoScience. – 2019. – V. 9, 2. – P.406-413. DOI: 10.1007/s12668-019-00614-2
21. Dukhopelnikov E. V., Pesina D. A., Bereznyak E. G., Gladkovskaya N. A. Calculation from spectrophotometric data of binding parameters of magnetic iron oxide nanoparticles with dyes // J. Appl. Spectr. – 2020. – 87, No. 2. – (Russian Original V. 87, N. 2, March–April, 2020) DOI 10.1007/s10812-020-01000-7
22. Miroshnychenko Kateryna, Shestopalova Anna V. Combined Use of Amentoflavone and Ledipasvir Could Interfere with Binding of Spike Glycoprotein of SARS-CoV-2 to ACE2: The Results of Molecular Docking Study. https://doi.org/10.26434/chemrxiv.12377870.v1 ChemRxiv. https://figshare.com/s/e3c166553af28c42ec01
23. Dukhopelnykov E., Bereznyak E., Gladkovskaya N., Skuratovska A., Krivonos D. Studies of eosin Y – DNA interaction using a competitive binding assay, Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy, 247 (2021) 119114. https://doi.org/10.1016/j.saa.2020.119114