Відділ біологічної фізики (№ 25)

image25
Керівник:  Ганна Вікторівна Шестопалова
Зав. відділом №25
Доктор фіз-мат наук
Старший науковий співробітник
Teл.: (+ 38-057)720-33-37
E-mail: shestop@ire.kharkov.ua

 Портфоліо


Тематика наукових досліджень

В даний час у відділі працюють кілька дослідницьких груп, які вирішують такі завдання:

  • дослідження фізичних механізмів взаємодії біологічно активних речовин з біополімерами, структури яких формуються за участю гідратно-іонного оточення, методами коливальної спектроскопії і пьезогравіметріі (керівники Семенов М.О., Малєєв В.Я.), методом КВЧ діелектрометрії (керівники Кашпур В.А., Малєєв В.Я.);
  • вивчення термодинаміки комплексоутворення нуклеїнових кислот з біологічно активними речовинами методом мікрокалориметрії (керівник Березняк К.Г.) і методом спектрофотометрії в УФ і видимій областях (керівник Гладковська Н.О.);
  • комп'ютерне моделювання структури та енергетики біологічно активних речовин, біполімерів і комплексів біополімери-біологічно активні речовини (керівник Шестопалова Г.В.).

Нові напрямки, що з'явилися у відділі у 2005-2014 рр .:

  • дослідження проблеми білково-нуклеїнового впізнавання (керівник Шестопалова Г.В., виконавці Борискіна О.П., Житнікова (Ткаченко) М.Ю.);
  • вивчення фрактальних властивостей структур біополімерів, що отримано з розчинів при різних значеннях вологості, температури і концентрації біологічно активних речовин (керівник Глибицький Г.М., виконавці Гасан А.Й., Глибицький Д.М.)
  • дослідження механізмів впливу електромагнітних полів гіга- і терагерцового діапазонів на біооб'єкти різного рівня організації (керівник Колесніков В.Г., виконавці Хміль Н.В.)

Історія відділу

Відділ біологічної фізики був створений у січні 1964 року за рішенням Президії АН УРСР на базі пошукової біофізичної групи, яка була організована в 1962 р. при відділі поглинання радіохвиль (ПРВ) з ініціативи В.Я.Малеева та за активної підтримки першого директора ІРЕ А. Я. Усикова (детально ці події описані в статті В.Я. Малєєва «Як починалася і розвивалася біофізика в ІРЕ» в книзі «А.Я.Усіков у спогадах»).

image004

М.В. Келдиш і В.Я. Малєєв на семінарі в ІРЕ, 1964 р.

Спочатку група складалася з трьох осіб (фізики В.Я.Малєєв і Ю.О.Белов та біолог Тодоров І.М.), а до моменту створення відділу збільшилася до семи осіб. Відповідно до рішення про створення відділу біофізики в 1964 р. і після доповіді В.Я. Малєєва на засіданні Президії АН УРСР в 1965 р. Інститутові радіофізики та електроніки для розвитку біофізичних досліджень були виділені додаткові кошти за всіма основними статтями витрат. Це дозволило протягом 1964-1966 рр. збільшити штат співробітників до 23 осіб: з'явилися молоді співробітники з фізико-математичною (Гасан А.Й., Кашпур В.А., Семенов М.О.) і біологічною (Г.О.Анохіна, Л.М.Блок, В.І.Гудзенко, А.А. Красницька) освітою. Вчені ступені мали тільки двоє: кандидат фізико-математичних наук В.Я.Малеев і кандидат біологічних наук І.М.Тодоров. У 1965 році захистила кандидатську дисертацію з біологічних наук Л.М.Блок. Середній вік співробітників в той час не перевищував 27 років.

За час існування відділу в його штаті перебувало близько 75 осіб, хоча чинний склад завжди залишався на рівні 20 (±5). При цьому «ядро» колективу у складі 10-12 осіб було майже незмінним. Кілька співробітників (12 чоловік) виїхали в «далеке зарубіжжя» (США, Ізраїль, Німеччина, Франція, Нідерланди), частина перейшла працювати в інші інститути або в комерційні організації.

Протягом 41 року відділом керував доктор фізико-математичних наук, професор, лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки Малєєв Володимир Якович. З травня 2005 відділом керує Шестопалова Ганна Вікторівна, старший науковий співробітник, в 2005 р ще кандидат фізико-математичних наук.

В даний час у відділі працює 25 співробітників. З них 3 доктори наук (професори Малєєв В.Я., Семенов М.О., с.н.с Шестопалова Г.В.), 11 кандидатів наук (с.н.с Гасан А.Й., Кашпур В.А ., Колесніков В.Г., Березняк К.Г., Глибицький Г.М., Духопельников Є.В., Борискіна О.П., н.с. Хорунжа О.В., Гладковська Н.О., Хміль Н.В., інж. Суханов О.С.,), 5 молодших наукових співробітників (Близнюк Ю.М., Мірошниченко К.В., Хребтова Г.С., Житнікова М.Ю., Песина Д.О.,) , 3 інженера (Брацлавський Ю.Х., Мінакова Є.О., Єгоров Д.С.), 3 аспіранта (Фомін О.В., Глибицький Д.М., Герус А.А.). Співробітники відділу читають курси лекцій на кафедрі молекулярної і медичної біофізики ХНУ ім. В.Н. Каразіна, керують курсовими та дипломними роботами. Завдяки такій діяльності відділ постійно поповнюється випускниками кафедри молекулярної і медичної біофізики ХНУ ім. В.Н.Каразіна та аспірантури ІРЕ НАНУ.

image006

Співробітники відділу біофізики. У перших трьох рядах - прийшли в 1960-70-і рр., У двох останніх - в 1980-2000 рр. У першому ряду зліва найперші співробітники - Малєєв В.Я., Бєлов Ю.О., Тодоров І.М.

image008

Відділу біофізики 10 років (1974): (зліва направо) 1-й ряд - Гудзенко В.І., Кашпур В.А., Шостенко О.Ю .; 2-й ряд - прибиральниця Катя, Красницька А.А., Анохіна Г.О., Малєєв В.Я., Блок Л.М., Ланіна В.О., Фельдман О.Є.; 3-й ряд - Сєчкін В.В., Гімпелевіч Б.Г., Семенов М.О., Щеголева Т.Ю., Герасимов В.М., Гасан А.Й., Веретельник О.В., Больбух Т. В., Суетова В.П.

image010

Відділу біофізики 40 років (2004): (зліва направо) 1-й ряд - Гасан А.Й., Кашпур В.А., Ланіна В.О., Семенов М.О., Малєєв В.Я., Шестопалова Г. В., Круглова О.Б.,; 2-й ряд - Кіріченко О.А., Духопельников Є.В., Сєчкін В.В., Брацлавський Ю.Х., Хорунжа О.В., Аніщенко Д.Б., Мірошниченко К.В., Борискіна О. П., Єрмак Є.Л .; 3-й ряд - Філіпський А.В., Гудзенко В.І., Больбух Т.В., Близнюк Ю.М., Гладковська Н.О., Березняк К.Г., Глибицький Г.М.

Результати, що отримано у відділі біологічної фізики за перші роки роботи, дозволили сформулювати основний напрям його діяльності ‑ вивчення фізичних принципів будови і властивостей найважливіших біологічних макромолекул - білків і нуклеїнових кислот. В даний час цей напрям сформульовано більш конкретно: дослідження механізмів впливу біологічно активних речовин і електромагнітних полів гіга- і терагерцового діапазонів на біополімери, біомембрани, клітини. Для виконання досліджень у відділі створено комплексний підхід, що представляє собою використання декількох експериментальних методів (спектроскопія в УФ і видимій областях, коливальна спектроскопія, пьезогравіметрія, КВЧ діелектрометрія, диференціальна скануюча мікрокалориметрія) і методів комп'ютерного моделювання (квантово-хімічні розрахунки, методи Монте Карло, молекулярного докінгу та молекулярної динаміки), за допомогою якого у відділі отримують взаємодоповнюючі дані про структурні та термодинамічні параметри біополімерів в залежності від зміни зовнішніх умов. До початку 2000-х співробітниками відділу був завершений великий цикл досліджень, аналіз результатів яких дозволив сформулювати загальну концепцію: молекули води є необхідним компонентом структури біомакромолекул, визначають їх стабільність і конформаційну динаміку.

Одним з актуальних напрямків у сучасній молекулярної біофізики, що має наукову і практичну значимість, є прогнозування на молекулярному рівні дії лікарських препаратів, яке передбачає вміння визначати фізично-хімічні параметри взаємодії таких сполук з біологічної молекулою-мішенню. В даний час у відділі біологічної фізики вивчаються фізичні механізми взаємодії нуклеїнових кислот і біологічно активних речовин з урахуванням гідратного оточення для визначення кореляції між фізичними параметрами взаємодії в системі ДНК-біологічно активні речовини та активністю досліджуваних сполук. Аналіз всієї сукупності результатів дозволяє отримати детальне уявлення про молекулярні механізми біологічної активності досліджуваних сполук і сформулювати рекомендації по синтезу нових речовин з ефективною і спрямованою фармакологічною дією.

40_25

Основні результати відділу за весь час

За науковими напрямками були отримані наступні основні результати:

  • Показано принципову можливість визначення послідовності нуклеотидів у нуклеїновой кислоті на основі аналізу зв'язаних крутильних коливань азотистих основ. Отримано і інтерпретовано спектри кристалічних основ і нуклеозидів в далекій інфрачервоній області. Вперше виявлено гіпохромізм ДНК на коливальних рівнях на смугах поглинання подвійних і кратних зв'язків азотистих основ.
  • Проведено дослідження термодинамічних і структурних параметрів біополімерів при їх тепловій денатурації. За допомогою методів адіабатичної калориметрії і інфрачервоної спектроскопії показано, що процес термічної денатурації глобулярних білків у нормальних фізіологічних умовах не є простим переходом типу глобула-клубок. Цей процес супроводжується руйнуванням гідратної оболонки білка і виникненням внутрішньо- і міжмолекулярних контактів, поява яких призводить до незворотності структурного переходу і зменшує сумарний енергетичний ефект. З'ясовано, що на відміну від білків, взаємодія між молекулами ДНК в концентрованих розчинах має ентропійну природу.
  • Виконано великий цикл досліджень для з'ясування структури і стабільності гідратного оточення білків і нуклеїнових кислот з використанням спеціально розроблених експериментальних фізичних методів (діелектрометрія в мм діапазоні, інфрачервона спектроскопія вологих плівок, пьезогравіметрія і диференціальна скануюча мікрокалориметрія систем біополімер-вода). Показано, що конформаційні переходи в білках і нуклеїнових кислотах супроводжуються істотними змінами в гідратному оточенні біополімерів. Встановлено, що основний енергетичний ефект в конформаційних переходах викликаний взаємодією з водою. Ці результати дозволили зробити висновок про вирішальну роль води в стабілізації структури ДНК.
  • Поряд з експериментальними дослідженнями за допомогою методів комп'ютерного моделювання - методів Монте Карло та молекулярної динаміки було проведено теоретичний аналіз гідратації біологічно активних речовин, нуклеїнових кислот. Побудовано нелінійні моделі гідратаційних А«В переходів в ДНК, які спостерігаються при зміні вмісту води в зразках.
  • Вивчено структурні та енергетичні особливості взаємодії ДНК з біологічно активними речовинами (мутагенами, лікарськими препаратами), у тому числі з новосинтезованими антибіотиками типу актиноцину. Сформульовано найбільш ймовірні механізми такого комплексоутворення, що враховують вплив водного оточення, та визначено умови, за яких істотно змінюється термостабільність ДНК у присутності біоактивних агентів.
  • На основі результатів дослідження діелектричних властивостей білків, нуклеїнових кислот та їх компонентів в мм і см діапазонах довжин хвиль, що виконано за допомогою оригінального диференційного діелектрометра, запропоновано молекулярні механізми взаємодії біомолекул з електромагнітними випромінюваннями цих діапазонів.
  • За допомогою спектроскопічних методів, КВЧ діелектрометрії і гель-електрофорезу виявлено зміни в структурі ДНК і її гідратного оточення під впливом іонізуючого випромінювання в модельних експериментах при гамма-опроміненні системи ДНК-вода і в експериментах з ДНК, виділеної з лабораторних тварин, які перебували під впливом радіації в зоні Чорнобильської АЕС.
  • Проведено дослідження з вивчення гідратації колагену, процесів мінералізації колагену і утворення комплексів мінералізованого колагену з титаном для з'ясування оптимальних умов формування таких систем при використанні у клінічній практиці.

Наукові результати

2005

Анотація виконання річного плану НДР «Спіраль»

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Виконано спектрофотометричні дослідження у видимій та УФ- областях взаємодії біологічно активних препаратів: нуклеозиду 6AZC з тимусною ДНК у присутності похідного актиноцинового антибіотика ActII та бромистого етидія (ЕБ) (як конкуруючих лігандів); а також ActII з односпіральною поліадениловою кислотою poly(dA) при різних співвідношеннях концентрацій реагуючих компонентів.

На підставі аналізу кривих титрування сумішей 6AZC – ДНК – ActII та  6AZC – ДНК – ЕБ, які були отримані у видимій області спектру, зроблено висновок, що 6AZC взаємодіє з ДНК за допомогою інтеркаляції і, таким чином, є конкурентом ActII та ЕБ при їх зв’язуванні з ДНК. Показано, що у присутності 6AZC змінюються концентраційні залежності спектрів поглинання ActII та ЕБ з ДНК.

На підставі аналізу кривих титрування сумішей Act II - poly(dA), які були отримані  у видимій області спектру при рН =6,86, зроблено висновок, що Act II взаємодіє з poly(dA) з утворенням як мінімум двох типів комплексів.

За допомогою програм оптимізації DALSMOD проаналізовано різні теоретичні моделі зв’язування та отримані попередні дані про величини термодинамічних параметрів зв’язування Act II з poly(dA)  (К1~104 М-1, К2~105 М-1) та 6AZC з ДНК (К~103 М-1).

Виконавці – с.н.с. Круглова О.Б., м.н.с. Гладковська Н.О., асп. Єрмак Є.Л.

  1. За допомогою комп’ютерного моделювання (молекулярний докінг, методи Монте Карло) виконано розрахунки параметрів взаємодії похідного актиноцинового антибіотику ActIII з фрагментами двоспіральної полірибоцитиділової кислоти (poly(rС))

На підставі аналізу результатів молекулярного докінгу та експериментальних даних про комплексоутворення похідного актиноцину (АctIII) та двоспіральної полірибоцитиділової кислоти (poly(rС)) отримано п¢ять структур комплексів АctIII – poly(rC), у яких енергії взаємодії мішень-ліганд мінімальні, а комплекси стабілізуються міжмолекулярними водневими зв¢язками. В утворенні водневих зв¢язків з боку poly(rC) приймають участь групи цитозину та/або атоми кисню сахарофосфатного остову, а з боку АctIII - NH2, С=О, NH-групи феноксазонового хромофору і бокових аміноалкільних радикалів. За допомогою методу Монте Карло визначено вплив розчинника – молекул води на структуру комплексів, що були отримані за допомогою молекулярного докінгу. Показано, що розчинник має можливість додатково стабілізувати комплекси полінуклеотидної мішені та ліганду за допомогою молекул води, що утворюють „містки” між донорно-акцепторними групами мішені та ліганду. Запропоновано одну з молекулярних моделей як найбільш ймовірну щодо структури комплексу АctIII – poly(rC.)

Виконавці – с.н.с. Шестопалова Г.В., асп. Мірошніченко К.В.

  1. Методами Раман спектроскопії та спектрофотометрії у видимій області виконано дослідження комплексоутворення похідного актиноцинового ряду ActIII з двоспіральною poly(rC) у широкому інтервалі значень P/D. Чисельний аналіз спектрофотометричних концентраційних залежностей дозволив встановити інтервали P/D (P – молі фосфату, D – молі ліганду), в яких переважають комплекси з різними типами зв'язування лігандів (мономерно зв'язаний і агрегований) з двоспіральною структурою poly(C). На основі отриманих Раман спектрів комплексів ActIII-poly(C)·poly(C+) визначено групи атомів ліганду ActIII, що беруть участь в утворенні комплексів з полінуклеотидною матрицею по типу зовнішнього зв'язування.

Виконавці – с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Круглова О.Б., с.н.с. Семенов М.О.

  1. Методами НВЧ діелектрометрії, гель електрофорезу та ІЧ спектроскопії вивчено вплив гамма опромінення на комплекс ДНК – кофеїн. Показано, що комплексоутворення приводить до зміни діелектричних параметрів і дегідратації компонентів - молекул ДНК та кофеїну. Встановлено, що у випадку комплексу радіація не спричиняє, на відміну від опромінення ДНК, руйнування гідратного хребта ДНК і не впливає на ступінь полімерності нативної ДНК. Аналіз результатів встановив, що основні елементи структури ДНК у комплексі зберігаються при впливі радіації. Цей висновок свідчить про захисні властивості кофеїну.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В., с.н.с. Красницька А.А.

  1. Виконано комплексне порівняльне дослідження особливостей гідратації та конформаційних переходів наступних колагенових структур: 1) колагену I типу з шкіри теляти фірми Sigma, 2) модельного колаген-подібного політрипептиду poly(Pro-Gly-Pro) фірми Sigma, 3) колагену I типу, мінералізованого in vitro. Мінералізацію колагену проведено з використанням методики, яка дозволяє одночасне формування нанокристалів гідроксиапатиту та фібрилоутворення колагену. Для вивчення особливостей гідратації застосовували ІЧ спектроскопію та п’єзогравіметрію плівок зразків в умовах широкого діапазону значень відносної вологості в атмосфері легкої та важкої води. Виявлено, що для колагенових структур в інтервалі 0-70% відносної вологості є характерним міцне зв’язування 3-4 молекул води на один трипептид -(Gly-Х-Y)-, та одночасне зміцнення міжпептидних водневих зв’язків; ці процеси супроводжуються низькочастотним зсувом смуги поглинання Амід I та високочастотним – смуги Амід II. На основі отриманих експериментальних даних розраховано енергії гідратації колагенових структур та енергиії міжпептидних водневих зв’язків. Мінералізація колагену не призводить до помітних змін спектральних параметрів смуг поглинання Амід I та Амід II.

Проведено розрахунок частотних зсувів валентних коливань СО - груп, до яких призводять динамічні резонансні взаємодії карбонільних коливань атомів в колагенових структурах (Gly-Pro-Hyp)2-Gly-Phe-Hyp-Gly-Glu-Arg-(Gly-Pro-Hyp)3 та (Pro-Hyp Gly-)3-Ile-Thr-Gly-Ala-Arg-Gly-Leu-Ala-Gly-(Pro-Hyp-Gly)4 в диполь-дипольному наближенні на підставі теорії молекулярних екситонів. Розраховано спектральні параметри основних компонентів тонкої структури смуги Амід I ІЧ Фур’є спектру природного колагену і зроблено їх віднесення.

Виконавці – м.н.с. Мележик О.П., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Семенов М.О.

  1. З використанням методики скануючої мікрокалориметрії проведені дослідження впливу пірідоксину (вітамін В6) на термостабільність вторинної структури ДНК. Показано, що цей ліганд при взаємодії з ДНК призводить до значного зростання, в залежності від концентрації, температури плавлення (Тпл) та енергії (ΔНпл) структурного переходу. Причини такої дії пірідоксину з’ясовуються.

Виконавці – с.н.с. Гасан А.Й., м.н.с. Філіпський А.В.

Анотація виконання річного плану НДР «Структура»

Розроблено нову методику оцінки термодинамічних параметрів зв’язування  лігандів з ДНК, що враховують утворення як мінімум двох типів комплексів та різницю в температурних залежностях констант зв’язування лігандів з ДНК. Придатність цієї методики до розрахунку термодинамічних параметрів зв’язування DH, DS, DG та оцінки зміщення температур плавлення сумішей (DTm) ліганд-ДНК було перевірено на системах похідне актиноцину Асt II з молекулами ДНК різного АТ-, ГЦ- складу, та з молекулами одно- та двоспіральної poly(rC). Також проведено температурні дослідження взаємодії біологічно активного нуклеозиду 6-азацитозіну (6AZC) з нативними та опроміненими молекулами ДНК.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Гасан А.Й., м.н.с. Гладковська Н.О., н.с. Духопельников Є.В., с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Круглова О.Б., с.н.с. Малєєв В.Я., с.н.с. Семенов М.О., с.н.с. Шестопалова Г.В.


2006

Анотація виконання річного плану за НДР «СПІРАЛЬ» (2004-2006 рр.)

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Проведено детальні спектрофотометричні дослідження зв'язування бромистого етидія (ЕБ) з ДНК. Встановлено, що він утворює з ДНК як мінімум два типи комплексів, для яких розраховано молярні коефіцієнти екстинкції, константи і величини місць зв'язування. Показано, що зв'язування ЕБ з ДНК при високих заповненнях матриці призводить до змін структури ДНК.

Проведено спектрофотометричне дослідження конкурентного зв'язування цитозину та його аналогів з ДНК у присутності ЕБ. Показано, що немодифіковані цитидинові аналоги (цитидин і AraС) не конкурують з ЕБ за місця зв'язування на ДНК, але призводять до змін ходу кривих титрування ЕБ. При зв'язуванні цитидина і AraС з ДНК взаємодія може відбуватися по тим групам основ ДНК, що не беруть участь у зв'язуванні з ЕБ, тому вони не є безпосередніми конкурентами ЕБ, але створюють стеричні перешкоди для його зв'язування з ДНК. Модифіковані цитидинові аналоги (6AZC, AZAfur і AZAxyl), що мають активну азагрупу в цитозиновому кільці, конкурують з ЕБ за місця зв'язування на ДНК по типу інтеркаляції. Визначено константи зв'язування 6AZC, AZAfur і AZAxyl з ДНК. Величина місця зв'язування 6AZC, AZAfur і AZAxyl з ДНК порядку однієї основи на молекулу ліганду, що свідчить про відсутність АТ-, GC- специфічності цих лігандів. У взаємодії 6AZC, AZAfur і AZAxyl з ДНК можуть бути задіяні азагрупи нуклеозидів і аміногрупи основ ДНК.

Виконавці – с.н.с. Круглова О.Б., н.с. Гладковська Н.О., асп. Єрмак Є.Л., асп. Мінакова Є.О.

  1. Методом Монте Карло виконано комп’ютерне моделювання взаємодії фрагментів ДНК та похідного актиноцину (ActIІ) при співвідношенні ліганд - мішень 1:1 та 2:1 з урахуванням водного оточення. Отримано низькоенергетичні структури комплексів, що становлять найбільш вірогідні молекулярні моделі двох типів комплексів – зв’язування ActIІ у малому жолобі та інтеркаляція ActIІ у GC-сайт. Розраховано енергетичні та структурні параметри комплексів. Показано, що молекули води вносять додаткову стабілізацію за рахунок утворення водних мостиків між донорно-акцепторними групами фрагментів ДНК та лігандів. Визначено можливі розміри місць зв’язування ActIІ у малому жолобі, які дорівнюють 3-4 парам основ на молекулу ліганду. При інтеркаляції молекул ActII в GC-сайт розміри місць зв’язування мають бути більше 4 пар основ на молекулу ліганду.

Виконавці – с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. За допомогою методу комбінаційного розсіювання було досліджено особливості комплексоутворення з ДНК актиноцинових похідних з різною довжиною бічних ланцюгів, а також похідного, що відрізняється побудовою кінцевих груп, в яких метильні групи третинних амінів замінено атомами водню. Усі Раман спектри було отримано для сумішей ліганд-ДНК, в яких переважає кожен з можливих типів комплексів: при P/D10 – більша кількість комплексів II типу (інтеркаляція).

На підставі літературних даних щодо нормальних коливань феноксазонового хромофору та характеристичності Раман смуг і виконаних нами раніш Раман спектроскопічних досліджень похідних актиноцину в вільному стані та в комплексі з різними полінуклеотидними матрицями було зроблено віднесення частот Раман спектрів основних функціональних груп лігандів. Методом Раман спектроскопії було визначено основні групи атомів актиноцинових похідних, які беруть участь в утворенні різних типів комплексів (інтеркаляція та зовнішнє зв’язування) з полінуклеотидними матрицями.

Виконавці – с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Круглова О.Б., с.н.с. Семенов М.О.

  1. Методом диференційної НВЧ діелектрометрії отримані значення комплексної діелектричної проникності комплексу ДНК – спермін в нативному і підданому гама опроміненню станах. Показано, що сумарний ступень гідратація комплексу є сумою ступенів гідратацій компонент. Кількість зв'язаної води залишається незмінною після опромінення, що вказує на відсутність істотних пострадіаційних змін у гідратній оболонці ДНК і збереженні основних елементів її структури. Методом електрофореза знайдено, що радіаційний вплив приводить до фрагментації ДНК як у складі комплексу зі сперміном, так і у відсутності ліганду. Але у першому випадку діапазон довжин фрагментів значно менше, що говорить про перехоплювання продуктів радіолізу води і свідчить про частковий захист структури ДНК від ушкоджень.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В., с.н.с Красницька А.А.

  1. Отримано Раман спектри політрипептиду poly(Gly-Pro-Pro) та колагену I типу в розчинах оксиду дейтерію. Частоти валентних карбонільних коливань типу А, які призводять до появи смуг у Раман спектрі, розраховані згідно з моделлю слабо зв’язаних осциляторів, у рамках теорії збурень для поліпептидних структур з врахуванням динамічних резонансних взаємодій диполів переходу. Розраховані частоти добре узгоджуються з експериментальними частотами смуги Амід I в Раман спектрах. На основі розрахунків зроблені віднесення частот компонент смуги Амід I в експериментальних Раман спектрах водних розчинів політрипептиду poly(Gly-Pro-Pro) та колагену I типу.

За допомогою метода п’єзогравіметрії було отримано ізотерми гідратації тонких плівок poly(Gly-Pro-Pro) та колагену I типу. На підставі моделі адсорбції води Д’Арсі і Ватта отримано кількісні характеристики внутрішнього та зовнішнього шарів гідратної оболонки досліджуваних молекул, що мають структуру потрійної спіралі, та розраховано теплоти сорбції води у шарах Ленгмюра, Генрі та мультишарі. Значення повної ентальпії гідратації для poly(Gly-Pro-Pro) та колагену I типу складають відповідно –10.9 and –12.2 кДж/моль фрагменту – Gly-X-Y-. З урахуванням енергетичних характеристик гідратації poly(Gly-Pro-Pro) та колагену I типу, а також отриманих раніше кількісних оцінок прямих ентальпії пептид-пептидних водневих зв’язків у колагенових білках, зроблені оцінки відносних внесків енергій різних типів взаємодій в загальну енергію стабілізації триспіральних структур колагенового типу.

Виконавці – м.н.с. Мележик О.П., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Семенов М.О.

Анотація виконання річного плану за НДР «Структура»

  1. Методами диференційної скануючої мікрокалоріметрії, спектрофотометрії у видимій та ультрафіолетовій областях виконано дослідження взаємодії похідного актиноцину ActІІІ з одно- та двоспіральною poly(rС). Розраховано параметри комплексоутворення ActІІІ з poly(rС). Визначено, що взаємодія похідного актиноцину ActІІІ з poly(rС) призводить до зменшення температури, ентальпії та ентропії плавлення poly(rС) у порівнянні з вільним полінуклеотидом. Показано, що основною причиною зменшення термодинамічних параметрів плавлення poly(rС) є конформаційні зміни матриці, викликані взаємодією з лігандом Act ІІІ.

Проведено молекулярно-динамічне моделювання різних спіральних форм poly(rС) в пакеті AMBER 8 з явним урахуванням іон-гідратного оточення. Отримано молекулярно-динамічні траєкторії для односпіральної poly(rС) (довжина фрагменту – 10 цитозинів) та двох топологій (5’Е та 3’Е) чотириспіральної poly(rС) (довжина фрагментів – два двоспіральних фрагмента по 5 пар нуклеотидів). Структура двоспіральної poly(rС) для відносно коротких фрагментів (12, 24 та 48 пар цитозинів) виявилась нестабільною і зруйнувалася в процесі моделювання. Проведено аналіз отриманих траєкторій за допомогою методу істотної динаміки, та зроблено оцінки внутрішньомолекулярних ентропій в квазігармонічному наближенні. Виявлено, що зі спіральних форм poly(rС) найбільш гнучкою є односпіральна форма, а найбільш жорсткою - 5’Е топологія чотириспіральної poly(rС).

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Гасан А.Й., н.с. Гладковська Н.О., н.с. Духопельников Є.В., с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Круглова О.Б.,  с.н.с. Малєєв В.Я., с.н.с. Семенов М.О., с.н.с. Шестопалова Г.В., асп. Мірошніченко К.В., асп. Хребтова Г.С.


2007

Анотація виконання річного плану за НДР „МОДЕЛЬ” (2007-2011рр.)

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Проведено спектрофотометричне дослідження зв’язування теофіліну з тимусною ДНК в присутності конкуруючих лігандів. В якості конкуруючих лігандів були обрані сполуки, що поглинають у видимій області спектру та взаємодіють з ДНК з утворенням різних типів комплексів – похідне актиноцину ActII та бромистий етидій. Показано, що константи зв’язування теофіліну з ActII (943±124 М-1) та бромистим етидієм (177±36 М-1) значно більші, ніж кофеїну в комплексах з тими ж лігандами. За допомогою програм оптимізації спектрофотометричних концентраційних залежностей DALSCOMP та COMPHET отримані константа (185±20 М-1) та величина місця зв’язування (n=1) теофіліну з ДНК. На основі проведених досліджень зроблено висновок про більшу активність теофіліну ніж кофеїну як акцептора ароматичних молекул лігандів у розчині. Це необхідно враховувати при одночасному використанні цих лікарських препаратів в медицині та біології. Комплекс програм по обробці експериментальних даних має застосування при вивченні конкурентного зв¢язування різних типів лікарських сполук, які взаємодіють з ДНК. Отримані результати можуть бути використані для рекомендацій при застосуванні комбінованої хіміотерапії.

Виконавці – н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Єрмак Є.Л., асп. Мінакова Є.О., с.н.с. Круглова О.Б.

  1. Методом ДСК проведено дослідження впливу похідного актиноцину ActIII на термодинамічні параметри плавлення salmon testes ДНК. Запропоновано методи розрахунку термодинамічних параметрів зв’язування лігандів з ДНК за даними ДСК. Показано, що при використанні моделі, яка заснована на рівняннях хімічних рівноваг, необхідно враховувати розмір кооперативної одиниці плавлення ДНК, величину місця зв’язування ліганду та залежність константи зв’язування від температури. Уточнення, що були внесені до традиційної моделі розрахунку термодинамічних параметрів взаємодії лігандів з ДНК за даними ДСК, дозволяють більш коректно обчислювати такі параметри при мультимодальному зв¢язуванні лігандів.

Виконавці – с.н.с. Круглова О.Б., с.н.с. Березняк К.Г., н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Проведено дослідження впливу послідовності на структуру та динаміку додекамерів нуклеїнових кислот за допомогою методу молекулярно-динамічного моделювання. Створено базу молекулярно-динамічних траєкторій додекамерів ДНК, що можуть бути використані в якості мішеней для біологічно активних сполук. Методом гнучкого докінгу були отримані найбільш імовірні комплекси похідного протипухлинного антибіотика актиноміцину D з несиметричними боковими ланцюгами (АctIII-II) та фрагментів ДНК різної послідовності для зв'язування за типом інтеркаляції та зв'язування в борозенках подвійної спіралі ДНК. Отримані результати дозволять моделювати молекулярні комплекси аналогів протипухлинних антибіотиків з різними за нуклеотидним складом сайтами зв¢язування ДНК.

Виконавці – м.н.с. Мірошніченко К.В., с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. З використанням теорії молекулярних екситонів та ІЧ спектрів поглинання двониткових полінуклеотидів poly(rА)-poly(rU), poly(rG)-poly(rC) та poly(dA)-poly(dT), що були отримані раніше, у диполь-дипольному наближенні проведений розрахунок резонансних взаємодій валентних карбонільних (С=О) та внутрішнокільцевих (C=N) коливань азотистих основ. На основі зроблених розрахунків досліджено рухливість азотистих основ у процесі структурних перебудов полінуклеотидів, що викликані гідратацією. Показано, що в сухому стані двониткові полінуклеотиди знаходяться у формі, що незначною мірою відрізняється від двоспірального стану. Отримані результати дозволяють описати молекулярні механізми динаміки азотистих основ при структурних перебудовах ДНК.

Виконавці – с.н.с. Семенов М.О., н.с. Борискіна О.П., с.н.с. Малєєв В.Я.


2008

Анотація виконання річного плану за НДР „МОДЕЛЬ” (2007-2011рр.)

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Методами диференційної скануючої калориметрії (ДСК) та спектрофотометрії досліджено взаємодію профлавіну (Pf) з тимусною ДНК. Показано, що профлавін утворює на матриці ДНК як мінімум 3 типи комплексів. При високих значеннях співвідношення концентрацій ДНК та ліганду (P/D) утворюється два комплекси по типу інтеркаляції. В першу чергу Pf інтеркалює в GC пари. При низьких значеннях P/D Pf взаємодіє з ДНК по типу зовнішнього зв’язування. Зі спектрофотометричних концентраційних залежностей розраховано параметри комплексоутворення Pf з ДНК. За допомогою методу ДСК отримано термодинамічні параметри плавлення ДНК у складі цих комплексів.

Виконавці –с.н.с. Круглова О.Б., с.н.с. Березняк К.Г., н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., асп. Хребтова Г.С.

  1. Методами спектроскопії комбінаційного розсіяння світла та спектрофотометрії у видимій області досліджено особливості комплексоутворення бромистого етидия (ЕБ) з тимусною ДНК при високих та низьких співвідношеннях концентрацій біополімер/ліганд. Показано, що зв’язування ЕБ з ДНК здійснюється за типом інтеркаляції та зовнішнього зв’язування. З аналізу спектрів комбінаційного розсіяння комплексів встановлено, що аміногрупи ЕБ формують водневі зв’язки з акцепторними групами атомів полінуклеотидної матриці ДНК в обох типах комплексів. Низька ступінь заповнення ДНК лігандом не змінює В-форму ДНК, а висока призводить до конформаційного В-А переходу.

Виконавці – м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Гасан А.Й., с.н.с. Семенов М.О., м.н.с. Филипський А.В.

  1. За допомогою методу диференційної НВЧ діелектрометрії знайдені діелектричні параметри водних розчинів профлавіну, мірицетину, комплексів ДНК – профлавін і ДНК - мірицетин. На основі отриманих даних визначений і проаналізований стан гідратної оболонки досліджених речовин. Показано, що зміни у гідратації при комплексоутворенні ДНК з профлавіном і мірицетином дають суттєвий внесок у стабілізацію комплексів.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В.

  1. Розглянуто три моделі побудови інтеркаляційного сайту на молекулі-мішені – ДНК, які враховують особливості вбудови різних за структурою інтеркаляторів: етидію броміду, дауноміцину та 9-аміно-ДАКА. За допомогою молекулярного моделювання методами молекулярного докінгу та молекулярної механіки з неявним урахуванням розчинника показано, що при побудові інтеркаляційної мішені достатньо урахувати тільки найбільш суттєве розкручування подвійною спіралі ДНК в інтеркаляційному сайті (для етидія та 9-аміно-ДАКА) або у сусідній парі (парах) основ (для дауноміцину). Зафіксовано також конформаційні перебудови сахарів та асиметрія їх конформацій біля сайту інтеркаляції. Виявлено вплив послідовності основ ДНК на загальний сумарний кут розкручування ДНК-мішені.

Виконавці – с.н.с. Шестопалова Г.В., м.н.с. Мірошніченко К.В., інж. Суханов О.С.

  1. Створено базу даних ProtNA-ASA, доступ до якої в Інтернеті є вільним (www.protna.bio-page.org). База даних містить систематизовану інформацію про конформаційні параметри та площі доступної поверхні атомів нуклеїнових кислот у складі білково-нуклеїнових комплексів. Інформація з бази даних ProtNA-ASA дозволяє виконувати статистичний порівняльний аналіз структури вільної ДНК та ДНК у комплексах з білками. Такий аналіз суттєво розширює уявлення про молекулярні механізми непрямого білково-нуклеїнового впізнавання.

Виконавці – асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискіна О.П., с.н.с. Шестопалова Г.В.


2009

Анотація виконання річного плану за НДР „МОДЕЛЬ” (2007-2011рр.)

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Методами флюоресценції та спектроскопіі досліджено взаємодію профлавіну (Pf) з матрицями рolyA-polyU, polyG-polyC та ДНК з тимусу теляти. За експериментальними даними спектрофотометричного та люмінесцентного титрування побудовано ізотерми Скетчарда для всіх досліджених систем і отримано величини констант і місць зв'язування. З найбільшою константою Pf зв'язується з природною ДНК і з синтетичним полірибонуклеотидом polyА-polyU. Спільне використання двох оптичних методів дозволило визначити можливість формування трьох типів комплексів у системі Pf – ДНК і тільки одного типу комплексів у системах Pf – polyА-polyU та Pf – polyG–polyC. Відсутність комплексів за зовнішнім типом в системах Pf – polyA–polyU і Pf – polyG–polyC пов'язана з тим, що полірибонуклеотиди мають А-форму подвійної спіралі.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Методом молекулярного докінгу отримано комплекси профлавину (Pf) з фрагментами гомополімерів ДНК і РНК різного нуклеотидного складу за типом інтеркаляції та зв¢язування у борозенках подвійних спіралей. Показано, що Pf може утворювати два типа інтеркаляційних комплексів з нуклеїновими кислотами, які практично не відрізняються за енергіями взаємодії. Встановлено лише незначну перевагу при зв¢язуванні Pf з GC-послідовностями. При взаємодії Pf і В-ДНК утворюються комплекси у малій борозенці спіралі з максимальною енергією зв¢язування для АТ-послідовностей. З А-формою РНК та ДНК комплекси утворюються при зв¢язуванні Pf у великій борозенці, але такі комплекси енергетично менш вигідні, ніж інтеркаляційні і для них не знайдено залежності енергії зв¢язування від послідовності. Для усіх типів комплексів показано можливість формування водневих зв¢язків між NH2-групами Pf та атомами цукрово-фосфатного кістяку нуклеїнових кислот при зв¢язуванні Pf по типу інтеркаляції та атомами основ при зв¢язуванні Pf у борозенках спіралей.

Виконавці - с.н.с. Шестопалова Г.В., м.н.с. Мірошніченко К.В., інж. Суханов О.С.

  1. Методом спектрофотометричного титрування проведено дослідження взаємодії похідного актиноцину з тимусною ДНК в широкому діапазоні концентрацій одновалентних іонів Na+ та К+. Запропоновано нову модель зв’язування лігандів та ДНК з урахуванням іонів як прямих конкурентів ліганду за інтеркаляційним типом комплексу, і непрямих конкурентів при зовнішньому зв'язуванні ліганду на матриці ДНК. За допомогою цієї моделі оцінено вплив одновалентних іонів Na+ та К+ на константи комплексоутворення за обома типами зв'язування та розраховано вклад поліелектролітної енергії в повну вільну енергію взаємодії ліганда з ДНК в залежності від типу іонів.

Виконавці –с.н.с. Круглова О.Б, асп. Мінакова Є.О.

  1. Методами ІЧ-спектроскопії та п’єзогравіметрії проведено дослідження формування комплексів ДНК з вітаміном В2 (рибофлавін, РБФ) при співвідношенні P/D=8. За допомогою ізотерм гідратації з’ясовано, що утворення комплексу ДНК-РБФ призводить до зниження гідратації ДНК. Тобто ліганд зв’язується з гідратно активними центрами ДНК, перешкоджаючи їх зв’язуванню з водою. За даними ІЧ-спектроскопії встановлено, що при утворенні комплексів ДНК з рибофлавіном приймають участь фосфатні групи ДНК та кисневий атом рибозного кільця.

Виконавці – м.н.с. Близнюк Ю.М., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Гасан А.Й., с.н.с. Семенов М.О.

  1. За допомогою метода диференційної НВЧ діелектрометрії в міліметровому діапазоні хвиль одержані діелектричні характеристики водних розчинів йодистого пропідію та комплексів пропідію з ДНК. На основі моделі гідратації розраховано ступінь гідратації. Показано, що стабілізація комплексу ДНК – пропідій обумовлена не тільки взаємодією між компонентами, але й взаємодією з оточуючою зв’язаною водою, що характеризується появою при комплексоутворенні додаткових молекул води в гідратній оболонці ДНК.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В.

  1. Проведено дослідження ролі конформаційних переходів цукрово-фосфатного кістяку ДНК у механізмах непрямого впізнавання білками цільових ділянок ДНК. Зроблено статистичний аналіз конформаційних параметрів цукрово-фосфатного кістяку та площі доступної поверхні нуклеотидів у малій та великій борозенках фрагментів ДНК з 218 білково-нуклеїнових комплексів. Показано, що частота переходу в альтернативні конформації різних нуклеотидів неоднакова. Визначено також, що перехід цукрово-фосфатного кістяку ДНК з класичної конформації в альтернативні призводить до характерних змін площі полярної та неполярної доступної поверхні ДНК у малій та великій борозенках для нуклеотидів з А- та В-подібною конформацією дезоксирибози, зокрема робить полярні атоми О3' та О5' більш доступними для взаємодії з позитивно зарядженими амінокислотними залишками. Виявлено індивідуальні особливості полярно-неполярного профілю різних нуклеотидів у однаковій конформації. Результати, що було отримано, вказують на важливу роль конформаційних переходів ДНК для білково-нуклеїнових взаємодій та розширюють уявлення про молекулярні механізми непрямого впізнавання.

Виконавці – асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискіна О.П., с.н.с. Шестопалова Г.В.

Анотація виконання річного плану за НДР «БУКСИР» (2007-2011рр).

  1. Продовжено аналіз електромагнітного відгуку білкових макромолекул цілісної біологічної системи на клітинах та плазмі крові донорів при комбінованому впливі випромінювання мм та субмм діапазонів шляхом скринінгу частот модуляції лазерного та міліметрового випромінювання. Проведено пошук резонансної частоти макромолекулярних комплексів сперміїв бугаїв-плідників з модульованим по амплітуді низькоінтенсивним електромагнітним випромінюванням терагерцового діапазону. За допомогою акустичного аналізу щодо п'єзоелектричної взаємодії суспензії сперміїв показано, що частота вібрації хвостової частини сперміїв бугаїв може служити індикатором якості еякуляту для біотехнології кріоконсервації та штучного осіменіння.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2010

Анотація виконання річного плану за НДР „МОДЕЛЬ” (2007-2011рр.)

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Методами спектрофотометрії (СФ) та диференціальної скануючої калориметрії (ДСК) проведено дослідження комплексоутворення в системі профлавін - salmon testes ДНК. Показано, що у залежності від співвідношення їх концентрацій утворюються два типи комплексів, які відрізняються за термодинамічним станом ДНК. Розраховано параметри зв'язування профлавіну з ДНК за типом інтеркаляції. Константи, які розраховано за допомогою методів СФ та ДСК, мають близькі значення.

Методами спектрофотометрії, флуоресцентної спектроскопії та диференціальної скануючої калориметрії досліджено взаємодію флавінмононуклеотиду (ФМН) з salmon testes ДНК. Показано, що ФМН майже не зв’язується з ДНК (К=50 М-1) та не впливає на термодинамічні параметри плавлення ДНК. Зроблено висновок, що у потрійних системах ФМН-ліганд-ДНК флавінмононуклеотид не може регулювати зміну біологічного ефекту ліганду за протекторним механізмом.

Виконавці –с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. За допомогою методу абсорбційної спектрофотометрії досліджено конкурентне зв'язування акридинового мутагену ICR-191 та метилксантинів з ДНК із тимусу теляти. Проведено спектрофотометричне дослідження взаємодії акридинового мутагену ICR-191 з кофеїном та теофіліном. Показано, шо ICR -191 взаємодіє з кофеїном з більшою константою зв'язування (К=1461±95 М-1), ніж з теофиліном (К=404±29 М-1). Проведено спектрофотометричне дослідження конкурентного зв'язування ICR -191 та метилксантинів (кофеїну та теофіліну) з ДНК із тимусу теляти. Встановлено, що кофеїн здійснює більший вплив на взаємодію ICR-191 з ДНК, ніж теофілін. Кофеїн впливає на зв'язування акридинового мутагену з ДНК, починаючи з невеликих концентрацій ДНК, коли у розчині багато вільних лігандів. Натомість вплив теофіліну відчутний тільки при великих концентраціях ДНК, коли теофілін починає зв'язуватися з ДНК

Виконавці – н.с. Єрмак Є.Л.

  1. В НВЧ діапазоні вивчені діелектричні властивості водного розчину броміду етидія і комплексу ДНК з етидієм. Для броміду етидія на основі отриманих даних визначені ступінь гідратації та імовірні гідратно–активні центри. Знайдено, що процес комплексоутворення супроводжується певною зміною діелектричних властивостей розчину, що може вказувати на тенденцію до зростання кількості зв’язаної води при утворенні комплексу. Порівняння з літературними даними і аналіз за допомогою моделей взаємодії ДНК з інтеркаляторами показав, що зростання гідратації може бути обумовлено процесами розкручування і подовження ДНК, що відбуваються при інтеркаляції.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В.

  1. Порівняльний аналіз діелектричних властивостей водних розчинів комплексів інтеркаляторів ActII, профлавіну, броміду етидія та йодиду пропідія з ДНК показав, що для всіх вивчених комплексів ДНК-інтеркалятор відбувається зменшення діелектричної проникності, яке, як показав розрахунок, відповідає збільшенню гідратації ДНК на декілька молекул води (у перерахунку на нуклеотид).

Виконавці –с.н.с. Малєєв В.Я.

  1. Методом спектрофотометричного титрування проведено дослідження взаємодії бромистого етидію з тимусною ДНК в межах широкого діапазону концентрацій одновалентних іонів Na+ (від 7.5×10-4 до 2 М) з використанням трьох теоретичних моделей. Найбільш оптимальною визнано модель, згідно якої ліганди утворюють комплекси, що відрізняються за типом інтеркаляції: моноінтеркальований ліганд та ліганди на сусідніх місцях зв'язування. Іони враховувались як конкуренти ліганду по інтеркаляційному типу комплексу. За допомогою цієї моделі оцінено вплив одновалентних іонів Na+ на параметри комплексоутворення бромистого етидію з тимусною ДНК та отримано залежності логарифмів констант зв’язування від логарифму концентрацій NaCl. За допомогою цих залежностей розраховано вклад поліелектролітної енергії в повну вільну енергію взаємодії ліганду з ДНК.

Виконавці –с.н.с. Круглова О.Б, в. інж. Мінакова Є.О.

  1. Виконано дослідження конформаційних змін сахарофосфатного кістяку ДНК у складі нуклеосом на підставі статистичного аналізу 14 корових часток нуклеосом з PDB бази даних. Встановлено, що більш ніж 8% нуклеотидів у складі нуклеосомальної ДНК мають альтернативні t і g− конформації кута γ сахарофосфатного кістяку. Виявлено залежність таких переходів від нуклеотидного складу. Показано також, що зміна конформації кута g призводить до зміни геометрії та електростатичного потенціалу поверхні подвійної спіралі ДНК. Такі перебудови є важливими для навиття ДНК на гистоновий кор нуклеосом та реалізаціїї непрямого механізму впізнавання білками специфічних сайтів зв¢язування на ДНК.

Виконавці – асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискіна О.П., с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. Розроблено та виготовлено робочу кювету для проведення вимірювань діелектричних параметрів розчинів біологічних речовин у діапазоні частот від 30 дo 40 GHz при різних температурах (від 0 дo 70°С). Проведено вимірювання діелектричних параметрів розчинів сахарози при різних температурах та концентраціях і розраховано енергію активації дипольної релаксації при різних температурах.

Виконавці – н.с. Глибицький Г.М.

Анотація виконання річного плану за НДР «БУКСИР» (2007-2011рр).

Проведено дослідження електромагнітного відгуку біологічних об'єктів при комбінованому впливі електромагнітних хвиль міліметрового (мм, f = 35,5 ¸ 37,7 ГГЦ) та терагерцевого (ТГц, f = 0,89 ТГц) діапазонів. Об'єктами дослідження були суспензія еритроцитів та одноклітинні водорості - зразки з водоймищ Харківської області та чисті культури.

  • В експериментах на еритроцитах вивчено вплив електромагнітних хвиль ТГц діапазону на перекісне окислювання ліпідів та на осмотичну резистентність еритроцитів з різними морфо-функціональними порушеннями. Показано позитивний вплив ТГц випромінювання на осмотичну резистентність еритроцитів, які зазнавали дію осмотичного гемолізу в присутності сольового розчину NaCl (0,45 %), при експозиції 30 хвилин. При цьому резистентність мембрани еритроцитів підвищувалась майже в 2 рази, а рівень продуктів пероксидації практично не змінювався.

Практичне значення: Вибрані та досліджені режими опромінення можуть бути запропоновані для практичної медицини в терапії хронічних алергодерматозів, патогенез більшості яких пов’язаний з порушенням нормального розташування мембранного біслоя та з ушкодженням мембрано-зв’язаних білків, що є причиною інактивації мембранних рецепторних комплексів, а також систем транспорту води та іонів через мембрану еритроцитів.

  • В експериментах на одноклітинних водоростях досліджувався електромагнітний відгук мікроводоростей в аспекті параметрів сонячної активності, який реєструвався в міліметровому діапазоні довжин хвиль при активації суспензії клітин випромінюванням терагерцевого діапазону. Було показано зв'язок між дійсною частиною комплексної діелектричної проникності (e¢) та кількістю сонячних плям (sunspots number), які характеризують рівень сонячної активності, при цьому коефіцієнт кореляції (r) склав -0,71.

Практичне значення: Показано можливість прогнозувати продуктивність верхнього шару екваторій в залежності від сонячної активності.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2011

Анотація виконання річного плану за НДР «МОДЕЛЬ» (2007-2011рр.).

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Методами спектрофотометрії та диференційної скануючої калориметрії досліджено комплексоутворення в системі актиноцинове похідне Act II - salmon testes ДНК при різних співвідношеннях концентрацій ДНК та ліганду. Отримано величини місць зв’язування, констант зв’язування та енергетичні параметри зв'язування Act II з salmon testes ДНК.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Для аналізу даних спектрофотометричного титрування побудовано нову систему багатопоточної паралельної оптимізації спектрів поглинання БАР з використанням генетичних алгоритмів. Тестування нової програми оптимізації проведено на системах ліганд1-ліганд1, ліганд1-ліганд2. Розраховано константи само- та гетероасоціації для сумішей лігандів: профлавіну, бромистого етидію, похідного актиноцину, флавінмононуклеотиду.

Виконавці – с.н.с. Духопельников Є.В., м.н.с. Кулішенко С.Ф.

  1. Методом диференційної НВЧ діелектрометрії вивчені діелектричні властивості водних розчинів хлорофіліну та комплексу ДНК-хлорофілін. Знайдено, що процес комплексоутворення супроводжується зміною діелектричних властивостей розчину, що обумовлено змінами у водній оболонці нуклеїнової кислоти. На основі отриманих даних та модельних уявлень розраховано ступінь гідратації ліганду та його комплексу з ДНК. Встановлено, що процес формування комплексу супроводжується зменшенням кількості зв'язаної води в системі ДНК-хлорофілін.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В., асп. Песіна Д.О.

  1. Показано, що в плівках, які отримано з розчинів ДНК та солей лужних і/або лужноземельних металів, реєструються текстури. Текстури мають структуру, яка притаманна формам рідких кристалів. Співвідношення між площиною текстури на плівці і площиною всієї плівки залежить від властивостей іонів, які додавали у розчин, та від співвідношення концентрацій солей металів і ДНК у розчині. Більшість текстур, які утворюються у плівках, що містять ДНК і солі різних металів, є текстурами фрактального типу, величини фрактальної розмірності яких можуть використовуватися для попередньої оцінки рівня мутагенності біологічно активних речовин in vitro.

Виконавці – н.с. Глибицький Г.М., м.н.с. Глибицький Д.М., с.н.с. Малєєв В.Я.

  1. За даними ІЧ-спектроскопічних досліджень показано, що присутність наночасток срібла у плівках ДНК призводить до денатурації ДНК. Зміни, які спостерігаються у ІЧ-спектрах, свідчать про розрив водневих зв‘язків, що утворюються у нативній ДНК за участю груп сахарофосфатного кістяку. Ці результати підтверджують припущення, що формування текстур на поверхні плівок визначається ступенем нативності ДНК.

Виконавці – н.с. Глибицький Г.М., м.н.с. Глибицький Д.М., с.н.с. Семенов М.О.

  1. Проведено дослідження механізмів конкурентного зв’язування в потрійній системі профлавін-ДНК-кофеїн у широкому інтервалі відносних концентрацій ДНК/ліганд1, ліганд2. Показано, що у потрійній системі кофеїн проявляє і інтерцепторний, і протекторний механізми.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., н.с. Гладковська Н.О., в. інж. Мінакова Є.О.

  1. Виконано дослідження розподілу нуклеотидів з альтернативними конформаціями нуклесомної ДНК за даними статистичного аналізу 14 корових часток нуклеосом з PDB бази даних.

Виконавці – м.н.с. Житнікова М.Ю. с.н.с. Шестопалова Г.В.

Анотація виконання річного плану за НДР «БУКСИР» (2007-2011рр.)

  1. Проведено вимірювання реакції нативних клітин при синхронні дії випромінювання від HCN-лазера, а також джерела мм-діапазону радіохвиль з метою дослідження та пошуку резонансної взаємодії. Вимірювання та контроль комплексної дії радіохвиль НВЧ та терагерцевого діапазонів були проведені за допомогою НВЧ комплексу потужністю 20 мВт (частоти 35 ГГц - 37,7 ГГц) та терагерцевого комплексу потужністю 10 мВт (частоти 1,0 ТГц - 2,0 ТГц). Вимірювання були проведені за допомогою установки «Установка для дослідження біологічних об’єктів хвилеводними методами в НВЧ-діапазоні».
  2. При моделюванні осмотичного гемолізу суспензії еритроцитів показано антиоксидантний ефект терагерцевого випромінювання; при цьому було зареєстровано суттєве збільшення резистентності мембрани еритроцитів до гемолізуючого агенту (0,45% сольового розчину NaCl) при терагерцевій лазерній експозиції (f = 0,89 ТГц, P = 1,5 мВт/см2, час опромінення 60 хвилин).
  3. Показана можливість моделювати сонячну активність в лабораторних умовах терагерцевим лазерним випромінюванням. Зареєстровано кореляцію між числом сонячних плям та гідратацією суспензії одноклітинних водоростей. Показано, що терагерцеве випромінювання (f = 0,89 ТГц, P = 1,5 мВт/см2) належить до «альгофільних» частот електромагнітного спектру.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2012

Анотація виконання річного плану за темою „МОДЕЛЬ-2”

Розроблено та проведено апробацію нової моделі комплексоутворення ДНК з різними за типом біологічно активними сполуками для інтерпретації даних мікрокалориметрії. Встановлено рівноважні константи та термодинамічні параметри зв‘язування у системах, що містять два класи біологічно активних сполук (подвійні системи) та ДНК з двома різними класами біологічно активних сполук (потрійні системи). Для подвійних систем експериментально (методи коливальної спектроскопії) виявлено міжмолекулярні водневі зв’язки, які додатково стабілізують утворення гетероасоціатів біологічно активних сполук у водному розчині. Отримані результати необхідні для побудови моделей взаємодії ДНК з біологічно активними сполуками, які є лікарськими засобами протипухлинної дії.

Удосконалення вимірювально-реєструючого комплексу для вивчення  комплексного  впливу електромагнітних хвиль мм и субмм діапазонів на біологічні об’єкти дозволило проводити дослідження згідно договору про науково-практичне співробітництво між Інститутом радіофізики та електроніки ім. О.Я. Усикова та ДУ «Інститут дерматології та венерології АМН України» від 16 лютого 2012 року.

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Розроблено модель комплексоутворення ДНК-БАР, яка дозволяє розраховувати параметри плавлення і параметри з'вязування для досліджених систем за даними диференціальної скануючої калориметрії. Апробацію моделі проведено на системі ДНК-профлавін.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Для встановлення рівноважних параметрів само- та гетероасоціаціі БАР і їх комплексоутворення з ДНК методом спектрофотометрії проведено експериментальні дослідження:
  • гетероасоціації у подвійних системах БАР1-БАР2: бромистий етидій- флавінмононуклеотид, бромистий етидій - хлорофілін та профлавін - хлорофілін.
  • комплексоутворення у потрійних системах ДНК-БАР1-БАР2: ДНК - бромистий етидій - флавінмононуклеотид, ДНК - бромистий етидій - хлорофілін, ДНК - профлавін – хлорофілін.

Константи само- та гетероасоціаціі, які отримані незалежно в однакових експериментальних умовах, необхідні для розрахунку параметрів комплексоутворення в системі БАР1-БАР2-ДНК.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Методами ІЧ та КР спектроскопії досліджено утворення гетерокомплексів біологічно активних речовин: флавінмононуклеотиду (FMN), бромистого етидія (EB), профлавіну (PRF), теофіліну (TPH) і кофеїну (CAF) у нейтральних водних розчинах. Аналіз ІЧ та КР спектрів показав утворення міжмолекулярних водневих зв'язків між функціональними атомними групами (С=О та NH2) у гетерокомплексах FMN-EB, FMN-PRF і TPH-EB. Виявлені зміщення частот коливань карбонільних груп в ІЧ спектрах дозволили оцінити величину ентальпії водневих зв'язків. Показано, що міжмолекулярні водневі зв'язки додатково стабілізують стопочні структури досліджуваних гетерокомплексів.

Виконавці – с.н.с. Семенов М.О., м.н.с. Близнюк Ю.М.

  1. Методом диференційної НВЧ діелектрометрії у мм діапазоні (λ=7,6 мм) проведено дослідження діелектричних параметрів водних розчинів хлорофіліну, сироваткового альбуміну людини та його комплексу з хлорофіліном. Виконано аналіз експериментальних результатів, які отримані методом діелектрометрії для розчинів сироватковий альбумін - хлорофілін. На підставі модельних уявлень розраховано ступінь гідратації хлорофиліну, сироваткового альбуміну людини та їх комплексу.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжа О.В., асп. Песіна Д.О.

  1. Досліджено самоорганизаціюДНК при дегідратації в присутності іонів Na+ і Ag+ та наночасток срібла. Показано, що характер утворення дендритних текстур, який визначається за розміром площин таких структур на поверхні плівки дегідратованої ДНК, залежить від конформаційного стану ДНК та корелює з мутагенними властивостями доданих сполук.

Виконавці – н.с. Глибицький Г.М., м.н.с. Глибицький Д.М., с.н.с. Семенов М.О.

  1. Закінчено розробку та модернізацію програмного забезпечення для реєстрації взаємодії елементів крові з міліметровим випромінюванням. Дискретизація спектру вимірювального треку в діапазоні від 0 до 96000 Гц становить не гірше 0,17 Гц. Модернізація програмного забезпечення дозволила проводити розрахунки уявної частини діелектричної проникності з урахуванням значного поглинання форменими елементами крові в 8-мм діапазоні радіохвиль.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.

  1. Проведено удосконалення хвилеводної частини вимірювально-реєструючого комплексу з додатковим введенням циркуляторів для проведення досліджень, пов’язаних з пошуком резонансних частот еритроцитів, плазми крові, мікроводоростей та інших біооб’єктів.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.


2013

Анотація виконання річного плану за темою „МОДЕЛЬ-2”

Розроблено нову модель, що описує комплексоутворення ДНК з різними за типом біологічно активними сполуками в умовах конкурентного зв’язування для інтерпретації даних мікрокалориметрії . Для обробки даних спектрофотометричних вимірювань створено програмний модуль розрахунку параметрів гетероасоціації у системах ліганд1-ліганд2 з урахуванням самоасоціації кожного ліганду з використанням різних модифікацій генетичного алгоритму для оптимізаційного пошуку параметрів гетероасоціації лігандів.

Розроблено оригінальний метод оцінки впливу біологічно активних сполук (БАС) на біополімери. Метод базується на використанні аналізу площин, що займають текстури на плівках, які вирощені з розчинів сумішей біополімер-БАС; на наявності масштабно інваріантних фрактальных текстур на поверхні плівок та на оцінках фрактальних розмірностей текстур плівок біополімерів.

Вперше отримано результати щодо антиоксидантної дії лазерного терагерцевого випромінювання при моделюванні індукованого гемолізу, викликаного гіпотонічним розчином хлориду натрію. Встановлена можливість застосування методу НВЧ-діелектрометрії в експрес-діагностиці сенсибілізації організму до анестезуючих препаратів на прикладі дослідження молекулярної дії місцевого анестетику артифрина на клітинні структури еритроцитів.

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Отримано систему рівнянь, що описують взаємодію двох лігандів з ДНК в умовах конкурентного зв’язування. У широкому діапазоні співвідношень концентрацій лігандів та різних значеннях параметрів зв’язування побудовано теоретичні залежності зміни питомої теплоємності комплексів ДНК-ліганд1-ліганд2 від температури та розраховано термодинамічні параметри плавлення.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., м.н.с. Хребтова Г.С., асп. Фомін О.В.

  1. Для обробки даних спектрофотометричних вимірювань створено програмний модуль розрахунку параметрів гетероасоціації у системах ліганд1-ліганд2 з урахуванням самоасоціації кожного ліганду. Проведено тестування різних модифікацій генетичного алгоритму для оптимізаційного пошуку параметрів гетероасоціації лігандів.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Кулішенко С.Ф., асп. Фомін О.В.

  1. Методом диференційної скануючої калориметрії проведено експериментальні дослідження систем бромистий етидій - ДНК та бромистий етидій - флавінмононуклеотид - ДНК. Показано, що у розчинах з низькою іонною силою додавання флавінмононуклеотиду призводить до збільшення температури та ентальпії плавлення ДНК у потрійній системі в порівнянні з подвійною системою.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., м.н.с. Хребтова Г.С.

  1. Методом ІЧ спектроскопії в області поглинання карбонільних коливань проведено дослідження самоасоціації флавінмононуклеотиду в розчинах і в плівках, вирощених з нейтральних (рН=7,0) та слабокислих (рН=6,2) розчинів. У нейтральних розчинах визначено спектральні параметри карбонільних коливань: абсолютні інтенсивності, дипольні моменти та ін. В ІЧ спектрах поглинання плівок, вирощених зі слабокислих розчинів флавінмононуклеотиду, вперше виявлено нову високочастотну смугу карбонільного коливання С4=О біля 1729 см-1. У рамках молекулярної теорії екситонів у диполь-дипольному наближенні пояснено походження цієї смуги і побудовано n-мірну модель самоасоціації флавінмононуклеотиду.

Виконавці – с.н.с. Семенов М.О., м.н.с. Близнюк Ю.М, асп. Глибицкий Д.М., інж. Мінакова Є.О.

  1. Методом диференційної НВЧ діелектрометрії вивчені діелектричні параметри у мм діапазоні (λ=7,6 мм) водних розчинів сироваткового альбуміну бика (САБ) та його комплексу з хлорофіліном. На основі отриманих даних та модельних уявлень розраховано ступінь гідратації  білка та його комплексу з лігандом.  Встановлено, що процес формування комплексу супроводжується зменшенням кількості зв'язаної води в системі САБ-хлорофілін.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Малєєв В.Я., н.с.Хорунжа О.В., асп. Песіна Д.О.

  1. Виконано розрахунки електростатичного потенціалу фрагментів вільної ДНК з структурних баз даних. Зафіксовано залежність розподілу електростатичного потенціалу малого жолобка подвійної спіралі від послідовності нуклеотидів та типу сусідніх нуклеотидів у послідовностях.

Виконавці – м.н.с. Житнікова М.Ю., с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. Розроблено оригінальний метод оцінки впливу біологічно активних сполук (БАС) на біополімери. Метод базується на використанні аналізу площин, що займають текстури на плівках, які вирощені з розчинів сумішей біополімер-БАС; на наявності масштабно інваріантних фрактальных текстур (МІФТ) на поверхні плівок та на оцінках фрактальних розмірностей текстур плівок біополімерів. Показано, що текстури плівок, які отримані з розчинів, що містять іони натрію, калію та рубідію, формують МІФТ на поверхні, а текстури плівок, які отримані з розчинів, що містять мутагенні іони цинку, міді та срібла відповідних концентрацій, не формують МІФТ. Подано заявку на видачу патенту «Спосіб визначення впливу речовини на біополімери».

Виконавці – c.н.с. Глибицький Г.М., м.н.с. Глибицький Д.М., с.н.с. Семенов М.О., с.н.с. Гасан А.Й.

  1. Вперше отримано результати щодо антиоксидантної дії лазерного терагерцевого випромінювання при моделюванні індукованого гемолізу, викликаного 0,45 % гіпотонічним розчином хлориду натрію.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.

  1. Результати дослідження молекулярної дії місцевого анестетику артифрина на клітинні структури еритроцитів за допомогою методу НВЧ-діелектрометрії показали можливість застосування його в експрес-діагностиці сенсибілізації організму до анестезуючих препаратів.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.


2014

Анотація виконання річного плану за темою „МОДЕЛЬ-2”

За даними спектрофотометричних температурних досліджень показано, що в потрійних системах (ДНК-бромистий етидій, ДНК-профлавін у присутності конкуруючих лігандів кофеїна, хлорофіліна, флавінмононуклеотида) кофеїн проявляє як протекторні, так й інтерцепторні властивості за умови високих відносних концентрацій (концентрація кофеїна повинна бути у 104 разів більше, ніж концентрація біологічно активних лігандів), хлорофілін виявляє інтерцепторні властивості - зменшує концентрацію профлавіну або бромистого етидію утворюючи стійкі гетерокомплекси з ними, а флавінмононуклеотид не виявляє конкуруючої дії.

На підставі результатів аналізу формування фрактальних текстур на поверхні плівок, які отримано з розчинів біополімерів в присутності різних іонів, запропоновано нову методику аналізу впливу біологічно активних речовин на біополімер.

Для встановлення впливу конформаційних змін сахарофосфатного кістяку ДНК на електростатичний потенціал малої борозенки виконано розрахунки його значень на підставі рішення нелінійного рівняння Пуассона-Больцмана (програмний пакет DelPhi). Показано, що електростатичні властивості вільної ДНК залежать від типу основ (сиквенс-специфічні) і від конформації сахарофосфатного кістяку. Такі структурні відмінності та пов’язані з ними зміни фізичних властивостей подвійної спіралі можуть пояснювати механізми непрямого впізнавання ДНК шляхом зміни спорідненості білків до певних послідовностей ДНК.

Проведена модернізація апаратурно-реєструючого комплексу, до складу якого входить НВЧ-діелектрометр, хвилеводні і генеруючий ланцюги та програмне забезпечення, яке дозволяє за допомогою комп’ютера реєструвати електромагнітний відгук біологічних об’єктів із застосуванням швидкого Фур’є перетворення. З використанням модернізованого комплексу проведено вимірювання діелектричної проникності еритроцитів паралельно з вимірюванням швидкості осідання еритроцитів в присутності анестетиків (артифрин, септонест та ультракаїн). Високий коефіцієнт кореляції (r=0,917) результатів за двома методиками свідчить про можливість застосування методу НВЧ-діелектрометрії для діагностики обмеженої склеродермії в клінічних умовах і про інформативність НВЧ-діелектрометрії для оцінки сенсибілізації еритроцитів до анастетиків нового покоління. Вимірювання на клітинах крові та плазмі крові проведені в ліцензованому інституті ДУ «Інститут дерматології та венерології» АМН України.

Усі отримані результати не мають наукових аналогів в Україні та у світі.

  1. Методом спектрофотометрії проведено температурні дослідження зв’язування у системах ДНК-бромистий етидій, ДНК-профлавін у присутності конкуруючих лігандів (флавінмононуклеотида, хлорофіліна, кофеїна). Виявлено, що кофеїн проявляє як протекторні, так й інтерцепторні властивості в потрійній системі за умови високих відносних концентрацій (концентрація кофеїна повинна бути у 104 разів більше, ніж концентрація біологічно активних лігандів). Хлорофілін виявляє високі інтерцепторні властивості - утворює стійкі гетерокомплекси з лігандами, зменшуючи їх концентрацію у комплексах з ДНК. Флавінмононуклеотид не виявляє конкуруючої дії. Спектрофотометричні дослідження системи профлавін-хлорофілін показали, що величина константи гетероасоціації практично не залежить від температури, тобто ентальпія процесу дорівнює нулю.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., н.с. Гладковська Н.О., асп. Фомін О.В.

  1. Розроблено модель для побудови теоретичних кривих теплопоглинання систем ДНК-ліганд для трьох випадків мультимодального зв'язування. Проаналізовано вигляд кривих теплопоглинання, ізотерм зв'язування та зміну концентрацій різних комплексів, що утворюються, в залежності від типу мультимодального зв'язування.

Виконавці – с.н.с. Березняк К.Г., с.н.с. Духопельников Є.В., м.н.с. Хребтова Г.С., м.н.с. Кулішенко С.Ф.

  1. Методом п’єзогравиметрії отримано ізотерми гідратації плівок флавінмононуклеотида (FMN), які вирощені з нейтральних (рН = 7,0) і слабокислих (рН = 6,2) розчинів. Показано, що рівень сорбції води на плівці з нейтрального розчину вище (на ~ 30%) рівня сорбції на плівці з слабокислого розчину. Зроблено припущення, що самоасоціація ізоаллоксазінових кілець FMN зменшує доступ молекул води до центрів гідратації FMN. ІЧ-спектроскопічне дослідження плівок FMN дозволило встановити, що смуги поглинання внутрішньокільцевих коливань за участю атомів N5 і N1 зазнають частотних зсувів при зміні кислотності розчину, з якого вирощується плівка, від нейтрального (рН = 7,0) до слабокислого (рН = 6,2) значень. Але в серії експериментів, що було проведено в розчинах D2O, таких ефектів не виявлено.

Виконавці – с.н.с. Семенов М.О., м.н.с. Блізнюк Ю.М, асп. Глибицький Д.М., інж. Мінакова Є.О.

  1. Виконано аналіз вимірювань діелектричної проникності розчинів комплексів ДНК і сироваткового альбуміну бика і людини з хлорофіліном, проведених методом диференційної КВЧ діелектрометрії. Виявлена залежність зміни гідратації від наявності жирних кислот, пов'язаних з білком, при утворенні комплексів в системах білок-хлорофілін.

Виконавці – с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Малєєв В.Я., н.с. Хорунжа О.В., м.н.с. Песіна Д.О.

  1. Для встановлення впливу конформаційних змін сахарофосфатного кістяку ДНК на електростатичний потенціал малої борозенки виконано розрахунки його значень на підставі рішення нелінійного рівняння Пуассона-Больцмана (програмний пакет DelPhi). Показано, що електростатичні властивості вільної ДНК залежать як від типу основ (сиквенс-специфічні), так і від конформації сахарофосфатного кістяку (кута γ та конформації дезоксирибози). Також було виявлено, що однакові послідовності ДНК можуть мати різний електростатичні потенціал, і, навпаки, різні послідовності ДНК мають подібні конформації з однаковим розподілом електростатичного потенціалу в малій борозенці. Такі структурні зміни та пов’язані з ними зміни фізичних властивостей подвійної спіралі можуть пояснювати механізми непрямого впізнавання ДНК шляхом зміни спорідненості білків до певних послідовностей ДНК.

Виконавці – м.н.с. Житнікова М.Ю., с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. Проведено дослідження впливу іонів заліза на формування текстур на поверхні плівок, які отримано з розчинів бичачого сироваткового альбуміну (БСА). Показано, що на поверхні плівок БСА формуються фрактальні текстури типу «зигзаг». Зменьшення питомої довжини фрактальних текстур корелює з підвищенням концентрації іонів заліза у розчині з БСА. Проаналізована залежність в змінах УФ та фотолюмінесцентних спектрів розчинів БСА від концентрації іонів заліза, фтору, брому та хлору. Показано, що відмінності в текстурах плівок є результатом різного типу взаємодії аніонів фтору, брому та хлору з БСА. На підставі отриманих результатів запропоновано нову методику аналізу впливу біологічно активних речовин на біополімер.

Виконавці – c.н.с. Глибицький Г.М., м.н.с. Глибицький Д.М., с.н.с. Семенов М.О., с.н.с. Гасан А.Й.

  1. Проведена модернізація апаратурно-реєструючого комплексу, до складу якого входить НВЧ-діелектрометр, хвилеводні та генеруючий ланцюги, а також ПК та програмне забезпечення, яке дозволяє реєструвати електромагнітний відгук біологічних об’єктів із застосуванням програми швидкого Фур’є перетворення. Модернізація апаратурно-реєструючого комплексу проведена за допомогою спеціально сконструйованого та виготовленого хвилеводного фільтру для введення терагерцевого випромінювання в вимірювальну кювету при проведенні експерементів на біологічних об’єктах. Розроблені та виготовлені елементи вимірювальних кювет для роботи в сильних магнітних полях. Модернізовано програму обробки та аналізу амплітудного формату первинного масиву даних при різних розширеннях реєстраційних файлів. Апаратурно-реєструючий комплекс не має аналогів.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.

  1. Проведено дослідження гідратації та поверхневого натягу плазми крові хворих на обмежену склеродермію в НВЧ-діапазоні радіохвиль (f = 35,6 ¸ 37,7 ГГц) в області дисперсії діелектричної проникності вільної води і зроблено розрахунки індексу реакції відносно присутності аутоантитіл до ДНК за допомогою імуноферментної тест-системи «Антитіла до ДНК – ІФА». Аналіз параметру реальної частини комплексної діелектричної проникності (e¢) показав зменшення гідратації в зразках плазми крові з більш вираженим індексом реакції ДНКнативна. Проведено вимірювання діелектричної проникності еритроцитів паралельно з вимірюванням швидкості осідання еритроцитів в присутності анестетиків (артифрин, септонест та ультракаїн). Високий коефіцієнт кореляції (r = 0,917) результатів за двома методиками свідчить про можливість адаптації методу НВЧ-діелектрометрії для діагностики обмеженої склеродермії на плазмі крові в клінічних умовах і про інформативність НВЧ-діелектрометрії для оцінки сенсибілізації еритроцитів до анастетиків нового покоління. Вимірювання на клітинах крові та плазмі крові проведені в ліцензованому інституті ДУ «Інститут дерматології та венерології» АМН України.

Виконавці – с.н.с. Колесніков В. Г., н.с. Хміль Н.В.

Основні публікації

За весь час існування відділу опубліковано (в тому числі, направлено до друку) більше 740 наукових робіт, у тому числі 301 стаття, 7 монографій та розділів у монографіях. Отримано 4 патенти.

Основні публікації:

  1. Малеев В.Я., Тодоров И.Н. О принципиальной возможности определения последовательности нуклеотидов в полинуклеотиде по его колебательному спектру // Биофизика. – 1965. – 10, № 1. – С.221-225.
  2. Малеев В.Я. Крутильные колебания оснований в нуклеиновой кислоте // Биофизика. – 1965. – 10, № 4. – С.729-734.
  3. Малеев В.Я. О возможности определения нуклеотидной последовательности по спектрам крутильных колебаний оснований // Биофизика. – 1966. – 11, № 3. – С.561-564.
  4. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Длинноволновые инфракрасные спектры поглощения кристаллов нуклеозидов // Оптика и спектроскопия. – 1968. – 25, № 1. – С.72-76.
  5. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Спектры поглощения кристаллов азотистых оснований в дальней инфракрасной области // Оптика и спектроскопия. – 1969. – 26, № 1. – С.95-100.
  6. Малеев В.Я., Семенов М.А. Температурные разностные спектры растоворов ДНК в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. - Серия Б, №1. - С.73-77.
  7. Малеев В.Я., Семенов М.А., Блок Л.Н. Продольный гиперхромный эффект в полинуклеотидах в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. - Серия Б, №5. - С.448-451.
  8. Малеев В.Я., Семенов М.А. Гиперхромизм нуклеиновых кислот в инфракрасной области // Биофизика. – 1971. – 16, № 2. – С.389-397.
  9. Семенов М.А., Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование процесса термического разрушения фага Т2 и его компонентов методами ИК спектроскопии и адиабатической калориметрии // Докл. АН СССР. – 1971. – 198. – С.1449-1451.
  10. Гасан А.И., Малеев В.Я. Калориметрические исследования концентрированных растворов белка // ДАН УССР. – 1971. - Серия Б, №3. - С.241-243.
  11. Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование температурно-концентрационной устойчивости белковых молекул в растворах // Докл. АН СССР. – 1971. – 200, № 3. – С.716-718.
  12. Семенов М.А., Малеев В.Я. Изучение ИК методом термоустойчивости альбумина при различной степени его ионизации // ДАН УССР. – 1972. - Серия Б, №12. - С.1095-1097.
  13. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
  14. Малеев В.Я., Гасан А.И. Концентрационные эффекты при тепловой денатурации веществ белковой природы // Докл. АН СССР. – 1973. – 209. – С.969-972.
  15. Кашпур В.А., Малеев В.Я. Дифференциальный метод измерения в миллиметровом диапазоне длин волн диэлектрометрической проницаемости растворов с большими потерями // Приборы и техника эксперимента. – 1973. – № 3. – С.140-142.
  16. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
  17. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации сывороточного альбумина при конформационном N-F – переходе методом СВЧ-диэлектрометрии // Докл. АН СССР. – 1974. – 215. – С.218-220.
  18. Maleev V.Ya., Gasan A.I. A statistical-mechanical study ofhelix-coil transition in concentrated solutions of polypeptides and proteins // Biopolymers. – 1974. – 13. – P.2409-2422.
  19. Блок Л.Н., Красницкая А.А., Анохина Г.А., Никитин В.Н. Синтез белка в бесклеточной системе микросомами и рибосомами печени крыс разного возраста // Докл. АН СССР. – 1974. – 217, № 3. – С.726-729.
  20. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изучение изотерм гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1975. – 30, №2. – С.409-413.
  21. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Диэлектрические измерения гидратации глобулярных белков // ДАН УССР. – 1975. - Серия Б, № 2. - С.150-153.
  22. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Shchegoleva T.Yu. // Variation of hydration with pH for serum albumin // Studia biophysica. – 1975. – 48b,N 2. – P.97-108.
  23. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации глобулярных белков дифференциальным диэлактрическим методом // Молек. биология. – 1976. – 10. – С.568-575.
  24. Гасан А.И., Малеев В.Я. Деспирализация ДНк под влиянием персульфата калия // ДАН УССР. – 1977. - Серия «Б», №6. - С.536-539.
  25. Семенов М.А., Малеев В.Я., Сухоруков Б.И. Исследование стабильности гидрата ДНК методом термогравиметрии // Биофизика. – 1978. – 23, № 6. – С.1097-1098.
  26. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование температурной аномалии воды, сорбированной на ДНК, методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. - 24, № 2. – С.210-216.
  27. Сухоруков Б.И., Семенов М.А., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование структурных превращений сахаро-фосфатной цепи и азотистых оснований гидрата ДНК методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. - 24, № 4. – С.611-619.
  28. Sukhorukov B.I., Semenov M.A., Shabarchina L.I., Maleev V.Ya. IR-spectroscopic study of structural transitions of hydrated shell sugar-phosphate chain and nucleic bases of DNA hydrate // Studia biophysica. – 1980.- 79, N1. – P.75-79.
  29. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я. Гидратируются ли азотистые основания при низкой влажности? // Биофизика. – 1981. – 26. – С.979-984.
  30. Малеев В.Я., Кашпур В.А., Щеголева Т.Ю. Диэлектросметрия в миллиметровом диапазоне длин волн как метод исследования взаимодействия биополимеров с водой. В кн. «Нетепловые эффекты миллиметрового излучения», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1981, С.26-41.
  31. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Спектроскопическое проявление взаимодействия пиронин G – полинуклеотид // Молекул. биология. – 1982. – 16. – С.865-870.
  32. Semenov M., Bolbukh T.V. Investigation of conformation-depending hydration isotherms for DNA // Studia biophysica. – 1982. – 87, №2/3. – P.227-228.
  33. Малеев В.Я., Кашпур В.А. Взаимодействие миллиметровых волн с водными растворами нуклеиновых кислот и их компонентов. В кн. «Эффекты нетеплового воздействия миллиметрового излучения на биологические объекты», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1983, С.163-171.
  34. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение белка по данным пространственной структуры // Биофизика. – 1983. – 28, №6. – С.937-943.
  35. Малеев В.Я. О применимости термодинамического анализа тепловой денатурации сложных белков на основе уравнения Вант-Гоффа // Биофизика. – 1984. – 29, № 1. – С.45-48.
  36. Шестопалова А.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Гидратация кофеина в растворах по данным СВЧ-диэлектрометрии // ДАН УССР. – 1984. - Серия «Б», №7. - С.79-82.
  37. Щеголева Т.Ю. Гидратация – параметр для определения сортовых отличий зерен пшеницы // Биофизика. – 1984. – 28, № 4. – С.690-691.
  38. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение макромолекул биополимеров по данным СВЧ-диэлектрометрии // Биофизика. – 1984. – 29, № 6. – С.690-691.
  39. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование конформационнозависимых изотерм гидратации ДНК // Биофизика. – 1984. – 29, №3. – С.37-42.
  40. Semenov M., Bolbukh T.V. Carbonil vibration resonance interactions of helical polynucleotides Poly(dA)Poly(dT) and PolyG-PolyC // Studia biophysica. – 1984. – 102, №3. – P.215-220.
  41. Semenov M., Bolbukh T.V., Starikov E.B. Infrared-spectroscopic study of the hydration of polyadenilic acid potassium solt films // Studia biophysica. – 1985. – 106, N 3. – P.181-192.
  42. Bolbukh T.V., Starikov E.B., Semenov M. The hydration of double-helical poly(rA) films studied by IR-spectroscopy and piezomicrobalance // Studia biophysica. – 1985. – 108, N 1. – P.199-209.
  43. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Влияние концентрации и температуры на взаимодействие пиронина G с полинуклеотидами // Молекул. биология. – 1985. – 19. – С.566-570.
  44. Шестопалова А.В., Данилов В.И., Малеев В.Я. Природа стекинга молекул кофеина в воде: изучение методом Монте Карло // Докл. АН СССР. – 1985. – 282. – С.1000-1003.
  45. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изотермы гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1085. – 30, №3. – С.409-417.
  46. Семенов М.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации двуспирального комплекса полиА-полиУ методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. – 1985. – 30, №4. – С.571-579.
  47. Семенов М.А., Малеев В.Я. Энергетика гидратации ДНК // Биофизика. – 1986. – 31. – С. 764-771.
  48. Maleev V.Ya., Kashpur V.A., Glibitsky G.M., et al. Does DNA absorb microwave energy? // Biopolymers. – 1987. – 26. – P.1965-1970.
  49. Семенов М.А., Кашпур В.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации компонентов нуклеиновых кислот методами ИК-спектроскопии и СВЧ диэлектрометрии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 1. – С.18-27.
  50. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование комплексообразования бромистого этидия с ДНК во влажных пленках методом ИК-спектроскопии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 3. – С.234-243.
  51. Semenov M., Starikov E.B., Bolbukh T.V. Hydration isotherms and structural state of nucleotides and polynucleotides // Studia biophysica. – 1988. – 123, N 4. – P.217-229.
  52. Стариков Е.Б., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое и квантово-химическое изучение гидратации динатриевой соли цитидин-5-монофосфат // Ж.физ.химии. – 1988. – 42, №6. – С2120-2131.
  53. Гасан А.И., Перский Е.Э., Малеев В.Я., Утевская Л.А. Зависимость термодинамических и механических свойств коллагена крыс от возраста // Биофизика. – 1988. – 33, № 4. – С.772-780.
  54. Danilov V.I., Shestopalova A.V. Hydrophobic effect in biological associates: a Monte Carlo simulation of caffeine molecules stacking // Int. Journ. Quant. Chem. 1989. – XXXV, N1. - Р.103-112.
  55. Shestopalova A.V. Interaction of caffeine molecular associates with water: theory and experiment // Croatica Chem.Acta. – 1989. - 62, N4. - Р.825-834.
  56. Gasan A.I., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136, № 1. – Р.171-178.
  57. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический метод определения параметров кооперативного связывания в системах полинуклеотид-лиганд // Молекул.биология . – 1990. – 24. – с.514.
  58. Перский Е.Э., Гимпилевич Б.Г., Гасан А.И., Никитина Н.А., Утевская Л.А. Термостабильность коллагенов типа I и II // ДАН УССР. – 1990. – сер.Б. – С.72-78.
  59. GasanI., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136. – Р.171-178.
  60. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И. Энергетические аспекты гидратации ДНК. // В книге "Равновесная динамика структуры биополимеров." - М., Наука, 1990
  61. Starikov E.B., Semenov M.A., Maleev V.Ya., Gasan A.I. Evidental study of correlated events in biochemistry: physico-chemical mechanisms of nucleic acids hydration as revealed by factor analysis // Biopolymers. – 1991. – 31, №1. – Р.255-273.
  62. Веревкин А.Г., Березняк Е.Г., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое изучение влияния низких температур на структуру и гидратацию ДНК // Проблемы криобиологии. – 1991. - №4. - С.5-10.
  63. Семенов М.А., Малеев В.Я., Березняк Е.Г., Гасан А.И., Больбух Т.В. Гидратация и стабильность комплекса поли(рГ)-поли(рЦ) // Молекул. биология. – 1991. - 25, №6. – С.1626-1634.
  64. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический анализ поведения растворов ДНК в воде и при низких ионных силах // Биополимеры и клетка. – 1992. - 8, № 1.- С.56-62.
  65. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В.А. Физические свойства системы ДНК-вода // Биофизика. – 1993. – 38. – С.768-790.
  66. Круглова Е.Б., Зиненко Т.Л. Экспериментальные и теоретические исследования образования комплексов ДНК с биологически активными лигандам, содержащими хромофорные группы, в зависимости от ионной силы раствора // Молекул.биология. – 1993. – 27, №3. – С.655-665.
  67. Гасан А.И., Красницкая А.А., Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Структурные изменения в ДНК, выделенной из печени крыс разного возраста, находившихся в зоне Чернобыльской АЭС // ДАН Украины. – 1993. – № 4. – С.149-153.
  68. Семенов М.А., Больбух Т.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я., Мревлишвили Г.М. Гидратация и стабильность В-формы Li-ДНК // Биофизика. – 1994. - 39, №1. С.50-57.
  69. Больбух Т.В., Корнилова С.В., Капийнос Л.Е., Томкова А., Мишковский П., Благой Ю.П. Изучение методами ИК- и рамановской спектроскопии взаимодействия ДНК с ионами меди // Биофизика. – 1994. - 39,№3. - С.423-437.
  70. Семенов М.А., Больбух Т.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Гидратация и структурное состояние ДНК из печени крыс, облученных в зоне Чернобыльской АЭС // Радиационная биология. Радиоэкология. – 1994. – 34, № 3. – С.328-335.
  71. Гасан А.И., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Термические перестройки и гидратация сывороточного альбумина // Биофизика. – 1994. – 39, № 4. – С.588-593.
  72. Круглова Е.Б., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Спектрофотометрия комплексов нуклеиновых кислот с красителем пиронином G в качестве теста радиационных повреждений ДНК // Молекул. биология. – 1995. – 29, №1. – С. 125-134.
  73. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Гидратация и структурные переходы ДНК из lysodeikticus в пленках // Биофизика. – 1996. - 41, №5. - С.1007-1015.
  74. Кашпур В.А., Дубовицкая О.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. КВЧ-диэлектрический метод исследования g-облученной ДНК // Радиофизика и электроника. – 1997. - 2, №2. - С.153-156.
  75. Semenov M.A., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. Infrared study of the influence of water on DNA stability in the dependence on AT/GC composition // Journal of Mol. Struct. – 1997. – 408/409. – Р.213-217.
  76. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Влияние воды на структурные переходы и стабильность ДНК из perfringes // Биофизика. – 1997. - 42, №3. - С.591-598.
  77. Толсторуков М.Е., Гасан.А.И, Гаташ С.В., Малеев В.Я. Молекулярные механизмы сорбционного гистерезиса в системе ДНК-вода // Биофизика. – 1997. - 42,№4. - С.844-854
  78. Tolstorukov M.Ye., Virnik K.M. Mathematic Model of Nucleic Acids Conformational Transitions with Hysteresis over Hydration-Dehydration Cycle. Lectures Notes in Computational Sciences and Engineering. V.4., Computational Molecular Dynamics: Challenges, Methods, Ideas. Berlin, Heidelberg, Springer-Verlag, 1998,p.116-128.
  79. Вирник К.М., Корзовская О.В., Лисецкий Л.Н. Термогравиметрический анализ связанных состояний воды в гидратированных системах на основе фосфолипидов и ДНК // Укр.биохим. журнал. – 1998. - № 5б. - С. 534-539.
  80. Вирник К.М., Толсторуков М.Е. Расчеты фрактальных размерностей для различных конформаций ДНК // Вестн.проблем биол. и мед. – 1998. - №2. - С.5-16.
  81. Круглова Е.Б., Довбешко Г.И., Красницкая А.А., Карпенко И.А., Алесина М.Ю. Исследование структурных повреждений в молекулах ДНК из гамма-облученных крыс // Вісник ХДУ. – № 450, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип.4. – С.92-95.
  82. Kashpur V.A., Semenov M.A., Sagajdakova N.N. Relaxation and spectroscopic manifestations of hydration of poly(rC) // Вісник ХДУ. – № 466, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип. - С. 29-33.
  83. SemenovA., Bereznyak E.G. Hydration and stability of nucleic acids in the condensed state - J. Comments on Mol. Cell. Biophys. – 2000. – 1, N1. – Р.1-23.
  84. Tolstorukov M.Ye., Maleev V.Ya. Conformational Transitions of DNA induced by changing water content of the samples: a theoretical study // J. Biomol. Struct. Dyn. – 2000. – 17, N5. – Р.913-920.
  85. Karawajew L., Glibin E.N., Maleev V.Ya., Czerwony G., Droken B., Davies D.B., Veselkov A.N. Role of crown-like side chains in the biological activity of substituted-phenoxazone drugs // Anti-Cancer Drug Design. – 2000. – 15. – P. 331-338.
  86. Glibitskij G.M. Electrodynamic model of measurement in dielectrometer cell // Journal of Physics D: Applied physics. – 2001. – 34, N 1. – P.327 -327.
  87. Shestopalova A.V. Hydration of nucleic acids components in dependence of nucleotide composition and relative humidity: a Monte Carlo simulation // The European Physical Journal D. – 2002. – 20. – Р.331-337.
  88. Virnik K.M., Gasan A.I., Maleev V.Ia.,Shestopalova A.V. Energetics of hydration of nucleic acids with various nucleotide composition // Biofizika. – 2002. – 47, №3. – Р.420-426.
  89. Maleev V., Semenov M., Kashpur V., Bolbukh T., Shestopalova A., Anishchenko D. Structure and hydration of polycytidylic acid from the data of infrared spectroscopy, EHF dielectrometry and computer modeling // J. Mol.Structure. – 2002. – 605, N1. – Р.51-61.
  90. Анищенко Д.Б., Березняк Е.Г., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. Физические механизмы взаимодействия производных актиноцина с ДНК. 8. Моделирование структуры и гидратации производных актиноцина с различной длиной аминоалкильных цепочек // Вісник Харківського університету №568, Біофізичний вісник. – 2002. – Вып.2 (11). – С.25-29.
  91. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B. A spectroscopic and calorimetric study of DNA complexation with a new series of actinocin derivatives (ActII-ActV). В книге: Anti-cancer drug design: biological and biophysical aspects of synthetic phenoxazone derivatives. Editors: A.N.Veselkov, D.D.Davis; SEVNTU press, Sevastopol. – 2002, Р. 47-125.
  92. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B., Bolbukh T.V, Gasan A.I., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V. Spectroscopic and calorimetric study of DNA interaction with a new series of actinocin derivatives // J. Mol. Structure. – 2003. – 645. – Р.145-158.
  93. Veselkov A. N., Maleev V. Ya. , Glibin E. N., Karawajew L., Davies D. B. Structure–activity relation for synthetic phenoxazone drugs. Evidence for a direct correlation between DNA binding and pro-apoptotic activity // Eur. J. Biochem. – 2003. – 270. – P. 4200–4207.
  94. Sukhodub L.F., Moska C., Sukhodub L.B., Sulkio-Cleff B., Maleev V.Ya., Semenov M.A., Bereznyak E.G., Bolbukh T.V. Collagen-hydroxyapatite-water interactions investigated by XRD, piezogravimetry, infra-red and Raman spectroscopy // Mol. Structure. – 2004. – 704. – Р.53-58.
  95. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation. – 2005. – 31, N 8. – P. 567–574
  96. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Спектрофотометрическое исследование связывания берберина и амитозина с тимусной ДНК в присутствии этидиум бромида // Украинский биохимический журнал. – 2005. – Т. 77. – № 4. – С. 74-80.
  97. Круглова Е.Б., Гладковская Н.А., Малеев В.Я. Использование метода спектрофотометрического анализа для вычисления термодинамических параметров связывания в системах актиноциновые производные – ДНК // Биофизика. – 2005. – 50, № 2. – С. 253-264.
  98. Круглова Е.Б., Больбух Т.В., Гладковская Н.А., Близнюк Ю.Н. Связывание антибиотиков актиноцинового ряда с матрицей полифосфата // Биополимеры и клетка. – –  21, №4. – С.358-364.
  99. Miroshnychenko K. V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation – 2005. - 31, N. 8. - P. 567–574.
  100. Shestopalova A.V. The investigation of the association of caffeine and actinocin derivatives in aqueous solution: A molecular dynamics simulation // J. Mol. – 2006. – 27, N1-3. – P.113-117.
  101. Шестопалова А. В. Связывание производного актиноцина c фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло // Биополимеры и клетка. – 2007. – 23, N – С.35-44.
  102. Березняк Е. Г. и др. Взаимодействие производного актиноцина с различными структурами poly(rC) // Биофизика. – 2007. – 52,  N – С. 812-821.
  103. Sukhanov S. et al. Structure and hydrogen bonding in polyhydrated complexes of guanine / O. // Structural Chemistry. – 2008. – 19, N 1. – P. 171-180.
  104. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // Int.J.Qunt.Chem. – 2010. - 110, №1. - Р.230-232.
  105. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem– 2010. - 110, №1. - Р.161-176.
  106. Fleury V., Al-Kilan A., Boryskina O.P. et al. Introducing the scanning air puff tonometer for biological studies // Phys Rev E. – 2010 - 81(2 Pt 1):021920.
  107. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Полиморфизм ДНК и белково-нуклеиновое узнавание // Биополимеры и клетка. - 201 - № 5, Т.26. - С.360-372.
  108. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК-лиганд по данным диэлектрометрии // ДАНУ. – 2010. – 10. - C.170-175.
  109. Кондакова Г. К., Семко Г.О., Древаль Н.В., Колесніков В.Г., Каменєв Ю.Ю. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro // Дерматология и венерология.- 2010.- №4 (50).- С. 33-37.
  110. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Khorunzhaya O.V. Application of differential EHF dielectrometry in molecular biophysics // Telecommunications and Radio Engineering. – 2010. – V.69. – n.16. – P. 1473-1489.
  111. Beshnova D.A., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice // – 2011. – V.95. – N.3. – P.208-216.
  112. Fleury V., Boryskina O.P., Al-Kilani A. Hyperbolic symmetry breaking and its role in the establishment of the body plan of vertebrates / C. R. Biol. – 2011. – V.334.– N.7. – P. 505-515.
  113. Iermak Ie. Light-absorption spectroscopy of mutagen - DNA complex: binding model selection and binding parameters calculation / Iermak Ie. // J. Applied Electromagnetism. – 2011. - V.13, N 3. - P. 15-22.
  114. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Исследование термической устойчивости нуклеиновых кислот и их структурных компонентов // Биофизика. – 2011. – Т.56, № 3. – С.403-409.
  115. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Комплексы белки-ДНК: специфичность и механизмы узнавания // Биополимеры и клетка. - 201 - № 1, Т.27. - С.3-16.
  116. Древаль Н.В., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Теличко Т.В. Исследование поверхностного натяжения плазмы крови больных дерматозами с помощью акусто-диэлектрического метода // Дерматология и венерология.- 2011.- № 4.- С. 47-51
  117. Глибицкий Г.М., Джелали В.В., Зегря Г.Г., Рошаль А.Д., Мартинов А.В. Исследование межфазных границ, содержащих адсорбированные наночастицы Ag@N и нанокластеры Ag@NДНКN // Вопросы химии и хим. технологии. – 2011. - №4. - С. 162-164.
  118. Semenov M.A., Blyzniuk Iu.N., Bolbukh T.V., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P., Maleev V.Ya. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules probed by the methods of vibrational spectroscopy // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. – – 95, N1. - P. 224–229.
  119. Glibitskiy G. M. et al. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles // Ukr. Phys. J. – 2012. – 57, N7. – P.695-699.
  120. Dukhopelnikov E. V., Bereznyak E. G., Khrebtova A. S., Lantushenko A. O., Zinchenko A. V. Determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimensional DSC curves // J. Therm. Anal. Calorim. - 2013. - 111, N3. - P. 1817–1827.
  121. Glibitskiy G. M., Perepelytsya S.M., Volkov S.N. Texture formation in DNA films with alkali metal chlorides // - 2013. - 99, N3. - P.508-516.
  122. Ponomarenko A.M., Kostina T.V., Blyzniuk I.M., Persky E.E., Semenov M.A. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress // European – 2013. - 44, № 3-2. - P.666-672.
  123. Солошенко Э.Н., Кондакова А.К., Колесников В.Г., Хмель Н.В., Шевченко З.М., Ярмак Т.П. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61).– С. 32 – 37.
  124. Glibitskiy G. Fractal textures of bovine serum albumin films // Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  125. Pesina D. A., Kashpur V. A., Khorunzhaya O. V., Shestopalova A.  Hydration of complexes of chlorophyllin with human and bovine serum albumin investigated by differential EHF dielectrometry // Біофізичний Вісник (Вісник ХНУ) - Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  126. Zhitnikova M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V. Sequence-specific transitions of the torsion angle gamma change the polar-hydrophobic profile of the DNA grooves: implication for indirect protein-DNA recognition // Biomol. Struct. Dyn. - 2014. - V.32. – N 10. – pp. 1670-1685.
  127. Шестопалова А. В., Житникова М.Ю., Борискина Е.П. Полиморфизм ДНК и проблема белково-нуклеинового узнавания: монография. — LAP: Lambert Academic Publishing, Saarbrucken, Germany, 2014-03-25, 112 с., ISBN 978-3-659-30140-7.
  128. Малеев В. Я. Методы биофизических исследований: монография. — Х.: ХНУ им. В.Н. Каразина, Харьков, 2014. — 457 с., ISBN 978-966-285-102-1.
  129. Evstigneev M.P., Shestopalova A.V. Structure, Thermodynamics and Energetics of Drug-DNA Interactions: Computer Modeling and Experiment, pp.21-58, In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine; Series: Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, V. 17; Netherlands. Springer, Springer Science+Business Media Dordrecht, 2014, 550 p. ISBN: 978-94-017-9256-1.
  130. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Гладковская Н.А., Хребтова А.С.,Песина Д.А., Хорунжая О.В., Костюков В.В., Евстигнеев М.П. Термодинамика комплексообразования лигандов с нуклеиновыми кислотами в водном растворе: Монография. - М.: Вузовский учебник:  НИЦ ИНФРА-М, 2015. - 166 с. - (Научная книга). ISBN 978-5-9558-0417-0.

Патенти

Найменування Видавництво Прізвище
1 Відкритий резонатор для вимірювання діелектричної проникності матеріалів Деклараційний патент на винахід №67978 А від 15.07.2004 р. И.К. Кузьмичов, Г.М. Глибицький, П.Н.Мележик.
2 Пристрій для визначення діелектричної проникності і тангенса кута втрат матеріалів Деклараційний патент на корисну модель №5629 U від 15.03.2005 р. Г.М. Глибицький, И.К. Кузьмичов.
3 Спосіб визначення впливу речовини на нуклеїнову кислоту Патент на корисну модель №26115 U від 10.09.2007 р. Г.М. Глибицький, А.А.Красницька.
4 Спосіб визначення впливу речовини на нуклеїнову кислоту Патент на винахід №86242 С2 від 10.04.2009 р. Г.М. Глибицький, А.А.Красницька.

Публікації

2005

  Статті
  1. Miroshnychenko K.V., A.V. Shestopalova. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation. – 2005. – V. 31. – N. 8. – P. 567–574.
  2. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Спектрофотометрическое исследование связывания берберина и амитозина с тимусной ДНК в присутствии этидиум бромида // Украинский биохимический журнал. – 2005. – Т.77. – № 4. – С. 74-80.
  3. Е.Б. Круглова, Н.А. Гладковская, В.Я. Малеев Использование метода спектрофотометрического анализа для вычисления термодинамических параметров связывания в системах актиноциновые производные-ДНК // Биофизика. – 2005. – Т. 50 – Вып.2. – С. 253-264.
  4. Круглова Е.Б., Больбух Т.В., Гладковская Н.А., Близнюк Ю.Н. Связывание антибиотиков актиноцинового ряда с матрицей полифосфата // “Біополімери і клітина”. – – Т.21. – №4. – С.358-364.
  5. Мележик Е.П., Семенов М.А., Иванов А.Ю.. Исследование тонкой структуры полосы амид I ИК-Фурье спектра коллагена. // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1(15). – С. 62-67.
  6. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В., Круглова Е.Б., Семёнов М.А., Малеев В.Я. Исследование комплекса актиноцил-бис-(3-диметиламинопропил) амина ─ двуспиральная полирибоцитидиловая кислота по данным Раман спектроскопии и спектрофотометрии. Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник” . – 2005. –Вып.1(15). – С. 29-34.
  7. О.В.Хорунжая, В.А.Кашпур, А.А.Красницкая, В.Я.Малеев. Влияние гамма излучения на гидратацию и структуру комплекса ДНК – кофеин. Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – –Вып.1(15). – С.68-72.
  8. Шестопалова А.В., Мирошниченко Е.В. Компьютерное моделирование комплексообразования производной актиноцина и двуспиральной полирибоцитидиловой кислоты // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1(15). – С.57-62.
  9. Минакова Е.А., Будько Л.В., Близнюк Ю.Н., Круглова Е.Б. Изучение комплексообразования актиноциновых производных с ДНК методами спектрофотометрии и Раман спектроскопии. // “Вестник Сев. ГТУ”. Севастополь. – 2005. – 70 – C. 111-118.
  10. Малеев В.Я., Шестопалова А.В. Физические принципы молекулярной организации биополимеров // Радиофизика и электроника. – 2005. – Т.10, спец.впуск. – С. 677-699.
  11. Борискина Е.П., Больбух Т.В., Семенов М..А. Валентные колебания карбонильных групп в Раман спектрах коллагена и poly(Gly-Pro-Pro): расчет и эксперимент // Вісник ХНУ №716, “Біофізичний вісник”. –2005. –Вып. 2 (16). – С. 5-10.
  12. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Калориметрическое исследование термической устойчивости структурных элементов нуклеиновых кислот // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1 (15). – С. 11-14.
Тези
  1. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Kruglova E.B. Raman spectroscopy and spectrophotometry investigation of actinocin derivatives interaction with polynucleotides. III International Conference “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”, May 27-31, 2005, Kyiv, Ukraine, p.184.
  2. Shestopalova A.V. The investigation of the molecular mechanisms of the association of actinocin derivative and caffeine in aqueous solution: the molecular dynamics simulation //III Int.Conf. “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”, May 27-31, 2005, Kyiv, Ukraine,р. 178.
  3. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Computer simulation of target-ligand interactions // 1st Int.Symp.Methods and Applications of Computational Chemistry, 30 June-1July 2005, Kharkov,Ukraine, Books of Abs., p.54.
  4. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Kruglova E.B. Conformational changes of actinocin derivatives by the Raman spectroscopy and pH-metry. XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, p.37.
  5. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Molecular dynamics simulation of single-stranded polyribocytidylic acid // XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, Book of Abs., p.208.
  6. Ermak E.L., Kruglova E.B. Spectrophotometric investigation of competitive binding of actinocine derivative ActII and 6-Azacytidine to DNA // Proc. Of the International School-Seminar Spectroscopy of Molecules and Crystals XVII ISSSMC. – Beregove, Ukraine. – 2005. – P.286.
  7. Kruglova E.B, Gladkovskaya N.А.The shift of the melting temperature of DNA-ligand complexes compared with melting temperature of “pure” DNA. XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, p.281.
  8. A. Gladkovskaya, E. B. Kruglova. The comparison of different calculation methods of the melting temperatures for DNA-ligand complexes. The International Biophysics Congress Montpellier, France 2005 IUPAB, 15th Congress and EBSA, 5th Congress.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Связывание актиноцинового производного ActII с ДНК в присутствии бромистого этидиума и Хоехста 33258 // актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики “Физика. Биофизика – 2005”. Севастополь, 4-9 апреля 2005 г., С. 62.
  10. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. конкурентное связывание актиноцинового производного ActIV этидиума бромида с ДНК // конференція молодих учених КМУ-ФНТ-2005. – Харків, Україна. – 2005. – С.35.
  11. Ermak E.L., Kruglova E.B. Investigation of competitive binding of biologically active ligands with calf thymus DNA in aqueous solution // 3rd International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2005. – P.191.
  12. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Исследование взаимодействия модифицированного тиотэфом алкалоида чистотела большого амитозина1 с тимусной ДНК в присутствии окрашенных биологически активных меток // Міжнародний форум “Основи молекулярно-генетичного оздоровлення людини і довкілля”. Київ, Україна. – 2005. – С.105-108.
  13. Минакова Е.А., Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Изучение взаимодействия актиноциновых производных с ДНК методами спектрофотометрии и Раман спектроскопии. Всеукраинская науч.-технич. Конф. Мол. Ученых “Актуальные вопросы теор. И прикладн. Физ. И биофиз.”, Севастополь, 2005, с. 46.
  14. Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Исследование взаимодействия актиноциновых производных с ДНК методом Раман спектроскопии. Конференція молодих вчених “Фізика Низьких Температур (КМУ-ФНТ-2005)”, Харків 2005, с 35.
  15. Близнюк Ю.Н. Исследование комплексообразования актиноциновых производных с разной длиной боковых цепочек с ДНК методами Раман спектроскопии и спектрофотометрии в УФ и видимой области. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с.46.
  16. Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Применение Раман спектроскопии для исследования комплексообразования этидиум бромида с ДНК. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 47.
  17. Е.П. Борискина. Исследование межпептидной водородной связи в коллагеновых структурах. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 55.
  18. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Новые аспекты взаимодействия бромистого этидиума с тимусной ДНК. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 48.
  19. Животова Е.Н., Духопельников Е.В. Исследование водных растворов оксиэтилированного глицерина (N=30) методами ДСК и ИК-спектроскопии. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 48.
  20. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Расчетное и экспериментальное сравнение комплексообразования с молекулами ДНК актиноциновых производных с различным строением боковых цепей. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 49.
  21. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Расчет точечных зарядов на атомах двухзарядного катиона производной актиноцина Аct3 // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 50.
  22. Хребтова А.С. Исследование плавления комплексов ДНК с производным актиноцина Аct3 при различных соотношениях концентраций ДНК-лиганд. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 53.
Автореферат
  1. Духопельников Є.В. Молекулярні механізми взаємодії нових антибіотиків актиноцинового ряду з матрицями нуклеїнових кислот. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2004. – 17 с.


2006

  Статті
  1. Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование ассоциации кофеина и производных актиноцина в водных растворах // Биофизика, 2006, т.51, вып.3, с 389-401.
  2. Shestopalova A.V. The investigation of the association of caffeine and actinocin derivatives in aqueous solution: A molecular dynamics simulation // Journal of Molecular Liquids, 2006, v.127, N1-3, P.113-117.
  3. Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование гидратации фрагментов различных структурных форм полирибоадениловой кислоты // Біофізичний вісник. – 2006. - вип.1(17). -  С.5-14.
  4. Шестопалова А.В., Больбух Т.В., Семенов М.А. Молекулярные механизмы взаимодействия кофеина с различными структурными формами полирибоадениловой кислоты: эксперимент и компьютерное моделирование // Біофізичний вісник. – 2006. - вип.1(17). -  С.24-35.
  5. Берест В.П., Малеев В.Я., Карпенко Н.О. Характеристика структурно-функціональних властивостей клітин крові тварин за різної тривалості опромінювання. // В кн. „Вплив радіаційного фактора Чорнобильської зони відчудження на організм тварин”. – 2006. Київ, Атіка. – С.163-173.
    1. Борискина Е.П., Больбух Т.В., Семенов М.А., Малеев В.Я. Физические факторы стабильности трехспиральных структур колагенового типа // Біополімери та клітина. – 2006. – Т. 22, № 6. – C. 458-467.
  Тези
  1. Kruglova O.B., Ermak E.L., Bolbukh T.V. binding modes of ethidium bromide to calf thymus DNA // Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 68.
  2. Gladkovskaya N.A. Multimodal binding of actinocin derivative to single stranded poly(dA)// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 64.
  3. Boryskina O.P., Bolbukh T.V., Semenov M.A. Factors of stabilization of collagen structures: Quantitative estimations of energies of peptide-peptide and peptide –water hydrogen bonds// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 54.
  4. Minakova Ye.O., Kruglova O.B. Influence of the structure of actinicin derivatives on binding process with Calf Thymus DNA// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II 2006. Bedlewo (Poland) – May 11-13, 2006 – P. 68.
  5. Boryskina O.P., Semenov M.A. Peptide-peptide and peptide-water hydrogen bonds in collagen: estimation of energies on the basis of IR spectroscopy, quartz piezogravimetry and differential scanning calorimetry // Proceedings of the III-th International Conference on Hydrogen Bonding and Molecular Interactions. - Kyiv (Ukraine). - May 15-21, 2006. - P. 34.
  6. Борискина Е.П. Расчет тонкой структуры полосы Амид I в Раман спектрах poly(Gly-Pro-Pro) и коллагена // Сборник тезисов докладов II-й Всеукраинской научно-технической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики» Физика. Биофизика. - Севастополь (Украина). -  17-22 апреля 2006 г. - С. 87-89.
  7. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Особенности взаимодействия бромистого этидия с тимусной ДНК // актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики “Физика. Биофизика – 2006”. Севастополь, 2006 г., С. 104.
  8. Близнюк Ю.Н., Круглова Е.Б. Раман исследование В→А структурного перехода ДНК в присутствии єтидиума бромида // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. - С.33.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.Г., Алексеева И.В. Исследование конкурентного связывания аналогов цитидина и бромистого этидия с тимусной ДНК // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 2006. – 13-14 грудня 2006. - С.37.
  10. Духопельников Е.В., Хребтова А.С. Моделирование конформационніх переходов Poly(rC), индуцированных изменением рН // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.36.
  11. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Моделирование влияния ионных сил на изотермы связывания лекарственных веществ с ДНК при разных значениях фактора кооперативности // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 13-14 грудня 2006. –С.41.
  12. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Молекулярно-динамическое моделирование различных спиральных форм полирибоцитидиловой кислоты // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна.– 13-14 грудня 2006. – С.41.
  13. Нестеренко А.Л., Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование комплекса односпиральной полирибоцитидиловоц кислоты с кофеином методом докинга и молекулярной динамики // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.42.
  14. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Красницкая А.А. Гидратация кофеина и его интактного и гамма-облученного комплексов с ДНК по данным КВЧ-диэлектрометрии // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 13-14 грудня 2006. – С.47.
  15. Борискина Е.П., Флори В. In vivo исследование эластичности тканей куриных эмбрионов на различных этапах эмбриогенеза // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.46.
  16. Малеєв В.Я. Деякі проблеми сучасної молекулярної біофізики // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.27.
  17. Борискина Е. П., Семенов М.А., Больбух Т.В., Суходуб Л.Б. особенности гидратации и конформационных переходов чистого и минерализованного коллагена // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.275.
  18. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Красницкая A.A. Изменения взаимодействия комплекса ДНК-кофеин с растоворителем при воздействии гамма излучения // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.300.
  19. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Влияние производного актиноцина на конформационное состояние полирибоцитидиловой кислоты // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.273.
  20. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В. Структурные изменения ДНК при взаимодействии с ЭБ по данным Раман спектроскопии // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.274
  21. Глибицкий Г.М., Красницкая A. A., Гудзенко В.И. Текстуры пленок Na-ДНК, полученных из растворов при разных влажностях и температурах // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.286.
  22. Шестопалова А.В. О двух возможных механизмах влияния кофеина на биологическую активность производных актиноцина – аналогов противоопухолевых антибиотиков // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.332-333.
Автореферат  
  1. Гладковська Н.О. Спектрофотометричний аналіз зв’язування біологічно активних лігандів з молекулами ДНК.– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2006. – 24 с.


2007

  Статті
  1. Шестопалова А.В. Связывание производного актиноцина c фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло // Биополимеры и клетка. – 2007. – Т.23. – С.35-44.
  2. Boryskina O.P., Bolbukh T.V., Semenov M.A., Gasan A.I., Maleev V.Ya. Energies of peptide-peptide and peptide-water hydrogen bonds in collagen: evidences from infrared spectroscopy, quartz piezogravimetry and differential scanning calorimetry // J. Mol. Struct. – 2007. – Vol. 827. – P. 1-10.
  3. Круглова Е. Б. Необычные формы изотерм адсорбции в трехкомпонентных системах // Биофизика. – 2007. – Т.52. – Вып. 5. – С. 822-824.
  4. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Взаимодействие производного актиноцина с различными структурами poly(rC). // Биофизика. – 2007. – Т.52. – Вып. 5. – С. 812-821.
  5. Акимов В.И., Тулупенко В.Н., Шестопалова А.В., Alfinito E., Penneta C., Reggiani L. Электрические свойства молекулы белка в составе двухтерминального устройства / Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник. - 2007. - Вып.1(18). - С.26-30.
  6. Борискина Е.П., Семенов М.А., Больбух Т.В., Суходуб Л.Б., Суходуб Л.Ф., Малеев В.Я. Влияние минерализации на гидратацию и структурное состояние коллагена // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник. - –Вип. 18. - С. 5-13.
  7. Гладковская Н.А Анализ Взаимодействия биологически активных лигандов с Нуклеиновыми кислотами // Біофізичний вісник – 2007. – Вып.19. - С. 55-64.
  8. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Связывание теофиллина с тимусной дНК в присутствии конкурирующих лигандов // Біофізичний вісник. – 2007. – Вып.19. - С. 13-19.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.Г., Алексеева И.В. Спектрофотометрическое исследование механизмов связывания аналогов цитидина и бромистого этидия с днк // Биополимеры и клетка. - 2007. –T. 23. - вып.6. с.529-537.
  10. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Влияние производного актиноцина Act III на плавление ДНК в составе комплексов ДНК – Aсt III при различных концентрациях лиганда. // Біофізичний вістник – 2007. – Вып.19. - С. 29-35.
  11. Еременко З.Е., Кашпур В.А. Диэлектрические измерения сильно поглощающих жидкостей в миллиметровом диапазоне длин волн // Вісник ХНУ. Біофізичний Вісник. – 2007. Вип. 19. - С. 122-136.
  12. Семенов М.А., Борискина Е.П., Малеев В.Я. Подвижность азотистых оснований при гидратации двунитевых полинуклеотидов в пленках. // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2007. – Вып.19. - С. 20-28.
Тези
  1. O. Minakova, O.B. Kruglova Investigation of ionic strength influence on the binding of the Actinomycin D deriveative to DNA//6th EBSA European Biophysics Congress, London (U.K.).-July 14th - 18th 2007. - P. S202.
  2. Boryskina O. P., Le Grand Y., Fleury V. Visualization of collagen distribution in skin by means of double imaging by two-photon excited fluorescence and second harmonic generation: implication for developmental biology. Proc. of the Mediterranean Microwave Symposium MMS 2007. May 14-16, 2007. Budapest, Hungary.
  3. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Molecular dynamics simulation of DNA dodecamers of different sequence, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 66.
  4. Golius A.M., Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V.Computer simulation of interaction of actinocin derivative with DNA fragments of different sequence, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 65.
  5. Sukhanov O.S., Shestopalova A.V., Miroshnychenko K.V. “Analysis of intramolecular hydrogen bonds of actinocin derivatives – analogues of anticancer antibiotics”, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 47.
  6. Kruglova O.B., Gladkovskaya N.A., Palchykovskaya L.N., Alexeeva I.V. Binding affinity of the 6-azacytidine to DNA molelules// XVIII International School-Seminar" Spectroscopy of Molecules and Crystals" 20.09-27.09.2007, Beregove, Crimea, Ukraine, p.215.
  7. Iermak Ie.L., Kruglova O.B. Method of spectrophotometrical investigation of competitive binding of two biologically active ligands with DNA // Тези Міжнародної конференції студентів і молодих науковців з теоретичної та експериментальної фізики „ЕВРИКА-2007”, м. Львів, Україна – 2007 – с. 25.
  8. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Исследование связывания актиноцинового производного и бромистого этидия с тимусной ДНК// VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка". 12-14.12.2007, Харків, Україна, с. 38.
  9. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Влияние одновалентных ионов на связывание актиноцинового производного с нативной и денатурированной ДНК// VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка". 12-14.12.2007 , Харків, Україна, с. 37.
  10. Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Березняк Е.Г. Определение параметров связывания лигандов с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии. // VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків, 2007. С.30.
  11. Zhivotova E.N., Zinchenko A.V., Kuleshova L.G., Dukhopelnykov E.V. Physical states of a binary system water – oxyethylated glycerol (polymerization degree is n = 5) at temperatures lower than 273 K. // Конференція молодих вчених «Фізика низьких температур», Харків 2007. С.21.
  12. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. “Динамика додекамеров ДНК различной последовательности”, Збірник анотацій VII Харківської конференції молодих науковців “Радіофізика та електроніка”, Харків, Україна, 12-14 грудня, 2007, с.34.
  13. Голиус А.М., Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. “Молекулярный докинг производного актиноцина и фрагментов ДНК разной последовательности”, Збірник анотацій VII Харківської конференції молодих науковців “Радіофізика та електроніка”, Харків, Україна, 12-14 грудня, 2007, с.35.
  14. Филипский А.В. Исследование механизма термического разрушения нуклеиновых кислот. // VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків, 2007. С.29.
Автореферат  
  1. Борискіна О.П. Енергії водневих зв’язків, що стабілізують конформацію гідратованих колагенових структур. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2007. – 19 с.
  2. Шестопалова Г.В. Молекулярні механізми гідратації та комплексоутоврення нуклеїнових кислот з біологічно активними речовинами // Автореферат дисертації на здобуття наук.ступ. доктора фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харьків, 2007, 35 с.


2008

  Статті
  1. Sukhanov O.S., Shishkin O.V., Gorb L.,  Leszczynski J.,  Structure and hydrogen bonding in polyhydrated complexes of guanine. Structural Chemistry 2008, Vol 19, N 1 , 171-180.
  2. P. Boryskina, Y. Le Grand, C. Odin and V. Fleury. The role of distribution and orientation of collagen fibers in tissue development: study by means of double imaging by two-photon excited fluorescence and second harmonic generation microscopy. J. .European Microwave Association. – 2008. - V. 4. - N 3. - P. 255-259.
  3. Odin C, Guilbert T, Alkilani A, Boryskina OP, Fleury V, Le Grand Y. Collagen and myosin characterization by orientation field second harmonic microscopy. Opt Express. – 2008. - V.16. – N 20. – P.16151-6165.
  4. Al-Kilani A, Lorthois S, Nguyen TH, Le Noble F, Cornelissen A, Unbekandt M, Boryskina O, Leroy L, Fleury V. During vertebrate development, arteries exert a morphological control over the venous pattern through physical factors. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. – 2008. – V.77. - (5 Pt 1):051912.
  5. N. Zhivotova, A.V. Zinchenko, L.G. Kuleshova, E.V. Dukhopelnikov, V.V. Chekanova Low-temperature phase behaviour of the binary system water–oxyethylated glycerol of polymerization degree n=5 and intermolecular interactions in the system // Molecular Physics. – 2008. - V. 106. - N. 14. – Р. 1751–1759
  6. Акимов В.И., Шестопалова А.В., Тулупенко В.Н., Alfinito E., Penneta C., Reggiani L. Способы моделирования флюктуаций молекулы белка в рамках метода нерегулярной сети импедансов // УФЖ, T. 53, N 6, C.595-601, 2008.
  7. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Хорунжая О.В. Применение метода дифференциальной КВЧ диэлектрометрии в молекулярной биофизике // Радіофізика та електроніка. – Харків: Ін-т радіофізики та електрон. НАН України. – 2008. – Том 13, спец. вип. – С.446-454.
  8. Е.Н. Животова, Е.В. Духопельников Оценка количества воды, связанной с оксиэтилированными производными глицерина // Доп. НАН України. — 2008. — N — С. 89-93.
  9. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Молекулярно-динамическое моделирование различных спиральных форм полирибоцитидиловой кислоты // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2008 – Вып.21 (2). - С. 5-18.
  10. Гладковская Н.А., Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.И., Алексеева И.В. Взаимодействие 6-азацитидина с молекулами ДНК. // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2008. – Вып.21 (2). - С. 19-28.
  11. Glibitsky G.M. Na-DNA films with ions of metals. // Biophysical Bulletin. – 2008. – Issue 21 (2). – P.29-34.
Тези
  1. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Хребтова А.С. Исследование плавления комплексов ДНК с профлавином при различных соотношениях концентраций ДНК – лиганд // Материалы IV Всеукраинской научно-технической конференции. Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2008. Тези доповідей. С.195-196.
  2. S. Khrebtova, Ye.V. Dukhopelnykov, E.G. Bereznyak, N.A.Gladkovskaya, A.V.Zinchenko. Thermodynamic parameters of DNA – proflavine interaction // 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems. Kyiv, Ukraine 2008. - Book of Abstr. - P.207.
  3. S. Khrebtova, Ye.V. Dukhopelnykov, E.G. Bereznyak, N.A. Gladkovskaya. Proflavine-DNA interaction at different ligand concentration // Збірник тез. Міжнародна наукова конференція присвячена 70-річчю від дня народження проф. Гойди О.А. Біофізичні механізми функціонування живих систем. Львів 2008. С.20-21.
  4. А.С. Хребтова. Спектроскопические исследования взаимодействия профлавина с матрицами различного нуклеотидного состава // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.
  5. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Сравнительный анализ взаимодействия взаимодействия теофиллина и кофеина с тимусной ДНК в присутствии конкурирующих лигандов // IV Всеукраинская научно-техническая конференция актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии “БФФХ – 2008”. Севастополь, Украина. – 2008. – Тезисы докладов. С.152 – 153.
  6. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Методика анализа конкурентного связывания двух лигандов с нуклеиновыми кислотами // 1-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2008. – Харків, Україна. – 2008. – Тези доповідей. - С.102.
  7. Iermak Ie.L., Kruglova O.B. Study of ethidium bromide binding to calf thymus DNA in presence of competing ligands in aqueous solution // 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P.206.
  8. V.Miroshnychenko, A.V.Shestopalova The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Advanced Research Workshop "Molecular Self-Organization in Micro-, Nano-, and Macro-Dimensions: From Molecules to Water, to Nanoparticles, DNA and Proteins", 8 - 12 June, Kiev, Ukraine, Book of Abstr. – Р.72
  9. Е.В. Мирошниченко Представление оси двойной спирали ДНК в виде ломанной с минимальнім числом отрезков // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. - С.151
  10. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Gasan A.I. The molecular mechanisms of binding of riboflavin to DNA by the data of Raman spectroscopy and VIS-UV spectrophotometry. IV International Conference “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P. 206.
  11. Bliznyuk J.N., Bolbukh T.V., Gasan A.I. Binding of riboflavin-5’-phosphate to DNA studied by the Raman spectroscopy and VIS-UV spectrophotometry. The Europolymer Conference 2008 (EUPOC 2008) on “Advanced Polymeric Materials for the Energy Resources Exploitation: Synthesis, Properties and Applications”, Italy, Gargnano (Brescia), 2008. – Book of Abstr. - P.78
  12. Kashpur V.A., Khorunzha O.V and Maleev V. Ya. Interrelation of hydration in solutions with complexation of biological molecules as revealed by dielectrometry. 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P. 205.
  13. Кашпур В.А., Хорунжа О.В., Малєєв В.Я. Гідратаційні ефекти при утворенні комплексів біологічних молекул // Збірник тез. Міжнародна наукова конференція присвячена 70-річчю від дня народження проф. Гойди О.А. Біофізичні механізми функціонування живих систем. Львів 2008. С.16-17
  14. Шестопалова А.В. Молекулярные модели комплексов нуклеиновых кислот и биологически активных веществ в условиях мультимодального и конкурентного связывания // Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2008. Тези доповідей. С.193
  15. Yu. Tkachenko, А.V. Shestopalova, М.Y. Tolstorukov. ProtNA-ASA: Protein-Nucleic Acid Structural Database with Information of Accessible Surface Area NATO. Advanced Research Workshop "Molecular Self-Organization in Micro-, Nano-, and Macro-Dimensions: From Molecules to Water, to Nanoparticles, DNA and Proteins", 8 - 12 June, Kiev, Ukraine, Book of Abstr. – Р.195
  16. М.Ю. Ткаченко, Е.П. Борискина, М.Е. Толсторуков, А.В. Шестопалова Исследование непрямых механизмов белково-нуклеинового узнавания с использованием базы данных ProtNA-ASA // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. - С. 154
  17. В.И. Акимов, А.В. Шестопалова, В.Н. Тулупенко, L.Reggiani Моделирование действия одномолекулярного белкового нанобиосенсора // 3-я міжнародна науково-технічна конференція "Сенсорна електроніка та мікросистемні технології" (СЕМСТ-3), Україна, Одеса, Червень 2-7, 2008,  тези доповідей, с.214.
  18. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Связывание актиноцинового производного с ДНК в присутствии одновалентных ионов//IV Всеукраинская научно техническая конференция «Акутальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», 21-26.04.2008, Севастополь, Украина, С.197
  19. Minakova E.A., Kruglova E.B. Different interaction models for explanation of ligands binding to polynucleotides optical properties//XXIX European Congress on molecular spectroscopy “EUCMOS 2008”, 31.08-05.09.2008, Opatija, Croatia, Р. 196
  20. Minakova Ye., Kruglova O. Influence of different types of monovalent ions on binding parameters actinocine ligands to denatured DNA // Міжнародна наукова конференція „Біофізичні механізми функціонування живих систем”, 16-18.10.2008, Львів, Україна
  21. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Исследование влияния ионов щелочных металлов на комплексообразование в системах ДНК-лиганд // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.153
  22. Борискина Е.П., Семенов М.А. Подвижность азотистых оснований при дегидратации ДНК в пленках // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.168
Автореферат
  1. Єрмак Є. Л. "Конкурентне зв’язування біологічно активних речовин з полінуклеотидними матрицями"– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2008. – 19 с.
  2. Суханов О. С "Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну"– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. хімічних наук за спеціальністю 02.00.04 – фізична хімія – Комп¢ютерно-копіювальний центр „МіФ”, Харків, 2008. – 19 с.


2009

  Статті  
  1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // 10.1002/qua.22067 Published Online: 19 May 2009
  2. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem. DOI1002/qua.22290 Published Online: 27 Oct 2009
  3. Bliznyuk Yu.N., Kruglova E.B., Bolbukh T.V., Ovchinnikov D.V. Influence of solution acidity on structure of actinocin derivatives and their affinity to DNA studies as a function of pH by Raman spectroscopy // Spectroscopy Letters, v.42, 2009, P.498-505
  4. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В., Круглова Е.Б., Семенов М.А., Малеев В.Я. Исследование комплексообразования бромистого этидия с ДНК методом спектроскопии комбинационного рассеяния света // Биополимеры и клетка, т.25, № 2, 2009, с.126-132.
  5. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Особенности взаимодействия профлавина с ДНК при различных соотношениях их концентраций // Биофизика, т.54, вып.5, 2009, с.805-812
  6. Жукова Т.В., Перский Е.Э., Больбух Т.В., Семенов М.А. Влияние деформации кожи на гидроксилирование пролина в синтезируемом коллагене типа I и его гидратацию // Доповіді Національної академії наук України, 2009, №5, с.191-194.
  7. Н. В. Древаль, С. Ю. Рубан, В. Г. Колесников. Влияние миллиметровых волн и лазерного излучения на структурно-динамические свойства воды в биологических системах // Науково-технічний бюлетень, вип. 10, № 1-2, 2009 г., стр. 427 – 413.
  8. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Гидратация комплексов ДНК с полиаминами // Бiофiзичний вiсник. - 2009. - Вип. 22 (1). - C. 5-13.
  9. Филипский А.В. Механизм термического разрушения нуклеиновых кислот // Бiофiзичний вiсник. - 2009. - Вип. 22 (1). - C. 98-102.
  10. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Взаимодействие производного актиноцина с молекулами ДНК при разных концентрациях одновалентных ионов щелочных металлов Na+ и K+// Біофізичний Вісник, Вип 2 (23), 2009, c. 30-39.
  11. Колесников В. Г., Древаль Н. В., Каменев Ю. Е., Корж В. Г. Связь солнечной активности с электромагнитным откликом микроводорослей открытых водоёмов Харьковской области // Физика живого, Т. 17, No1, 2009. С.98-104.
  12. Древаль Н.В., Рубан С.Ю., Чернєцов О. А., Колесніков В. Г. Можливість застосування методу НВЧ-діелектрометрії для оцінки якості свіжоодержаного еякуляту бугаїв-плідників // Науково-технічний бюлетень.- №100. -2009.- С. 219-223.
Тези
  1. Boryskina O.P., Tkachenko M.Y., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. DNA accessible surface area and indirect protein-DNA recognition: study by bioinformatical approach // 7th EBSA European Biophysical Congress, July 11-15, Genova, Italy. – P.562
  2. Minakova E.A., Kruglova E.B. Different interaction models for explanation of ligands binding to polynucleotides optical properties//Xth international conference on molecular spectroscopy “From molecules to molecular materials and biological systems”, 6-10.09.2009, Kraków – Bialka Tatrzanska, Poland, p.87
  3. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Исследование роли альтернативных конформаций торсионного угла гамма сахарофосфатного остова ДНК в белково-нуклеиновом узнавании // Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2009. Тези доповідей. С.141-143
  4. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Исследование влияния ионов щелочных металлов на параметры комплексообразования в системах лиганд – ДНК // V Всеукраинская научно техническая конференция «Акутальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2009», 21-25.04.2009, Севастополь, Украина, с.148
  5. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Доступная поверхность ДНК при различных конформациях сахарофосфатного остова: значение для непрямого белково-нуклеинового узнавания // 2-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2009. – Харків, Україна. – 2009. – Тези доповідей. - С.91
  6. Пащенко В.В., Ермак Е.Л. Взаимодействие акридинового мутагена ICR-191 с тимусной ДНК // Конференція молодих вчених «Фізика низьких температур», 1-5 червня 2009, Харків. С. 90.
  7. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК-профлавин // Програма і тезі доповідей 2-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених «Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2009» 1-5 червня 2009 р., Харків, с. 96.
  8. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Роль изменения торсионного угла гамма сахаро-фосфатного остова ДНК в механизмах непрямого узнавания // ХІІІ международная школа-конференция „Биология – наука ХХІ века”, 09 – 2.10.2009 г., Пущино, Россия, тезисы докладов, с.45-46
  9. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Применение метода КВЧ диэлектрометрии для определения степени гидратации комплекса ДНК с профлавином // ХІІІ международная школа-конференция „Биология – наука ХХІ века”, 09 – 2.10.2009 г., Пущино, Россия, тезисы докладов, с.146-147
  10. Колесников В. Г., Древаль Н. В., Каменев Ю. Е., Корж В. Г. Влияние некоторых участков электромагнитного спектра на реакцию водорослей открытых водоёмов Харьковской области // 8-я Международная конференция “Космос и биосфера”, 28 сентября - 3 октября 2009, Крым, г. Судак, стр. 141.
  11. Близнюк Ю.Н. Гидратация и структурное состояние комплекса ДНК-витамин В2 во влажных пленках // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с. 136.
  12. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Конформационные переходы пары углов альфа-гамма сахарофосфатного остова ДНК в нуклеосомах // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.127
  13. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК с бромистым этидием // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с. 126.
  14. Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Березняк Е.Г. Расчет параметров связывания профлавина с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.128
  15. Минакова Е.А. Определение вклада конкуренции ионов за места свзяывания в свободную энергию комплексообразования актиноцинового производного с ДНК // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.125
  16. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Изменение гидратации ДНК при образовании комплекса с бромистым этидием по данным КВЧ диэлектрометрии // Конференція молодих вчених "Сучасні проблеми теоретичної фізики", 24-26 грудня 2009 р., Київ, с. 30.
Автореферат
  1. Древаль Н.В. "Застосування міліметрових і субміліметрових радіохвиль та їх комбінації в дослідженні біологічних об’єктів." – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. Біол. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2009. – 23 с.


2010

  Статті
  1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // Int.J.Qunt.Chem., v.110, 2010, p.230-232.
  2. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem., v.110, 2010, p.161-176.
  3. Fleury V., Al-Kilan A., Boryskina O.P. Cornelissen A. G. M., Nguyen T.- H., Unbekandt M., Leroyx L., Baffet G. Le Noble F., Sire O., Lahaye E. Introducing the scanning air puff tonometer for biological studies. - Phys Rev E 81(2 Pt 1):021920 (2010)
  4. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Полиморфизм ДНК и белково-нуклеиновое узнавание // Биополимеры и клетка. - 201 - № 5, Т.26. - С.360-372.
  5. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК-лиганд по данным диэлектрометрии // ДАНУ, т.7, 2010, с.170-175.
  6. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Песина Д.А., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК с некоторыми интеркаляторами // Біофізичний Вісник, Вип. 1 (24), 2010, c.5-13.
  7. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Зинченко А.В. Спектроскопическое и калориметрическое исследование системы флавин-мононуклеотид – ДНК // Біофізичний Вісник, Вип. 1 (24), 2010, c.14-19.
  8. Кондакова Г. К., Семко Г.О., Древаль Н.В., Колесніков В.Г., Каменєв Ю.Ю. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro // Дерматология и венерология.- 2010.- №4 (50).- С. 33-37.
  9. Колесников В. Г., Древаль Н. В. Применение комбинированного воздействия электромагнитных и акустических волн на микроводоросли для выявления резонансных частот // Физика живого.- - Т. 18, No1.- С. 42 - 45.
  10. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Духопельников Е.В.,Зинченко А.В. Калориметрическое и спектрофотометрическое исследование связывания профлавина с ДНК из salmon testes // “Біофізичний вісник”. 2010. Вып. 2 (25) , c.26-33.
  11. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Khorunzhaya O.V. Application of differential EHF dielectrometry in molecular biophysics // Telecommunications and Radio Engineering. – 2010. – V.69. – n.16. – P. 1473-1489.
Тези
  1. Shestopalova A.V. Physical parameters as a criterion for estimation of efficacy of DNA-anticancer antibiotics complexation on the molecular level // 2nd International Conference on Drug Discovery and Therapy Dubai, United Arab Emirates, February 1 - 4, 2010, Р.
  2. Tkachenko M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. Gamma angle transitions in nucleosomal DNA backbone: significance for protein–DNA recognition // New Biotechnology. - 2010.V. 27(Supplement 1). - Abstracts of the 4th ESF Conference on Functional Genomics & Disease, 14–17 April 2010, Dresden, Germany – P. S24 (www.elsevier.com/locate/nbt)
  3. Iermak Ie.L., Pashchenko V.V. Acridine mutagen ICR-191 binding to calf thymus dna in presence of methylxanthines // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 257.
  4. Kashpur V.A., Khorunzhaya O.V., Pesina D.A. Hydration changes in DNA – ligand complexes // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 281.
  5. Dukhopelnikov E.V., Bereznyak E.G., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A. Сalculation of ligand to DNA binding parameters from the liquid calorimetry data // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р.284.
  6. Dukhopelnikov E.V., Bereznyak E.G., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A., Zinchenko A.V. Study of proflavine to DNA binding by means of the liquid calorimetry method // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р.251.
  7. Minakova E.A., Blyzniuk Iu.N., Kruglova E.B., Bolbukh T.V. Spectroscopic and piezogravimetric investigation of alkaline ions influence on the complexation in the intercalated ligand-DNA system // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 280
  8. Kondakova A. Telichko T., Dreval N., Kolesnikov V., Korzh V. Effect of combined tera- and gigahertz irradiation on hemolytic features of human erythrocytes in vitro // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  9. Glibitskiy G.M., Maleev V.Ya., Izhyk E.V. Cell for measurement of dielectric permittivity of solution // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  10. Glibitskiy G.M. Energy of activation of saccharose in solution // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  11. Ермак Е.Л., Пащенко В.В. Взаимодействие акридинового мутагена ICR-191 с кофеином и теофиллином //  Збірник тез доповідей конференції молодих вчених: “VI Международная научно-техническая конференция актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии “БФФХ – 2010”. Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2010 г. –  Т. 2. - С.134.
  12. Д. А. Песина, О. В. Хорунжая, В. А. Кашпур. Гидратация комплексов ДНК с ароматическими лигандами по данным метода КВЧ диэлектрометрии // Тезисы докладов VI Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии», 26 – 30 апреля 2010 г., Севастополь, Украина. – 2010. – Т. 2. – С.138-139.
  13. Березняк Е.Г., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Гладковская Н.А. Зинченко А.В. Исследование взаимодействия флавинмононуклеотида с ДНК // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.161-164.
  14. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Зинченко А.В. Расчет параметров связывания лигандов с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.186-189.
  15. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толосторуков М.Е. Положение и сиквенс-специфичность конформаций торсионных углов альфа и гамма сахарофосфатного остова ДНК в нуклеосоме // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.155-158.
  16. Минакова Е.А., Близнюк Ю.Н. Спектрофотометрическое и пьезогравиметрическое исследование влияния ионной силы на образование комплексов ДНК с лигандом актиноцинового типа // Збірник тез доповідей конференції молодих вчених: VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, Украина, 26-30 апреля – С.160-161.


2011

  Статті
  1. Beshnova D.A., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice // – 2011. – V.95. – N.3. – P.208-216.
  2. Fleury V., Boryskina O.P., Al-Kilani A. Hyperbolic symmetry breaking and its role in the establishment of the body plan of vertebrates / C. R. Biol. – 2011. – V.334.– N.7. – P. 505-515.
  3. Iermak Light-absorption spectroscopy of mutagen - DNA complex: binding model selection and binding parameters calculation / Iermak Ie. // J. Applied Electromagnetism. – 2011. - V.13, N 3. - P. 15-22.
  4. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Исследование термической устойчивости нуклеиновых кислот и их структурных компонентов // Биофизика. – 2011. – Т.56, № 3. – С.403-409
  5. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Комплексы белки-ДНК: специфичность и механизмы узнавания // Биополимеры и клетка. - 201 - № 1, Т.27. - С.3-16
  6. Древаль Н.В., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Теличко Т.В. Исследование поверхностного натяжения плазмы крови больных дерматозами с помощью акусто-диэлектрического метода // Дерматология и венерология.- 2011.- № 4.- С. 47-51
  7. Глибицкий Г.М., Джелали В.В., Зегря Г.Г., Рошаль А.Д., Мартинов А.В. Исследование межфазных границ, содержащих адсорбированные наночастицы Ag@N и нанокластеры Ag@NДНКN // Вопросы химии и хим. технологии. – 2011. - №4. - С. 162-164.
  8. Близнюк Ю.Н., Семёнов М.А., Больбух Т.В., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. Проявление межмолекулярных водородных связей в гетерокомплексах биологически активных веществ по данным колебательной спектроскопии / Біофізичний Вісник - 2011.  - Вып. 27(2). – C.5-16
  9. Глибицкий Г.М. Текстура пленок ДНК с ионами серебра // Вісник СумДУ. Серія «Медицина», №2, 2011. С.51-54
  10. Глибицкий Г.М., Семенов М.А. Текстуры пленок Na-DNA, полученные из растворов, содержащих Трис и ЭДТА // Біофізичний вісник. - 2011.  - Вып. 27(2). – С.26-29.
Тези
  1. Шестопалова А.В., Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Толсторуков М.Е. Механизмы белково-нуклеинового узнавания и конформационная динамика ДНК // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.150-151.
  2. Песина Д. А., Хорунжая О. В., Кашпур В. А., Шестопалова А. В. Диэлектрические свойства и гидратация комплексов ДНК с некоторыми интеркаляторами // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.156-157.
  3. Ермак Е.Л. Спектрофотометрическое исследование конкурентного связывания кофеина и бромистого этидия с тимусной ДНК // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.177.
  4. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А. Теоретическое описание процесса плавления комплекса ДНК-лиганд // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.198-200.
  5. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Зинченко А.В. Влияние актиноциновых производных ActII и ActIII на термодинамические параметры плавления ДНК из молок лосося // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.200-202.
  6. Шестопалова А.В. Прогнозирование биологической активности противоопухолевых препаратов на молекулярном уровне // Сборник тезисов международной конференции «Биологически активные вещества: фундаментальные и прикладные вопросы получения и применения», 23-28 мая 2011, Новый Свет, АР Крым, Украина, с. 211-212.
  7. Борискіна О.П., Житникова М.Ю., Шестопалова Г.В. Роль альтернативних конформацій сахарофосфатного кістяку ДНК в нуклеїново-білковому впізнаванні // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с.27-28.
  8. Борискіна О.П., Житнікова М.Ю., Шестопалова Г.В. Конформаційна динаміка сахарофосфатного кістяка ДНК у складі нуклеосом // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 28.
  9. Глибицкий Г.М., Глибицкий Д.М. Застосування кювет різною робочою довжиною для дослідження властивостей поліетиленгліколю // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 38-39.
  10. Колесніков В.Г., Древаль Н.В. Ефективність впливу акустичних хвиль на діелектричні параметри мікроводоростей для розробки біосенсора дисбалансу аква-системи // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 70-71.
  11. Близнюк Ю.Н., Семенов М.А., Шестопалова А.В. Исследование гетероассоциации флавин мононуклеотида, бромистого этидия и теофиллина в водных растворах методами ик и Раман спектроскопии // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с.24-25.
  12. Shashel Ya.V., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. The influence of sugar switches dynamics on the formation of bending deformation of DNA on base pair level // Methods and Applications of Computational Chemistry, Forth International Symposium MACC-4 28 June - 2 July 2011, Lviv, Ukraine, Book of abstracts, P.135.
  13. Pesina D. A. Hydration effects in complexation of DNA with biologically active compounds / D. A. Pesina, O. V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 36th FEBS Congress “Biochemistry for tomorrow’s medicine”, June 25-30, 2011, Torino, Italy : book of abstracts. – The FEBS Journal. – 2011. – V. 278 (Supplement 1). – P. 440-441.
  14. Iermak Ie., Light-absorption spectroscopy of mutagen-DNA complex in presence of competing biologically active compounds / Iermak Ie., Piosik J., Woziwodzka A., Gwizdek-Wisniewska A. // XXX URSI General Assembly and Scientific Symposium of International Union of Radio Science, Istanbul, Turkey, P. 249.
  15. Golunski G., Woziwodska A., Iermak Ie., Piosik J. Formation of stacking aggregates between methylxantines and aromatic mutagens reduces their biological activity // 2nd Congress of Biochemistry and Cell Biology, September 5th-9th, 2011, Krakow, Poland, P. 74.
  16. Shestopalova A.V., Boryskina E.P., Zhitnikova M.Yu., Tolstorukov M.Ye. Nucleosome as an example of a nanosystem formation: structural dynamics of nucleosomal DNA // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.118.
  17. Bereznyak E.G., Dukhopelnikov E.V., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A. Theoretical approach for determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimentional DSC curves // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.51.
  18. Glibitski D.M., Glibitsky G.M. Fractal properties of DNA film textures // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.50.
  19. Jelali V.V., Glibitsky G.M., Semenov M.A., Volyansky A.Yu. Films of DNA with nano-silver particles // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.61.
  20. Dreval N.V., Kondakova A.K., Kolesnikov V.G., Semko G.A., Kamenev Yu.E. Effects of electromagnetic radiance of terahertz range on nanosystem b-adrenergic receptor/G-protein of erythrocytes membrane // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.126.
  21. Древаль Н.В., Колесников В.Г. Регуляция геотермальных течений в Мировом океане путем управления жизнедеятельностью микроводорослей // IX Международная Крымская конференция "Космос и биосфера" – «Актуальные вопросы биофизики и экологии»: Алушта, Крым, Украина, 10 – 15 октября, 2011 г.
  22. Glibitskiy D. M. Evaluation of cell for measuring of dielectric properties in a wide temperature range as exemplified by polyethyleneglycol solution [Електроний ресурс] / D. M. Glibitskiy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  23. Glibitskiy D. M. Investigation of relationship of fractal characteristics of DNA films with mutagenic effect of metal ions [Електроний ресурс] / D. M. Glibitskiy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  24. Minakova Ye. A. Spectrophotometric investigation of proflavine and caffeine competitive binding to DNA [Электронный ресурс] / Ye. A. Minakova // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  25. Blyzniuk Iu. N. Intermolecular hydrogen bond in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules by the methods of vibrational spectroscopy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  26. Shashel Ya.V., Shestopalova A.V. The DNA deformability in the process of indirect protein-nuclein interaction // III International Young Scientists Conference “Modern Problems of Theoretical Physics”, December 21-23, 2011, Kyiv, Ukraine. Books of Abstracts, P.9.


2012

  Монографія
  1. Малєєв В. Я., Семенов М. О., Шестопалова Г. В. Фізичні принципи побудови системи біополімер–вода, с. 11-70: монография: Благой Ю. П., Веселков О. Н., Волков С. Н., Говорун Д. М., Євстигнєєв М. П., Жураківський Р. О., Корнелюк О. І., Малєєв В. Я., Семенов М. О., Сорокін В. О., Харкянен В. М., Христофоров Л. М., Шестопалова Г. В. (за ред. В. Я. Малєєва). Фізичні принципи молекулярної організації і структурної динаміки біополімерів. Монографія (ІРЕ ім. О.Я.Усикова НАНУ, ФТІНТ ім. Б.Є.Веркіна НАНУ, ІМБіГ НАНУ, ІТФ ім. М.М.Боголюбова, Інститут фізики НАНУ, СевНТУ МОН. Вид. ХНУ імені В. Н. Каразіна, Харків, 2012; 352 c. (ум. друк. арк. 15,54), УДК 577.3, ББК 28.07, Ф 50, Тираж 300, ISBN 978-966-623-906-1.
  Статті
  1. Semenov M.A. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules probed by the methods of vibrational spectroscopy / M.A. Semenov, Iu.N. Blyzniuk, T.V. Bolbukh, A.V. Shestopalova, M.P. Evstigneev, V.Ya. Maleev // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. – -V. 95. - p. 224–229.
  2. Glibitskiy G. M. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles / G. M. Glibitskiy et al. // Ukr. Phys. J. – 2012. – 57, N 7, – P.695-699.
  3. Колесников В.Г., Хмель Н.В., Хмель С.И. Оценка биологического заражения смазочно-охлаждающей жидкости в миллиметровом диапазоне радиоволн // Физика живого.–– Т. 20, № 2.– С. 38 – 42.
  Тези
  1. Близнюк Ю.Н. Образование межмолекулярных водородных связей в гетероассоциатах биологически активных веществ по данным колебательной спектроскопии. VIII Международная науч.-техн. конф. “Актуальные вопросы биологической физики и химии”, Севастополь, 2012, с. 128-129.
  2. Песина Д. А. Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК-хлорофиллин / Д. А. Песина, О. В. Хорунжая, В. А. Кашпур, А. В. Шестопалова // Матер. VIII Междунар. научн.-техн. конф. «Актуальные вопросы биологической физики и химии БФФХ-2012», 23-27 апреля 2012 г., Севастополь, Украина: тезисы докладов. - Севастополь: СевНТУ. - 2012. - С. 131-132.
  3. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Духопельников Е.В., Мирошниченко Е.В., Песина Д.А., Хорунжая О.В., Хребтова А.С., Шестопалова А.В. Комплексный подход к исследованию взаимодействия лигандов с нуклеиновыми кислотами. (Сomplex approach to the investigation of ligands interaction with nucleic acids.)/ IV Съезд биофизиков России. Симпозиум I «Физико-химические основы функционирования биополимеров и клеток» Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. - С. 44.
  4. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Шестопалова А.В. Моделирование кривых теплопоглощения комплексов днк-лиганд при мультимодальном и конкурентном связывании. (Modeling of heat absorption curves of DNA-ligand complexes at multimodal and competitive binding) / IV Съезд биофизиков России. Симпозиум I «Физико-химические основы функционирования биополимеров и клеток» Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. - С. 45.
  5. Глибицкий Д.М., Семенов М.А., Гасан А.И., Рошаль А.Д. Влияние ионов серебра и кальция на формирование дендритной текстуры Nа-ДНК в пленках / IV Съезд биофизиков России. Симпозиум IV «Новые тенденции и методы в биофизике». Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. – C. 370.
  6. Pesina D. A. Dielectric properties and hydration of DNA complexes with biologically active compounds / D. A. Pesina,  V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 7th Conference of the International Dielectric Society, September 3-7, 2012, Leipzig, Germany: book of abstracts. – P. 116.
  7. Zhitnikova M.Yu., Boryskina E.P., Shestopalova A.V. Transitions of the γ angle in the sugar-phosphate DNA backbone and indirect protein-DNA recognition // International Conference “Problems of Theoretical Physics”, October 8-11, 2012, Kyiv, Ukraine: book of abstract. – P.30.
  8. Khrebtova A.S. Calculation approaches for analysis of ligand to DNA binding parameters prom DSC experiment [Электронный ресурс] / A.S.Khrebtova // 12th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and  - Kharkiv, 2012. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с  этикетки диска.
  9. Glibitskiy G..M., Yu Shan, Golyuk E.O., Povelitsa A.A.  Change of conductivity of Lao Gong point after Tai Chi exercise // Психофізіологічні та вісцеральні функції в нормі і патології. VI Міжнародна наукова конференція. Україна, Київ, 9-11 жовтня 2012 року. Тези доповідей.


2013

  Статті
  1. Dukhopelnikov E. V. Determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimensional DSC curves / E. V. Dukhopelnikov, E. G. Bereznyak, A. S. Khrebtova, A. O. Lantushenko, A. V. Zinchenko // J. Therm. Anal. Calorim. (2013), V.111, N3, pp 1817–1827.
  2. Glibitskiy G. M. Texture formation in DNA films with alkali metal chlorides / G. M. Glibitskiy, Perepelytsya S.M., Volkov S.N. // Biopolymers (2013), V. 99, рр. 508-516.
  3. Ponomarenko A.M. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress / A.M. Ponomarenko, T.V. Kostina, I.M. Blyzniuk, E.E. Persky, M.A.Semenov // European Researcher (2013), V. 44, № 3-2, pр.666-672.
  4. Солошенко Э.Н. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии / Э.Н. Солошенко, А.К. Кондакова, В.Г. Колесников, Н.В. Хмель, З.М. Шевченко, Т.П. Ярмак. // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61).– С. 32 – 37.
  5. Glibitskiy G. Fractal textures of bovine serum albumin films / Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  6. Pesina D. A., Kashpur V. A., Khorunzhaya O. V., Shestopalova A.  Hydration of complexes of chlorophyllin with human and bovine serum albumin investigated by differential EHF dielectrometry // Біофізичний Вісник (Вісник ХНУ) - Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
Тези
  1. Духопельников Е.В. Плавление систем ДНК-лиганд при мультимодальном и конкурентном связывании / Е.В. Духопельников, Е.Г. Березняк, А.С. Хребтова, Н.А. Гладковская // Труды XIV Международной конференции по термическому анализу и калориметрии в России (RТАС - 2013). С-Петербург, 2013. - С. 247-250.
  2. Pesina D. A. Dielectric properties and hydration of human and bovine serum albumin complexes with chlorophyllin / O. V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 9th EBSA European Biophysics Congress, July 13-17, 2013, Lisbon, Portugal : book of abstracts. – Eur. Biophys. J. – 2013. – V. 42 (Suppl. 1). – P. S180.
  3. Духопельников Е.В. Влияние флавинмононуклеотида на термодинамические параметры плавления комплексов бромистого этидия с ДНК. / Е.В. Духопельников, А.С. Хребтова, Е.Г. Березняк, Н.А. Гладковская, А.В. Фомин, А.В. Зинченко // Актуальні питання біологічної фізики та хімії. БФФХ – 2013. - Севастополь, 2013. - С.80.
  4. Песіна Д. О. Діелектричні властивості та гідратація комплексів хлорофіліну з біологічними полімерами / Д.О. Песіна, О.А. Каплун, Г.В. Шестопалова // ІІІ Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених «Фізіологія: від молекул до організму», Київ, 24-25 жовтня 2013. – С.
  5. Gerus A.A. Тhe study of flavin mononucleotide-ethidium bromide-DNA system by calorimetry and spectrophotometry [Электронный ресурс] / A.A.Gerus, A.V. Fomin // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  6. Blyzniuk Iu. N. pH-dependent self-association of flavin-mononucleotide. [Электронный ресурс] / Iu. N. Blyzniuk // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  7. Pesina D. A. Dielectric study on hydration of HSA and BSA complexes with chlorophyllin [Электронный ресурс] / D. A. Pesina // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2013. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. с этикетки диска
  8. Глибицкий Д.М. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в структуре самоассоциата флавинмононуклеотида [Электронный ресурс] / 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  9. Blyzniuk Yu.N. Self-association and hydration of flavin mononucleotide in films / Yu.N. Blyzniuk, D.M. Glibitskiy // V Young Scientists Conference “Problems of Theoretical Physics”. – Kyiv, 2013. – Р. 72.
  10. Kondakova A.K. Investigation of terahertz radiations influence on enzyme α-amylase / A.K.Kondakova, N.V. Khmel, V.G. Kolesnikov, Yu.E. Kamenev, T.V. Telichko, V.G. Korzh. // The Eighth International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves (MSMW'2013) and Workshop on Terahertz Technologies (TERATECH'2013), Kharkov, Ukraine, June 23 – 28, G 17.
  11. Soloshenko E. Operation monitoring of allergic reaction to artifrin by means of EHF-dielectrometry method / E. Soloshenko, A. Kondakova, V. Kolesnikov, N. Khmel, Z. Shevchenko, T. Yarmak, V. Korzh. // The Eighth International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves (MSMW'2013) and Workshop on Terahertz Technologies (TERATECH'2013), Kharkov, Ukraine, June 23 – 28, 2013, G
  12. Shestopalova A. V. Monte Carlo simulation of hydration of DNA-binding biologically active compounds / A. V. Shestopalova, D. A. Pesina // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposium, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 68
  13. Miroshnychenko K.V. The study of different binding modes of proflavine with DNA and RNA sequences by molecular docking method: evidence for a proflavine as a minor groove binder / K.V. Miroshnychenko, A.V. Shestopalova // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposiu m, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 67
  14. Blyzniuk Iu.N. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic ligands: Monte Carlo simulations / Iu.N. Blyzniuk, M.A. Semenov, A.V. Shestopalova // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposium, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 107
  15. Glibitskiy D.M. Specifics of textures of films formed from DNA-metal ion solutions / D.M. Glibitskiy, G.M. Glibitskiy, M.A. Semenov, V.Y. Maleev, A.I. Gasan // Nanotechnology and nanomaterials. International research and practice conference (August 25 - September 1, 2013, Bukovel, Ukraine): book of abstracts. – Bukovel, 2013. – P. 395.
  16. V. Khmel, V.G. Kolesnikov, Y.E. Kamenev, V.G. Korzh. Investigation of reparational properties of lens proteins on the basis of combined influence of terahertz and millimeter radiance // International research and practice conference «Nanotechnology and nanomaterials», Bukovel, Ukraine, from August 25 to September 1, 2013, P. 57.
  17. Zhitnikova M.Yu. Some physical principles of nanosystems’ formation on the example of protein-DNA recognition / M.Yu. Zhitnikova, O.P. Boryskina, A.V. Shestopalova // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.38.
  18. Glibitskiy G.M. Textures of the films of human serum albumen // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.109
  19. Perepelytsya S.M. Texture formation in DNA films with alkalimetal chlorides / S.M. Perepelytsya, M. Glibitskiy, S.N. Volkov // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.112.
  20. Солошенко Э.Н. Исследование влияния плюс капилляр-биола на эритроциты крови человека с помощью акусто-диэлектрометрического метода / Э.Н. Солошенко, Н.В. Хмель, З.М. Шевченко, Т.П. Ярмак, В.Г. Колесников. // IV Международная междисциплинарная конференция «Биологические активные вещества и материалы: фундаментальные и прикладные вопросы получения и применения», 27 мая - 1 июнь, 2013 г., АР Крым, Новый Свет, С. 181-182.


2014

  Монографії
  1. Шестопалова А. В., Житникова М.Ю., Борискина Е.П. Полиморфизм ДНК и проблема белково-нуклеинового узнавания: монография. — LAP: Lambert Academic Publishing, Saarbrucken, Germany, 2014-03-25, 112 с., ISBN 978-3-659-30140-7.
  2. Малеев В. Я. Методы биофизических исследований: монография. — Х.: ХНУ им. В.Н. Каразина, Харьков, 2014. — 457 с., ISBN 978-966-285-102-1.
  3. Evstigneev M.P., Shestopalova A.V. Structure, Thermodynamics and Energetics of Drug-DNA Interactions: Computer Modeling and Experiment, pp.21-58, In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine; Series: Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Vol. 17; Gorb, Leonid, Kuz'min, Victor, Muratov, Eugene (Eds.), 2014, XIII, 550 p.; ISBN: 978-94-017-9256-1 (Print) 978-94-017-9257-8 (Online).
  Статті
  1. Zhitnikova M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V. Sequence-specific transitions of the torsion angle gamma change the polar-hydrophobic profile of the DNA grooves: implication for indirect protein-DNA recognition // Biomol. Struct. Dyn. - 2014. - V.32. – N 10. – pp. 1670-1685. Impact Factor = 2.983- 2013.
  2. БлизнюкЮ. Н. Самоассоциация и гидратация флавин-мононуклеотида в растворах и плёнках. / Ю. Н. Близнюк, Д. М. Глибицкий, М. А. Семёнов, А. В. Шестопалова, В. Я. Малеев // Біофізичний Вісник. – 2014. – № 31(1). – C. 5-22.
  3. Glibitskiy G.M. Fractal textures of serum albumin and Na-DNA films from solutions with metal // Биоф. Вестн. – 2014. – № 31(1). – C. 23-28.
  4. В.Е. Духопельников. Моделирование кривых теплопоглощения тройных систем лиганд-конкурент-ДНК// Биофизический вестник. Вип. 31 (1). 2014. С.49-58.
  5. А.А. Герус, А.В. Фомин, Н.А. Гладковская, Е.Г. Березняк,  Е.В. Духопельников, А.С. Хребтова, А.В. Зинченко. Влияние флавинмононуклеотида на взаимодействие в системе бромистый этидий -ДНК// Биофизический вестник, Вип. 32 (2). 2014. С.5-13.
  6. Хмель Н.В. Эффективность применения терагерцового излучения при контаминации микрофлорой смазочно-охлаждающих жидкостей // // Учёные записки Таврического национального университета им. В.И. Вернадского, «Вчені записки Таврійського національного університету», Серия «Биология, химия».- 2014.- Т.27(66), № 2.- С. 165-171.
  7. Хмель Н. В. Диэлектрическая проницаемость и поверхностное натяжение в оценке жизнедеятельности микроводорослей // Ученые записки Таврического национального университета им В.И. Вернадского, Серия «Биология, химия».- 2014.- Т. 27(66), № 4.- С. 84 – 92.
Тези
  1. Солошенко Э.Н., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Хмель Н.В., Шевченко З.М., Ярмак Т.П. Гидратация как маркер диагностики аутоиммунной патологии. Материалы научно-практической конференции с международным участием «Международная интеграция и научные достижения украинской дерматовенерологии», г.Харьков, 2014, стр. 103 – 104.
  2. Khmel N.V., Kamenev Yu.E., Kolesnikov V.G., Khmel S.I. Effect of terahertz irradiation on microalgae permittivity as adaptation marker at working of metal-cutting compound // Interdisciplinary Scientific Conference «Adaptation strategies of the living systems», Novy Svet, AR Crimea, Ukraine, May 12–17, 2014, p. 18 – 19.
  3. Zhitnikova M.Yu. Analysis of distribution of electrostatic potential in a minor groove of DNA double helix // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.38.
  4. Glibitskiy D.M., Glibitskiy G.M., Gorobchenko O.O., Nikolov O.T., Semenov M.A. Textures of BSA films with sodium halides // International research and practice conference "Nanotechnology and Nanomaterials", 23-30 August 2014, Lviv
  5. Pesina D.A. Hydration of complexes between sodium copper chlorophyllin and serum albumines / D.A. Pesina, O.V.Khorunzhaya, V.A. Kashpur, A.V.Shestopalova // 8th International Conference on Broadband Dielectric Spectroscopy and its Applications, Wisla, Poland, September 14-19, 2014 : programme and book of abstracts. – P-33.
  6. Глибицкий Д.М., Глибицкий Г.М. Критерий оценки воздействия биологически активных веществ на биополимеры по изменениям текстур пленок // 14th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. Kharkiv, October 14-17, 2014. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM)
  7. Герус А.A. Влияние хлорофиллина на взаимодействие в системе ДНК-профлавин// 14th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. Kharkiv, October 14-17, 2014. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM).


2015

  Монографії
  1. Термодинамика комплексообразования лигандов с нуклеиновыми кислотами в водном растворе: Монография / Е.Г. Березняк и др. - М.: Вузовский учебник:  НИЦ ИНФРА-М, 2015. - 166 с.: 60x90 1/16. - (Научная книга). (о), ISBN 978-5-9558-0417-0. Код - 334700.01.01.
  2. Zhitnikova M.Yu., Boryskina O.P., Shestopalova A. V. Nucleosome as an example of a nanosystem formation: structural dynamics of nucleosomal DNA / Chapter XX. In book: “Nanobiophysics: Fundamentals and Applications”, Pan Stanford Publishing (принято к публикации).
  Статті
  1. Кашпур В. А., Песина Д. А., Хорунжая О. В., Малеев В. Я., Шестопалова А. В. Связанная вода в комплексе ДНК–хлорофиллин // "Химия, физика и технология поверхности" "Химия, физика и технология поверхности". – (принято к публикации).
  2. Glibitskiy G., Glibitskiy D., Gorobchenko O., Nikolov O., Roshal A., Semenov M., Gasan A. Textures of BSA films with different concentrations of sodium halides and water state in solution, «Nanoscale Research Letters», направлено в печать.
  3. Э.Н.Солошенко, А.К.Кондакова, В.Г.Колесников, Н.В.Хмель, З.М.Шевченко, Т.П.Ярмак. Исследование параметров гидратации и поверхностного натяжения плазмы крови больных ограниченной склеродермией // Дерматология и венерология, 2015.– № 1 (67).– С. (направлена в редакцию).
  4. Sorokin V.A., Usenko E.L., Valeev V.A., Berezniak E.G., Andrushchenko V.V. Interaction of Zn2+ ions with single-stranded polyU and polyC in neutral solutions // J. Phys. Chem B. (in press).
  5. Bereznyak E.G., Gladkovskaya N.A., Khrebtova A.S., Gerus A.A., Evstigneev M.P. Theoretical approaches for investigation of Drug-DNA melting thermodynamics // Therm. Anal. Calorim. (направлена в редакцию).
  6. Влияние двух типов связывания лигандов с ДНК на параметры перехода спираль-клубок в  полінуклеотидах / Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., ЗинченкоА.В. // Биофизика (на рецензировании).
Тези
  1. Pesina D.A., Khorunzhaya O.V., Kashpur V.A., Shestopalova A.V., Mallev V. Ya. Hydration of biopolymer–chlorophyllin complexes measured by microwave differential dielectrometry // 45th European Microwave Conference, Paris, France, September 6-11, 2015.
Автореферат
  1. Хребтова Г.С. Вплив лігандів на термодинамічні характеристики переходу спіраль-клубок у полінуклеотидах. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 20015. – 20 с.

Нагороди

У 2008 р. співробітників відділу докторів фізико-математичних наук, професорів Малєєва В.Я. і Семенова М.О. було нагороджено Державною премією України в галузі науки і техніки за цикл робіт «Фундаментальні Фізичні Властивості біополімерів, что візначають їхнє Функціонування» (висунута Інститутом радіофізики та електроніки ім. О.Я.Усикова НАН України). image012

Співробітники відділу Духопельников Є.В. в 2005-2006 рр., Гладковська Н.О. в 2006-2007 р, Хребтова Г.С. в 2007-2008 р, Єрмак Є.Л. в 2008-2009 р отримували Харківську міську стипендію для молодих вчених у галузі біофізики ім. Б.І. Вєркіна «Надія Харкова». Кандидат фізико-математичних наук Єрмак Є.Л. в 2006 р стала переможцем першого обласного конкурсу «Найкращий молодий науковець Харківщини - 2005», отримувала стипендію НАН України (2006 - 2008 рр.). Духопельников Є.В. в 2005-2007 рр. і Мірошниченко Є.В. 2007 - 2009 рр. отримували стипендію Президента України.

Співпраця

Співробітники відділу біологічної фізики в 2010-2014 рр. проводили спільні дослідження з кількома науковими та навчальними організаціями.

  • Севастопольський національний технічний університет, Севастополь: вивчення взаємодії конкурентного зв'язування декількох типів біологічно активних речовин з ДНК (Beshnova D.A. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice / D.A. Beshnova et al. // Biopolymers. - 2011. - 95, N.3. - P.208-216);
  • Інститут теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАНУ, Київ: дослідження формування фрактальних структур на плівках ДНК в присутності іонів різних металів при зміні їх відносних концентрацій (Perepelytsya S.M. Texture formation in DNA films with alkalimetal chlorides / SM Perepelytsya, GM Glibitskiy, SN Volkov // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium. - Kharkiv, 2013. - P.112).
  • Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І. Вєркіна НАН України: дослідження взаємодії полінуклеотидних матриць з іонами металів (Sorokin V.A., Usenko E.L., Valeev V.A., Berezniak E.G., Andrushchenko V.V. Interaction of Zn2 + ions with single-stranded polyU and polyC in neutral solutions // J. Phys. Chem B. ( in press)).
  • Інститут проблем кріобіології і кріомедицини НАНУ: дослідження теплових переходів в системах ДНК-біологічно активні речовини (Герус А.А. Вплив флавінмононуклеотиду на взаємодію в системі бромистий етидій -ДНК / О.В. Фомін, Н.О. Гладковська, К.Г. Березняк, Є.В. Духопельников, Г.С. Хребтова, О.В. Зінченко // Біофізичний вісник, 2014р., №1).
  • Харківський національний університет ім. В.Н.Каразіна:
    • виконувалися спільні теми НДР з кафедрою молекулярної і медичної біофізики: «Механізми впліву фізічніх факторів і біологічно активних речовини на ДНК, білки та біомембрани», «Структурні перебудови біомакромолекул і клітін при роботі з комерційними наночастинками і біологічно активними речовинами»;
    • кафедра біохімії: вивчення особливостей формування структури колагену в залежності від рівня гідратації (Ponomarenko A.M. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat's Skin Under The Mechanical Stress / A.M. Ponomarenko et al. // European Researcher. - 2013. - 44, N 3-2. - P.666-672);
    • інститут хімії при ХНУ імені В.Н.Каразіна: вивчення процесів формування фрактальних структур на плівках ДНК в присутності іонів срібла (Glibitskiy GM Interaction of DNA with Silver Nanoparticles / GM Glibitskiy et al. // Ukr. J. Phys. - 2012. - 57, N 7, - P.695-699).
  • Інститут дерматології та венерології АМН України, дослідження в рамках договору про творчу співпрацю: за допомогою оригінального аппаратурно-реєструючого комплексу на базі КВЧ-діелектрометрії проводяться вимірювання діелектричної проникності зразків крові для розробки та модифікації діагностики в клінічних умовах обмеженої склеродермії за станом елементів плазми крові (Кондакова Г. К. Комбінований вплив терагерцового та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro/ Г. К. Кондакова та ін.// Дерматологія та венерологія. - 2010. - №4 (50). - С.33-37 ) і оцінка сенсибілізації еритроцитів до анастетиків нового покоління (Солошенко Е.М. Оцінка діелектричної проникності еритроцитів при виявленні сенсибілізації до анестезуючих засобів Артифрин за допомогою методу КВЧ-діелектрометрії / Е.Н. Солошенко та ін. // Дерматологія та венерологія.- 2013. - № 3 (61). - С. 32 — 37).
Співробітники відділу брали участь у наступних проектах:
  • Грант міжнародної програми «Геном людини», 1991-1994 рр.
  • Проект Державного фонду фундаментальних досліджень: проект ДФФД 02.04 / 00759 («Дельта») - «Експериментальні та теоретичні дослідження гідратно-залежних процесів в стабілізації структури природних та модельних нуклеїнових кислот».
  • Проект 02.04 / 00764 («Гамма») - «Дослідження молекулярних механізмів дії гамма-опромінення на ДНК, фібриноген та міжклітинні взаємодії».
  • Проект Державного фонду фундаментальних досліджень: проект ДФФД 02.07 / 00004 «Дослідження фізичних механізмів функціонування макромолекул ДНК в нерівноважних умовах».
  • Грант EU INTAS 97-31753, 1999-2002: «Design, synthesis and testing of novel biologically-active molecules as potential drugs with sequence-specific binding to nucleic acids»
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 2155 «Комплексне вивчення механізмів взаємодії іонів і твердих тіл і розвиток кількісних методів діагностування стану твердих тіл на атомному рівні» (у співпраці з Харківським національним університетом імені В.Н.Каразіна та ФТІНТ ім. Б.І.Вєркіна НАН України) , 2003-2006 рр.
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 3870 «Інноваційний діелектрометор міліметрового діапазону для визначення автентичності вин і фруктових соків» (у співпраці з науково-дослідним Інститутом «Магарач»), 2007-2010 рр.
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 4872 «Стратегічне планування розвитку Інституту радіофізики та електроніки ім. О.Я.Усикова НАН України », 2009-2012 рр.
  • Аpplication of dielectrometry method and modulated terahertz radiation for the development of biosensors for testing the level of water pollution by microalgae cells in aspect of solar activity (Грант Академії наук Німеччини (Deutscher Akademischer Austauschdienst, DAAD))
  • «Efficiency of cells membranes permeability modulation for transmembrane drugs delivery via terahertz laser treatment», 2015 -2016 рр. Міжнародний конкурс проектів International Agency for the Development of Culture, Education and Science (IADCES), Австралія (у співпраці з ДУ «Інститут дерматології та венерології» АМН України).

Підготовка кадрів

За весь час існування відділу захищені 3 докторські дисертації (Малєєв В.Я., 1976 р.; Семенов М.О., 1991 р.; Шестопалова Г.В., 2007 р.), 4 кандидатські дисертації медико-біологічного профілю (Анохіна Г. А., 1969 р.; Красницька А.А., 1970 р.; Розенберг В.Д., 1972 р.; Древаль Н.В., 2009 р.), 21 кандидатська дисертація фізико-математичного профілю (Гасан А.І ., 1974 р .; Семенов М.О., 1975 р .; Кашпур В.А., 1977 р .; Щеголева Т.Ю., 1981 р .; Больбух Т.В., 1986 р .; Шестопалова Г.В., 1987 р .; Старіков Є.Б., 1988 р.; Жилякова Т.А., 1991 р.; Кулешова Л.Л., 1992 р .; Круглова О.Б., 1996 р .; Толсторуков М.Є. , 1998 р .; Вірник К.М., 1999 р .; Березняк О.Г., 2000 р .; Глібицькій Г.М., 2000 р .; Хорунжа О.В., 2004 р .; Духопельников Є.В. , 2005 р.; Гладковська Н.О., 2006 р .; Борискіна О.П., 2007 р .; Єрмак Є.Л., 2008 р.; Суханов О. С., 2008 р., Хребтова А.С., 2015 р.).

На даний момент у відділі працюють 3 аспіранта (Герус А. А., Фомін О. В., Глібицькій Д. М.). У 2016 заплановано захист кандидатської дисертації фізико-математичного профілю Житнікової М. Ю., в 2017 р - Песиної Д. О.

Співробітники

ПІБ Посада Вч.ст. Вч. звання e-mail Телефон,робочий Місце роботи, кімната
Шестопалова Ганна Вікторівна Зав. відділом №25 Д.ф.-м.н. С.н.с. shestop@ire.kharkov.ua 720-33-37 78
Малєєв Володимир Якович С.н.с. Д.ф.-м.н. Професор maleev@ire.kharkov.ua 720-33-37 78
Семенов Михайло Олексійович С.н.с. Д.ф.-м.н. Професор semenov_ma@pochta.ru 720-33-37 77
Кашпур Всеволод Андрійович С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. kashpur@ire.kharkov.ua 720-33-06 76
Гасан Анатолій Йосипович С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. 720-33-06 75
Березняк Катерина Германівна С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. k_berez@mail.ru 720-33-06 75
Духопельников Євген Володимирович С.н.с. К.ф.-м.н. - dukh@ire.kharkov.ua 720-33-06 75
Гладковська Наталія Олександрівна Н.с. К.ф.-м.н. - nataligladkovskaya@gmail.com 720-33-06 75
Хребтова Ганна Сергіївна М.н.с. - - khrebtova_ann@mail.ru 720-33-06 75
Фомін Олександр Володимирович Аспірант - - alikfomin@gmail.com 720-33-06 75
Герус Анастасія Андріївна М.н.с., аспірант - - nastyona.ger@gmail.com 720-33-06 75
Хорунжа Ольга Володимирівна Н.с. К.ф.-м.н. - khorunzhaya_olga@mail.ru 720-33-37 76
Мірошниченко Катерина Володимирівна М.н.с. - - kateryna.miroshnychenko@gmail.com 720-33-37 76
Песіна Дарина Олександрівна М.н.с. - - darynapesina@gmail.com 720-33-37 76
Житнікова Марія Юріївна М.н.с. - - allusio@gmail.com 720-33-37 76
Борискіна Олена Петрівна С.н.с. К.ф.-м.н. - ypmelezhik@yahoo.com 720-33-37 76
Мінакова Євгенія Олександрівна Інженер І кат. - - evgenia_minakova@mail.ru 720-33-37 76
Близнюк Юлія Миколаївна М.н.с. - - julia.blyzniuk@yandex.ua 720-33-37 77
Глибицький Геннадій Марксович С.н.с. К.ф.-м.н. - glibit@ukr.net 720-36-32 Гараж, к.1
Глибицький Дмитро Михайлович М.н.с., аспірант - - dima.glib@gmail.com 720-36-32 Гараж, к. 6
Колесніков Володимир Григорович С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. kolesnik@ire.kharkov.ua 5-72 Корпус ЭПО, 9,10
Хмель Наталія Володимирівна Н.с. К.б.н. - dreval@ire.kharkov.ua 5-72 Корпус ЭПО, 9,10
Брацлавский Юрій Харитонович Інженер - - 720-33-37 2
Суханов Олег Станіславович Інженер К.х.н. - oleg.sukhanov@gmail.com 720-33-06 76
Єгоров Дмитро Олегович Інженер - - ded_yegor1987@mail.ru 720-33-37 77

Print Friendly