image25
Руководитель:  Анна Викторовна Шестопалова
Зав. отделом №25
Доктор физ-мат наук
Старший научный сотрудник
Teл.: (+ 38-057)7634-337
E-mail: shestop@ire.kharkov.ua

 Портфолио


Тематика научных исследований

В настоящее время в отделе работают несколько исследовательских групп, которые решают следующие задачи:

  • исследование физических механизмов взаимодействия биологически активных веществ с биополимерами, структуры которых формируются при участии гидратно-ионного окружения методами колебательной спектроскопии и пьезогравиметрии (руководители Семенов М.А., Малеев В.Я.), методом КВЧ диэлектрометрии (руководители Кашпур В.А., Малеев В.Я.);
  • изучение термодинамики комплексообразования нуклеиновых кислот с биологически активными веществами методом микрокалориметрии (руководитель Березняк Е.Г.) и методом спектрофотометрии в УФ- и видимой областях (руководитель Гладковская Н.А.);
  • компьютерное моделирование структуры и энергетики биологически активных веществ, биполимеров и комплексов биополимеры-биологически активные вещества (руководитель Шестопалова А.В.).

Новые направления, появившиеся в отделе в 2005-2014 гг.:

  • исследование проблемы белково-нуклеинового узнавания (руководитель Шестопалова А.В., исполнители Борискина Е.П., Житникова (Ткаченко) М.Ю.);
  • изучение фрактальных свойств структур биополимеров, полученных из растворов при различных значениях влажности, температуры и концентрации биологически активных веществ (руководитель Глибицкий Г.М., исполнители Гасан А.И., Глибицкий Д.М.)
  • исследование механизмов влияния электромагнитных полей гига- и терагерцевого диапазонов на биообъекты разного уровня организации (руководитель Колесников В.Г., исполнители Хмель Н.В.)

История отдела

Отдел биологической физики создан в январе 1964 г. по решению Президиума АН УССР на базе поисковой биофизической группы, которая была организована в 1962 г. при отделе поглощения радиоволн (ПРВ) по инициативе В.Я.Малеева и при активной поддержке первого директора ИРЭ А.Я. Усикова (подробно эти события описаны в статье В.Я. Малеева «Как начиналась и развивалась биофизика в ИРЭ» в книге «А.Я.Усиков в воспоминаниях»).

image004

М. В. Келдыш и В. Я. Малеев на семинаре в ИРЭ, 1964 г.

Первоначально группа состояла из трех человек (физики В. Я. Малеев и Ю. А. Белов и биолог И. Н. Тодоров), а к моменту создания отдела увеличилась до семи человек. В соответствии с решением о создании отдела биофизики в 1964 г. и после доклада В.Я. Малеева на заседании Президиума АН УССР в 1965 г. Институту радиофизики и электроники для развития биофизических исследований были выделены дополнительные средства по всем основным статьям расхода. Это позволило в течение 1964-1966 гг. увеличить штат сотрудников до 23 человек: появились молодые сотрудники с физико-математическим (Гасан А.И., Кашпур В.А., Семенов М.А.) и биологическим (Г.А.Анохина, Л.Н.Блок, В.И.Гудзенко, А.А. Красницкая) образованием. Ученые степени имели только двое: кандидат физико-математических наук В.Я.Малеев и кандидат биологических наук И.Н.Тодоров. В 1965 г. защитила кандидатскую диссертацию по биологическим наукам Л.Н.Блок. Средний возраст сотрудников в то время не превышал 27 лет.

За время существования отдела в его штате перебывало около 75 человек, хотя действующий состав всегда оставался на уровне 20 (5). При этом «ядро» коллектива в составе 10-12 человек было почти неизменным. Несколько сотрудников (12 человек) уехали в «дальнее зарубежье» (США, Израиль, Германия, Франция, Нидерланды), часть перешла работать в другие институты или в коммерческие организации.

В течение 41 года отделом руководил доктор физико-математических наук, профессор, лауреат Государственной премии Украины в области науки и техники Малеев Владимир Яковлевич. С мая 2005 г. отделом руководит Шестопалова Анна Викторовна, старший научный сотрудник, в 2005 г. еще кандидат физико-математических наук.

В настоящее время в отделе работает 25 сотрудников. Из них 3 доктора наук (профессора Малеев В.Я., Семенов М.А., с.н.с Шестопалова А.В.), 11 кандидатов наук (с.н.с Гасан А.И., Кашпур В.А., Колесников В.Г., Березняк Е.Г., Глибицкий Г.М., Духопельников Е.В., Борискина Е.П., н.с. Хорунжая О.В., Гладковская Н.А., Хмель Н.А., инж. Суханов О.С.,), 5 младших научных сотрудников (Близнюк Ю.Н., Мирошниченко Е.В., Хребтова А.С., Житникова М.Ю., Песина Д.А.,), 3 инженера (Брацлавский Ю.Х., Минакова Е.А., Егоров Д.С.), 3 аспиранта (Фомин А.В., Глибицкий Д.М., Герус А.А.). Сотрудники отдела читают курсы лекций на кафедре молекулярной и медицинской биофизики ХНУ им. В.Н.Каразина, руководят курсовыми и дипломными работами. Благодаря такой деятельности отдел постоянно пополняется выпускниками кафедры молекулярной и медицинской биофизики ХНУ им. В.Н.Каразина и аспирантуры ИРЭ НАНУ.  

image006

Сотрудники отдела биофизики. В первых трех рядах – пришедшие в 1960-70-е гг., в двух последних – в 1980-2000 гг. В первом ряду слева самые первые сотрудники - Малеев В.Я., Белов Ю.А., Тодоров И.Н.

image008

Отделу биофизики 10 лет (1974 г.): (слева направо) 1-й ряд – Гудзенко В.И., Кашпур В.А., Шостенко А.Ю.; 2-й ряд – уборщица Катя, Красницкая А.А., Анохина Г.А., Малеев В.Я., Блок Л.Н., Ланина В.А., Фельдман Е.Е.; 3-й ряд – Сечкин В.В., Гимпелевич Б.Г., Семенов М.А., Щеголева Т.Ю., Герасимов В.Н., Гасан А.И., Веретельник Е.В., Больбух Т.В., Суэтова В.П.

image010

Отделу биофизики 40 лет (2004): (слева направо) 1-й ряд – Гасан А.И., Кашпур В.А., Ланина В.А., Семенов М.А., Малеев В.Я., Шестопалова А.В., Круглова Е.Б.,; 2-й ряд – Кириченко А.А., Духопельников Е.В., Сечкин В.В., Брацлавский Ю.Х., Хорунжая О.В., Анищенко Д.Б., Мирошниченко Е.В., Борискина Е.П., Ермак Е.Л.; 3-й ряд – Филипский А.В., Гудзенко В.И., Больбух Т.В., Близнюк Ю.Н., Гладковская Н.А., Березняк Е.Г., Глибицкий Г.М.

Результаты, полученные в отделе биологической физики за первые годы работы, позволили сформулировать основное направления его деятельности – изучение физических принципов строения и свойств важнейших биологических макромолекул – белков и нуклеиновых кислот. В настоящее время оно сформулировано более конкретно: исследование механизмов влияния биологически активных веществ и электромагнитных полей гига- и терагерцового диапазонов на биополимеры, биомембраны, клетки. Для выполнения исследований в отделе создан комплексный подход, представляющий собой использование нескольких экспериментальных методов (спектроскопия в УФ- и видимой областях, колебательная спектроскопия, пьезогравиметрия, КВЧ диэлектрометрия, дифференциальная сканирующая микрокалориметрия) и методов компьютерного моделирования (квантово-химические расчеты, методы Монте Карло, молекулярного докинга и молекулярной динамики), с помощью которого в отделе получают взаимодополняющие данные о структурных и термодинамических параметрах биополимеров в зависимости от изменения внешних условий. К началу 2000-х сотрудниками отдела был завершен большой цикл исследований, анализ результатов которых позволил  сформулировать общую концепцию: молекулы воды являются необходимым компонентом структуры биомакромолекул, определяют их стабильность и конформационную динамику.

Одним из актуальных направлений в современной молекулярной биофизике, имеющее научную и практическую значимость, является прогнозирование на молекулярном уровне действия лекарственных препаратов, которое предполагает умение определять физическо-химические параметры взаимодействия таких соединений с биологической молекулой-мишенью. В настоящее время в отделе биологической физики выполняются исследования по выяснению физических механизмов взаимодействия нуклеиновых кислот и биологически активных веществ с учетом гидратного окружения для определения корреляции между физическими параметрами взаимодействия в системе ДНК-биологически активные вещества и активностью исследуемых соединений. Анализ всей совокупности результатов позволяет получить детальное представление о молекулярных механизмах биологической активности исследуемых соединений и сформулировать рекомендации по синтезу соединений с эффективным и направленным фармакологическим действием.

40_25

Основные результаты отдела за все время

По научным направлениям были получены следующие основные результаты.

  • Показана принципиальная возможность определения последовательности нуклеотидов в нуклеиновой кислоте на основе анализа связанных крутильных колебаний азотистых оснований. Получены и интерпретированы спектры кристаллических оснований и нуклеозидов в дальней инфракрасной области. Впервые обнаружено явление гипохромизма ДНК на колебательных уровнях на полосах поглощения двойных и кратных связей азотистых оснований.
  • Выполнены исследования термодинамических и структурных параметров биополимеров при их тепловой денатурации. С помощью методов адиабатической калориметрии и инфракрасной спектроскопии показано, что процесс термической денатурации глобулярных белков в нормальных физиологических условиях не является простым переходом типа глобула-клубок. Этот процесс сопровождается разрушением гидратной оболочки белка и возникновением внутри- и межмолекулярных контактов, появление которых приводит к необратимости структурного перехода и уменьшает суммарный энергетический эффект. Выяснено, что в отличие от белков, взаимодействие между молекулами ДНК в концентрированных растворах имеет энтропийную природу.
  • Выполнен большой цикл исследований для выяснения структуры и стабильности гидратного окружения белков и нуклеиновых кислот с использованием специально разработанных экспериментальных физических методов (диэлектрометрия в мм диапазоне, инфракрасная спектроскопия влажных пленок, пьезогравиметрия и дифференциальная сканирующая микрокалориметрия систем биополимер-вода). Показано, что конформационные переходы в белках и нуклеиновых кислотах сопровождаются существенными изменениями в гидратном окружении биополимеров. Установлено, что основной энергетический эффект в конформационных переходах вызван взаимодействием с водой. Эти результаты позволили сделать заключение о решающей роли воды в стабилизации структуры ДНК.
  • Наряду с экспериментальными исследованиями с помощью методов компьютерного моделирования – методов Монте Карло и молекулярной динамики был проведен теоретический анализ гидратации биологически активных веществ, нуклеиновых кислот и построены нелинейные модели гидратационных АВ переходов в ДНК, наблюдаемых при изменении содержания воды в образцах.
  • Изучены структурные и энергетические особенности взаимодействия ДНК с биологически активными веществами (мутагенами, лекарственными препаратами), в том числе с новосинтезированными антибиотиками типа актиноцина. Сформулированы наиболее вероятные механизмы такого комплексообразования, учитывающие влияние водного окружения, и определены условия, при которых существенно изменяется термостабильность ДНК в присутствии биоактивных агентов.
  • На основе результатов исследования диэлектрических свойств белков, нуклеиновых кислот и их компонентов в мм и см диапазонах длин волн, выполненных с помощью оригинального дифференциального диэлектрометра, предложены молекулярные механизмы взаимодействия биомолекул с электромагнитными излучениями этих диапазонов.
  • С помощью спектроскопических методов, КВЧ диэлектрометрии и гель-электрофореза обнаружены изменения в структуре ДНК и ее гидратного окружения под воздействием ионизирующего излучения в модельных экспериментах при гамма-облучении системы ДНК-вода и в экспериментах с ДНК, выделенной из лабораторных животных, которые находились под воздействием радиации в зоне Чернобыльской АЭС.
  • Проведены исследования по изучению гидратации коллагена, процессов минерализации коллагена и образования комплексов минерализованного коллагена с титаном для выяснения оптимальных условий формирования таких систем при использовании в клинической практике.

Научные результаты

2005

Аннотация выполнения годового плана НИР «Спираль»

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Выполнены спектрофотометрические исследования в видимой и УФ областях взаимодействия биологически активных препаратов: нуклеозида 6AZC с тимусной ДНК в присутствии производного актиноцинового антибиотика ActII и бромистого этидия (ЭБ) (как конкурирующих лигандов); производного актиноцина ActII с односпиральной полиадениловой кислотой (poly(dA)) при различных соотношениях концентраций реагирующих компонентов.

На основании анализа кривых титрования смесей 6AZC - ДНК - ActII и 6AZC - ДНК - ЭБ, которые были получены в видимой области спектра, сделан вывод, что 6AZC взаимодействует с ДНК с помощью интеркаляции и, таким образом, является конкурентом ActII и ЭБ при их встраивании в ДНК. Показано, что в присутствии 6AZC меняются концентрационные зависимости спектров поглощения ActII и ЭБ с ДНК.

На основании анализа кривых титрования смесей ActII-poly(dA), которые были получены в видимой области спектра при рН = 6,86, сделан вывод, что Act II взаимодействует с poly(dA) с образованием как минимум двух типов комплексов.

С помощью программ оптимизации DALSMOD проанализированы различные теоретические модели связывания и получены предварительные данные о величинах термодинамических параметров связывания Act II с poly(dA) (К1 ~ 104 М-1, К2 ~ 105 М-1) и 6AZC с ДНК (К ~ 103 М-1).

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б., м.н.с. Гладковская Н.А., асп. Ермак Е.Л.

  1. С помощью компьютерного моделирования (молекулярный докинг, методы Монте Карло) выполнены расчеты параметров взаимодействия производного актиноцинового антибиотика ActIII с фрагментами двуспиральной полирибоцитидиловой кислоты (poly(rС)).

На основании анализа результатов молекулярного докинга и экспериментальных данных о комплексообразовании производного актиноцина (АctIII) и двуспиральной полирибоцитидиловой кислоты (poly(rС)) получено 5 структур комплексов АctIII - poly(rC), в которых энергии взаимодействия мишень-лиганд минимальные, а комплексы стабилизируются межмолекулярными водородными связями. В образовании водородных связей со стороны poly(rC) принимают участие группы цитозина и/или атомы кислорода сахарофосфатного остова, а со стороны АctIII - NH2, С = О, NH-группы феноксазонового хромофора и боковых аминоалкильных радикалов. С помощью метода Монте Карло определено влияние растворителя (молекул воды) на структуру комплексов, которые были получены с помощью молекулярного докинга. Показано, что растворитель имеет возможность дополнительно стабилизировать комплексы полинуклеотидных мишеней и лиганда с помощью молекул воды, образующих "мостики" между донорно-акцепторными группами мишени и лиганда. Предложено одну из молекулярных моделей как наиболее вероятную по структуре комплекса АctIII — poly(rC).

Исполнители - с.н.с. Шестопалова В., асп. Мирошниченко Е.В.

  1. Методами Раман спектроскопии и спектрофотометрии в видимой области выполнено исследование комплексообразования производного актиноцинового ряда ActIII с двуспиральной poly(rC) в широком интервале значений P/D. Численный анализ спектрофотометрических концентрационных зависимостей позволил установить интервалы P/D (P - моли фосфатов, D - моли лиганда), в которых преобладают комплексы с различными типами связывания лигандов (мономерное связывание и агрегаты) с двуспиральной структурой poly(rC). На основе полученных Раман спектров комплексов ActIII- poly(C)·poly(C+) определены группы атомов лиганда ActIII, участвующих в образовании комплексов с полинуклеотидной матрицей по типу внешнего связывания.

Исполнители - с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Семенов М.А.

  1. Методами КВЧ диэлектрометрии, гель электрофореза и ИК спектроскопии изучено влияние гамма излучения на комплекс ДНК - кофеин. Показано, что комплексообразование приводит к изменению диэлектрических параметров и дегидратации компонентов - молекул ДНК и кофеина. Установлено, что в случае комплекса радиация не вызывает, в отличие от облучения ДНК, разрушение гидратной оболочки ДНК и не влияет на степень полимерности нативной ДНК. Анализ результатов установил, что основные элементы структуры ДНК в комплексе сохраняются при воздействии радиации. Этот вывод свидетельствует о защитных свойствах кофеина.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В., с.н.с. Красницкая А.А.

  1. Выполнено комплексное сравнительное исследование особенностей гидратации и конформационных переходов следующих коллагеновых структур: 1) коллагена I типа из кожи теленка фирмы Sigma, 2) модельного коллаген-образного политрипептида poly (Pro-Gly-Pro) фирмы Sigma, 3) коллагена I типа, минерализированного in vitro. Минерализация коллагена проведена с использованием методики, которая позволяет одновременное формирование нанокристаллов гидроксиапатита и фибриллообразование коллагена. Для изучения особенностей гидратации применяли ИК спектроскопию и пьезогравиметрию пленок образцов в условиях широкого диапазона значений относительной влажности в атмосфере легкой и тяжелой воды. Выявлено, что для коллагеновых структур в интервале 0-70% относительной влажности характерно прочное связывание 3-4 молекул воды на один трипептид - (Gly-Х-Y) - и одновременно укрепление межпептидных водородных связей; эти процессы сопровождаются низкочастотным сдвигом полосы поглощения Амид I и высокочастотным - полосы Амид II. На основе полученных экспериментальных данных рассчитаны энергии гидратации коллагеновых структур и енергии межпептидных водородных связей. Минерализация коллагена не ведет к заметным изменениям спектральных параметров полос поглощения Амид I и Амид II.

Проведен расчет частотных сдвигов валентных колебаний СО - групп, к которым приводят динамические резонансные взаимодействия карбонильных колебаний атомов в коллагеновых структурах (Gly-Pro-Hyp)2-Gly-Phe-Hyp-Gly-Glu-Arg-(Gly-Pro-Hyp)3 и (Pro-Hyp Gly-)3-Ile-Thr-Gly-Ala-Arg-Gly-Leu-Ala-Gly-(Pro-Hyp-Gly)4 в диполь-дипольном приближении на основании теории молекулярных экситонов. Рассчитаны спектральные параметры основных компонентов тонкой структуры полосы Амид I ИК Фурье спектра естественного коллагена и сделаны их отнесения.

Исполнители - м.н.с. Мележик Е.П., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Семенов М.А.

  1. С использованием методики сканирующей микрокалориметрии проведены исследования влияния пиридоксина (витамин В6) на термостабильность вторичной структуры ДНК. Показано, что этот лиганд при взаимодействии с ДНК приводит к значительному росту, в зависимости от концентрации, температуры плавления (Тпл) и энергии (ΔНпл) структурного перехода. Причины такого действия пиридоксина выясняются.

Исполнители - с.н.с. Гасан А.И., м.н.с. Филипский А.В.

Аннотация выполнения годового плана НИР «Структура»

Разработана новая методика оценки термодинамических параметров связывания лигандов с ДНК, учитывающая образование как минимум двух типов комплексов и разницу в температурных зависимостях констант связывания лигандов с ДНК. Апробацию этой методики для расчета термодинамических параметров связывания ΔH, ΔS, ΔG и оценки смещения температур плавления (ΔTm) смесей лиганд-ДНК было проверено на системах актиноциновое производное АсtII с молекулами ДНК разного АТ, ГЦ- состава, и с молекулами одно- и двуспиральной poly(rC). А также проведены температурные исследования взаимодействия биологически активного нуклеозида 6-азацитозина (6AZC) с нативными и облученными молекулами ДНК.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Гасан А.И., м.н.с. Гладковская Н.А., н.с. Духопельников Е.В., с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Малеев В.Я., с.н.с. Семенов М.А., с.н.с. Шестопалова А.В.


2006

Аннотация выполнения годового плана по НИР "СПИРАЛЬ"

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Проведены детальные спектрофотометрические исследования связывания бромистого этидия (ЭБ) с ДНК. Установлено, что он образует с ДНК как минимум два типа комплексов, для которых рассчитаны молярные коэффициенты экстинкции, константы и величины мест связывания. Показано, что связывание ЭБ с ДНК при высоких степенях заполнения матрицы приводит к изменениям структуры ДНК.

Проведены спектрофотометрические исследования конкурентного связывания цитозина и его аналогов с ДНК в присутствии ЭБ. Показано, что немодифицированные цитидиновые аналоги (цитидин и AraС) не конкурируют с ЭБ за места связывания на ДНК, но приводят к изменениям хода кривых титрования ЭБ. При взаимодействии цитидина и AraС с ДНК взаимодействие может происходить с теми группами оснований ДНК, которые не участвуют в связывании с ЭБ, поэтому они не являются непосредственными конкурентами ЭБ, но создают стерические препятствия для его связывания с ДНК.

Модифицированные цитидиновые аналоги (6AZC, AZAfur и AZAxyl), имеющие активную азагруппу в цитозиновом кольце, конкурируют с ЭБ за места связывания на ДНК по типу интеркаляции. Определены константы связывания 6AZC, AZAfur и AZAxyl с ДНК. Размер места связывания 6AZC, AZAfur и AZAxyl с ДНК составляет одно основание на молекулу лиганда, что свидетельствует об отсутствии АТ-, ГЦ- специфичности этих лигандов. Во взаимодействии 6AZC, AZAfur и AZAxyl с ДНК могут быть задействованы азагруппы нуклеозидов и аминогруппы оснований ДНК.

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б., н.с. Гладковская Н.А., асп. Ермак Е.Л., асп. Минакова Е.А.

2.Методом Монте Карло выполнено компьютерное моделирование взаимодействия фрагментов ДНК и производного актиноцина (ActIІ) при соотношении лиганд - мишень 1: 1 и 2:1 с учетом водного окружения. Получены низкоэнергетические структуры комплексов, составляющих наиболее вероятные молекулярные модели двух типов комплексов - связывание ActIІ в малом желобке и интеркаляция ActIІ в GC-сайт. Рассчитаны энергетические и структурные параметры комплексов. Показано, что молекулы воды вносят дополнительную стабилизацию за счет образования водных мостиков между донорно-акцепторными группами фрагментов ДНК и лигандов. Определены возможные размеры мест связывания ActIІ в малом желобе, которые равны 3-4 парам оснований на молекулу лиганда. При интеркаляции молекул ActII в GC-сайт размеры мест связывания должны быть более 4 пар оснований на молекулу лиганда.

Исполнители - с.н.с. Шестопалова А.В.

  1. С помощью метода комбинационного рассеяния были исследованы особенности комплексообразования с ДНК производных актиноцина с разной длиной боковых цепей, а также производного, отличающегося строением боковых групп, в которых метильные группы третичных аминов заменены атомами водорода. Все Раман спектры были получены для смесей лиганд-ДНК, в которых преобладает каждый из возможных типов комплексов: при P/D<10 - преобладают комплексы I типа (внешнее связывание), при P/D>10 - комплексы II типа (интеркаляция).

На основании литературных данных о нормальных колебаниях феноксазонового хромофора и характеристичности Раман полос, а также выполненных нами ранее Раман спектроскопических исследованиях производных актиноцина в свободном состоянии и в комплексе с различными полинуклеотидными матрицами, было сделано отнесение частот Раман спектров основных функциональных групп лигандов. Методом Раман спектроскопии были определены основные группы атомов производных актиноцина, которые участвуют в образовании различных типов комплексов (интеркаляция и внешнее связывание) на полинуклеотидных матрицах.

Исполнители - с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Семенов М.А.

  1. Методом дифференциальной КВЧ диэлектрометрии получены значения комплексной диэлектрической проницаемости комплекса ДНК - спермин в нативном и гамма-облученном состояниях. Показано, что суммарная степень гидратации комплекса является суммой степеней гидратаций компонент. Количество связанной воды остается неизменным после облучения, что указывает на отсутствие существенных пострадиационных изменений в гидратной оболочке ДНК и сохранение основных элементов ее структуры. Методом электрофореза обнаружено, что радиационное воздействие приводит к фрагментации ДНК как в составе комплекса со спермином, так и в отсутствии лиганда. Но в первом случае диапазон длин фрагментов значительно меньше, что говорит о перехвате продуктов радиолиза воды и свидетельствует о частичной защите структуры ДНК от повреждений.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В., с.н.с Красницкая А.А.

  1. Получены Раман спектры политрипептида poly (Gly-Pro-Pro) и коллагена I типа в растворах оксида дейтерия. Частоты валентных карбонильных колебаний типа А, которые приводят к появлению полос в Раман спектре, рассчитаны согласно модели слабо связанных осцилляторов в рамках теории возмущений для полипептидных структур с учетом динамических резонансных взаимодействий диполей перехода. Рассчитанные частоты хорошо согласуются с экспериментальными частотами полосы Амид I в Раман спектрах. На основе расчетов сделаны отнесения частот компонент полосы Амид I в экспериментальных Раман спектрах водных растворов политрипептида poly (Gly-Pro-Pro) и коллагена I типа.

С помощью метода пьезогравиметрии были получены изотермы гидратации тонких пленок poly (Gly-Pro-Pro) и коллагена I типа. На основании модели адсорбции воды Д'Арси и Ватта получены количественные характеристики внутреннего и внешнего слоев гидратной оболочки исследуемых молекул, которые имеют структуру тройной спирали, и рассчитаны теплоты сорбции воды в слоях Ленгмюра, Генри и мультислоях. Значение полной энтальпии гидратации для poly(Gly-Pro-Pro) и коллагена I типа составляют соответственно -10.9 и -12.2 кДж/моль фрагмента -Gly-X-Y-. С учетом энергетических характеристик гидратации poly(Gly-Pro-Pro) и коллагена I типа, а также полученных ранее количественных оценок прямых энтальпии пептид-пептидных водородных связей в коллагеновых белках, сделаны оценки относительных вкладов энергий различных типов взаимодействий в общую энергию стабилизации трехспиральных структур коллагенового типа.

Исполнители - м.н.с. Мележик Е.П., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Семенов М.А.

Аннотация выполнения годового плана по НИР "Структура"

1.Методами дифференциальной сканирующей микрокалориметрии и спектрофотометрии в видимой и УФ областях выполнено исследование взаимодействия производного актиноцина ActІІІ с одно- и двуспиральной полирибоцитидиловой кислотой poly(rС). Рассчитаны параметры комплексообразования ActІІІ с poly(rС). Определено, что взаимодействие производного актиноцина Act ІІ с poly(rС) приводит к уменьшению температуры, энтальпии и энтропии плавления poly(rС) по сравнению со свободным полинуклеотидом. Показано, что основной причиной уменьшения термодинамических параметров плавления poly(rС) является конформационные изменения матрицы, вызванные взаимодействием с лигандом ActІІІ.

2.Проведено молекулярно-динамическое моделирование различных спиральных форм poly(rС) в пакете AMBER 8 с явным учетом ион-гидратного окружения. Получены молекулярно-динамические траектории для односпиральной poly(rС) (длина фрагмента - 10 цитозинов) и двух топологий (5’Е и 3’Е) четырехспиральной poly(rС) (длина фрагментов - два двуспиральных фрагмента по 5 пар нуклеотидов). Структура двуспиральной poly(rС) для относительно коротких фрагментов (12, 24 и 48 пар цитозинов) оказалась нестабильной и разрушилась в процессе моделирования. Проведен анализ полученных траекторий с помощью метода существенной динамики, и сделаны оценки внутримолекулярных энтропий в квазигармонических приближениях. Выявлено, что из спиральных форм poly(rС) наиболее гибкой является односпиральная форма, а наиболее жесткой - 5’Е топология четырехспиральной poly(rС).

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г, с.н.с. Больбух Т.В., м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Гасан А.И., н.с. Гладковская Н.А., н.с. Духопельников Е.В., с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Малеев В.Я., с.н.с. Семенов М.А., с.н.с. Шестопалова А.В., асп. Мирошниченко Е.В., асп. Хребтова А.С.


2007

Аннотация выполнения годового плана по НИР "МОДЕЛЬ" (2007-2011гг.)

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Проведены спектрофотометрические исследования связывания теофиллина с тимусной ДНК в присутствии конкурирующих лигандов. В качестве конкурирующих лигандов были выбраны соединения, поглощающие в видимой области спектра и взаимодействующие с ДНК с образованием различных типов комплексов - производное актиноцина ActII и бромистый этидий. Показано, что константы связывания теофиллина с ActII (943 ± 124 М-1) и бромистым этидием (177 ± 36 М-1) значительно больше, чем кофеина в комплексах с теми же лигандами. С помощью программ оптимизации спектрофотометрических концентрационных зависимостей DALSCOMP и COMPHET полученны константа (185 ± 20 М-1) и величина места связывания (n=1) теофиллина с ДНК. На основе проведенных исследований сделан вывод о большей активности теофиллина чем кофеина в качестве акцептора ароматических молекул лигандов в растворе. Это необходимо учитывать при одновременном использовании этих лекарственных препаратов в медицине и биологии. Комплекс программ по обработке экспериментальных данных может применяться при исследовании конкурентного связывания различных типов лекарственных соединений, которые взаимодействуют с ДНК. Полученные результаты могут быть использованы для рекомендаций при применении комбинированной химиотерапии.

Исполнители - н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Ермак Е.Л., асп. Минакова Е.А., с.н.с. Круглова Е.Б.

  1. Методом ДСК проведено исследование влияния производного актиноцина ActIII на термодинамические параметры плавления salmon testes ДНК. Предложены методы расчета термодинамических параметров связывания лигандов с ДНК по данным ДСК. Показано, что при использовании модели, основанной на уравнениях химических равновесий, необходимо учитывать размер кооперативной единицы плавления ДНК, величину места связывания лиганда и зависимость константы связывания от температуры. Дополнения, которые были внесены в традиционную модель расчета термодинамических параметров взаимодействия лигандов с ДНК по данным ДСК, позволяют более корректно вычислять параметры при мультимодальном связывании.

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Березняк Е.Г., н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Проведено исследование влияния последовательности на структуру и динамику додекамеров нуклеиновых кислот с помощью метода молекулярно-динамического моделирования. Создана база молекулярно-динамических траекторий додекамеров ДНК, которые могут быть использованы в качестве мишеней для биологически активных соединений. Методом гибкого докинга были получены наиболее вероятные комплексы производного противоопухолевого антибиотика актиномицина D с несимметричными боковыми цепями (АctIII-II) и фрагментов ДНК различной последовательности для связывания по типу интеркаляции и связывания в бороздках двойной спирали ДНК. Полученные результаты позволят моделировать молекулярные комплексы аналогов противоопухолевых антибиотиков с различными по нуклеотидным составам сайтами связывания ДНК.

Исполнители - м.н.с. Мирошниченко Е.В., с.н.с. Шестопалова Г.В.

  1. С использованием теории молекулярных экситонов и ИК спектров поглощения двунитевых полинуклеотидов poly(rА)-poly(rU), poly(rG)-poly(rC) и poly(dA)-poly(dT), полученных ранее, в диполь-дипольном приближении проведен расчет резонансных взаимодействий валентных карбонильных (С = О) и внутри кольцевых (C = N) колебаний азотистых оснований. На основании произведенных расчетов исследована подвижность азотистых оснований в процессе структурных перестроек полинуклеотидов, вызванных гидратацией. Показано, что в сухом состоянии двунитевые полинуклеотиды находятся в форме, незначительно отличающейся от двуспирального состояния. Полученные результаты позволяют описать молекулярные механизмы динамики азотистых оснований при структурных перестройках ДНК.

Исполнители - с.н.с. Семенов М.А., н.с. Борискина Е.П., с.н.с. Малеев В.Я.


2008

Аннотация выполнения годового плана по НИР "МОДЕЛЬ" (2007-2011гг.)

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

1.Методами дифференциальной сканирующей калориметрии (ДСК) и спектрофотометрии исследовано взаимодействие профлавина (Pf) с тимусной ДНК. Показано, что профлавин образует на матрице ДНК как минимум 3 типа комплексов. При высоких значениях соотношения концентраций ДНК и лиганда (P/D) образуется два комплекса по типу интеркаляции. В первую очередь Pf интеркалирует в GC пары. При низких значениях P/D Pf взаимодействует с ДНК по типу внешнего связывания. Из спектрофотометрических концентрационных зависимостей рассчитаны параметры комплексообразования Pf с ДНК. С помощью метода ДСК получено термодинамические параметры плавления ДНК в составе этих комплексов.

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б., с.н.с. Березняк Е.Г, н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., асп. Хребтова А.С.

  1. Методами спектроскопии комбинационного рассеяния света и спектрофотометрии в видимой области исследованы особенности комплексообразования бромистого этидия (ЭБ) с тимусной ДНК при высоких и низких соотношениях концентраций биополимер/лиганд. Показано, что связывание ЭБ с ДНК осуществляется по типу интеркаляции и внешнего связывания. Из анализа спектров комбинационного рассеяния комплексов установлено, что аминогруппы ЭБ формируют водородные связи с акцепторными группами атомов полинуклеотидных матрицы ДНК в обоих типах комплексов. Низкая степень заполнения ДНК лигандом не изменяет В-форму ДНК, а высокая приводит к конформационному В-А переходу.

Исполнители - м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Гасан А.И., с.н.с. Семенов М.А., м.н.с. Филипский А.В.

  1. С помощью метода дифференциальной КВЧ диэлектрометрии найдены диэлектрические параметры водных растворов профлавина, мирицетина, комплексов ДНК - профлавин и ДНК - мирицетин. На основе полученных данных определено и проанализировано состояние гидратной оболочки исследованных веществ. Показано, что изменения в гидратации при комплексообразовании ДНК с профлавином и мирицетином дают существенный вклад в стабилизацию комплексов.

Исполнители -с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В.

  1. Рассмотрены три модели построения интеркаляционных сайтов на молекуле-мишени - ДНК, учитывающих особенности встраивания различных по структуре интеркаляторов: бромистого этидия, дауномицина и 9-амино-ДАКА. С помощью молекулярного моделирования методами молекулярного докинга и молекулярной механики с неявным учетом растворителя показано, что при построении интеркаляционных мишеней достаточно учесть только наиболее существенные раскрутки двойной спирали ДНК в интеркаляционном сайте (для этидия и 9-амино-Дака) или в соседней паре (парах) оснований (для дауномицина). Зафиксированы также конформационные перестройки сахаров и асимметрия их конформаций возле сайта интеркаляции. Выявлено влияние последовательности оснований ДНК на общий суммарный угол раскрутки ДНК-мишени.

Исполнители -с.н.с. Шестопалова А.В., м.н.с. Мирошниченко Е.В., инж. Суханов О.С.

  1. Создана база данных ProtNA-ASA, доступ к которой в Интернете является свободным (www.protna.bio-page.org). База данных содержит систематизированную информацию о конформационных параметрах и площади доступной поверхности атомов нуклеиновых кислот в составе белково-нуклеиновых комплексов. Информация из базы данных ProtNA-ASA позволяет выполнять статистический сравнительный анализ структуры свободной ДНК и ДНК в комплексах с белками. Такой анализ существенно расширяет представление о молекулярных механизмах косвенного белково-нуклеинового узнавания.

Исполнители - асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискина Е.П., с.н.с. Шестопалова А.В.


2009

Аннотация выполнения годового плана по НИР "МОДЕЛЬ" (2007-2011гг.)

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Методами флюоресценции и спектроскопии исследовано взаимодействие профлавина (Pf) с матрицами рolyA-polyU, polyG-polyC и ДНК из тимуса теленка. По экспериментальным данным спектрофотометрического и люминесцентного титрования построены изотермы Скетчарда для всех исследованных систем и получены величины констант и мест связывания. С наибольшей константой Pf связывается с природной ДНК и синтетическим полирибонуклеотидом PolyA-polyU. Совместное использование двух оптических методов позволило определить возможность формирования трех типов комплексов в системе Pf - ДНК и только одного типа комплексов в системах Pf - PolyA-polyU и Pf - polyG-polyC. Отсутствие комплексов по внешнему типу в системах Pf - polyA-polyU и Pf - polyG-polyC связано с тем, что полирибонуклеотиды имеют А-форму двойной спирали.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Методом молекулярного докинга получено комплексы по типу интеркаляции и связывание в бороздках двойных спиралей профлавина (Pf) с фрагментами гомополимеров ДНК и РНК различного нуклеотидного состава. Показано, что Pf может образовывать два типа интеркаляционных комплексов с нуклеиновыми кислотами, которые практически не отличаются по энергиям взаимодействия. Установлено лишь незначительное преимущество при связывании Pf с GC-последовательностями. При взаимодействии Pf с В-ДНК образуются комплексы в малой бороздке спирали с максимальной энергией связывания для АТ - последовательностей. С А-формой РНК и ДНК комплексы образуются при связывании Pf в большой бороздке, но такие комплексы энергетически менее выгодны, чем интеркаляционные, и для них не найдено зависимости энергии связывания от последовательности. Показана возможность формирования водородных связей между NH2-группами Pf и атомами сахарно-фосфатного остова нуклеиновых кислот при связывании Pf по типу интеркаляции. При расположении Pf в бороздках спиралей NH2-группы лиганда взаимодействует с атомами оснований.

Исполнители - с.н.с. Шестопалова А.В., м.н.с. Мирошниченко Е.В., инж. Суханов О.С.

  1. Методом спектрофотометрического титрования проведено исследование взаимодействия производного актиноцина с тимусной ДНК в широком диапазоне концентраций одновалентных ионов Na+ и К+ Предложена новая модель связывания лигандов и ДНК с учетом ионов как прямых конкурентов лиганда по интеркаляционному типу комплексов, так и косвенных конкурентов при внешнем связывании лиганда с матрицей ДНК. С помощью этой модели оценено влияние одновалентных ионов Na+ и К+ на константы комплексообразования по двум типам связывания и рассчитан вклад полиэлектролитной составляющей в полную свободную энергию взаимодействия лиганда с ДНК в зависимости от типа ионов.

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б, асп. Минакова Е.А.

  1. Методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии проведено исследование формирования комплексов ДНК с витамином В2 (рибофлавин, РБФ) при соотношении P/D=8. С помощью изотерм гидратации выяснено, что образование комплекса ДНК-РБФ приводит к снижению гидратации ДНК. То есть лиганд связывается с гидратно активными центрами ДНК, препятствуя их связыванию с водой. По данным ИК-спектроскопии установлено, что в образовании комплексов ДНК с рибофлавином участвуют фосфатные группы ДНК и атом кислорода рибозного кольца.

Исполнители - м.н.с. Близнюк Ю.Н., с.н.с. Больбух Т.В., с.н.с. Гасан А.И., с.н.с. Семенов М.А.

  1. С помощью метода дифференциальной КВЧ диэлектрометрии в миллиметровом диапазоне волн получены диэлектрические характеристики водных растворов йодистого пропидия и комплексов пропидия с ДНК. На основе модели гидратации рассчитана степень гидратации. Показано, что стабилизация комплекса ДНК - пропидий обусловлена ​​не только взаимодействием между компонентами, но и взаимодействием с окружающей связанной водой, характеризующееся появлением при комплексообразовании дополнительных молекул воды в гидратной оболочке ДНК.

Исполнители -с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В.

  1. Проведено исследование роли конформационных переходов сахарно-фосфатного остова ДНК в механизмах косвенного узнавания белками целевых участков ДНК. Проведен статистический анализ конформационных параметров сахарно-фосфатного остова и площади доступной поверхности нуклеотидов в малой и большой бороздках фрагментов ДНК из 218 белково-нуклеиновых комплексов. Показано, что частота перехода в альтернативные конформации различных нуклеотидов неодинакова. Определено также, что переход сахарно-фосфатного остова ДНК из классической конформации в альтернативные приводит к характерным изменениям площади полярной и неполярной доступной поверхности ДНК в малой и большой бороздках для нуклеотидов с А- и В-образной конформацией дезоксирибозы. Так, в частности, делает полярные атомы О3' и О5' более доступными для взаимодействия с положительно заряженными аминокислотными остатками. Выявлены индивидуальные особенности полярно-неполярного профиля различных нуклеотидов в одинаковой конформации. Полученные результаты указывают на важную роль конформационных переходов ДНК для белково-нуклеиновых взаимодействий и расширяют представление о молекулярных механизмах косвенного узнавания.

Исполнители - асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискина Е.П., с.н.с. Шестопалова А.В.

Аннотация выполнения годового плана по НИР «БУКСИР» (2007-2011гг)

  1. Продолжается анализ электромагнитного отклика белковых макромолекул целостной биологической системы на клетках и плазме крови доноров при комбинированном воздействии излучения мм и субмм диапазонов путем скрининга частот модуляции лазерного и миллиметрового излучения. Проведен поиск резонансной частоты макромолекулярных комплексов спермиев быков-производителей с модулированным по амплитуде низко интенсивным электромагнитным излучением терагерцового диапазона. С помощью акустического анализа данных пьезоэлектрического взаимодействия суспензии спермиев показано, что частота вибрации хвостовой части спермиев быков может служить индикатором качества эякулята для биотехнологии криоконсервации и искусственного осеменения.

Исполнители - с.н.с. Колесников В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2010

Аннотация выполнения годового плана по НИР "МОДЕЛЬ" (2007-2011гг.)

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Методами спектрофотометрии (СФ) и дифференциальной сканирующей калориметрии (ДСК) проведено исследование комплексообразования в системе профлавин - salmon testes ДНК. Показано, что в зависимости от соотношения концентраций реагирующих компонент образуются два типа комплексов, которые отличаются по термодинамическому состоянию ДНК. Рассчитаны параметры связывания профлавина с ДНК по типу интеркаляции. Константы, полученные с помощью методов УФ и ДСК, имеют близкие значения.

Методами флуоресцентной спектроскопии, СФ и ДСК исследовано взаимодействие флавинмононуклеотида (ФМН) с salmon testes ДНК. Показано, что ФМН почти не связывается с ДНК (К = 50 М-1) и не влияет на термодинамические параметры плавления ДНК. Сделан вывод, что в тройных системах ФМН-лиганд-ДНК флавинмононуклеотид не может регулировать изменение биологического эффекта лиганда по протекторному механизму.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. С помощью метода абсорбционной спектрофотометрии исследовано конкурентное связывание акридинового мутагена ICR-191 и метилксантинов (кофеина и теофиллина) с тимусной ДНК. Получены спектры гетероассоциатов ICR-191-кофеин и ICR-191-теофиллин. Показано, что ICR-191 взаимодействует с кофеином с большей константой связывания (К=1461 ± 95 М-1), чем с теофиллином (К=404 ± 29 М-1). Спектрофотометрические исследования тройных систем ICR-191- ДНК - метилксантины показали, что кофеин сильнее влияет на взаимодействие ICR-191 с ДНК, чем теофиллин. Влияние кофеина на связывание акридинового мутагена с ДНК проявляется при небольших концентрациях ДНК, когда в растворе много свободных лигандов. Влияние теофиллина ощутимо только при больших концентрациях ДНК.

Исполнители - н.с. Ермак Е.Л

  1. В КВЧ диапазоне изучены диэлектрические свойства водного раствора бромида этидия и комплекса ДНК с этидием. Для бромида этидия на основе полученных данных определены степень гидратации и вероятные гидратно активные центры. Найдено, что процесс комплексообразования сопровождается определенным изменением диэлектрических свойств раствора, что может указывать на тенденцию к росту количества связанной воды при образовании комплекса. Сравнение с литературными данными и анализ с помощью моделей взаимодействия ДНК с интеркаляторами показал, что рост гидратации может быть обусловлен процессами раскрутки и удлинения ДНК, происходящих при интеркаляции.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В.

  1. Сравнительный анализ диэлектрических свойств водных растворов комплексов интеркалятора ActII, профлавина, бромида этидия и йодида пропидия с ДНК показал, что для всех изученных комплексов ДНК-интеркалятор происходит уменьшение диэлектрической проницаемости, которое, как показал расчет, соответствует увеличению гидратации ДНК на несколько молекул воды (в пересчете на нуклеотид).

Исполнители - с.н.с. Малеев В.Я.

  1. Методом спектрофотометрического титрования проведено исследование взаимодействия бромистого этидия с тимусной ДНК в пределах широкого диапазона концентраций одновалентных ионов Na+ (от 7.5×10-4 до 0.2 М) с использованием трех теоретических моделей. Наиболее оптимальной признана модель, согласно которой лиганды образуют комплексы, отличающиеся по типу интеркаляции: моноинтеркалированный лиганд и лиганды на соседних местах связывания. Ионы учитывались как конкуренты лиганда по интеркаляционному типу комплекса. С помощью этой модели оценено влияние одновалентных ионов Na+ на параметры комплексообразования бромистого этидия с тимусной ДНК. Также получены зависимости логарифмов констант связывания от логарифма концентраций NaCl. С помощью этих зависимостей рассчитан вклад полиэлектролитной составляющей в полную свободную энергию взаимодействия лиганда с ДНК.

Исполнители - с.н.с. Круглова Е.Б, в. инж. Минакова Е.А.

  1. Выполнены исследования конформационных изменений сахарофосфатного остова ДНК в составе нуклеосом на основании статистического анализа 14 коровых частиц нуклеосом с PDB базы данных. Установлено, что более 8% нуклеотидов в составе нуклеосомальнои ДНК имеют альтернативные t и g- конформации угла γ сахарофосфатного остова. Выявлена зависимость таких переходов от нуклеотидного состава. Показано также, что изменение конформации угла g приводит к изменению геометрии и электростатического потенциала поверхности двойной спирали ДНК. Такие перестройки важны для навития ДНК на гистоновый кор нуклеосом и реализации косвенного механизма узнавания белками специфических сайтов связывания на ДНК.

Исполнители - асп. Ткаченко М.Ю., н.с. Борискина Е.П., с.н.с. Шестопалова А.В.

  1. Разработана и изготовлена рабочая кювета для проведения измерений диэлектрических параметров растворов биологических веществ в диапазоне частот от 30 до 40 GHz при различных температурах (от 0 до 70°С). Проведены измерения диэлектрических параметров растворов сахарозы при различных температурах и концентрациях. Рассчитана энергия активации дипольной релаксации при различных температурах.

Исполнители - н.с. Глибицкий Г.М.

Аннотация выполнения годового плана по НИР «БУКСИР» (2007-2011гг.)

Проведено исследование электромагнитного отклика биологических объектов при комбинированном воздействии электромагнитных волн миллиметрового (мм, f = 35,5 ¸ 37,7 ГГЦ) и терагерцового (ТГц, f = 0,89 ТГц) диапазонов. Объектами исследования были суспензия эритроцитов, одноклеточные водоросли - образцы из водоемов Харьковской области и чистые культуры.

  • В экспериментах на эритроцитах изучено влияние электромагнитных волн ТГц диапазона на перекисное окисление липидов и на осмотическую резистентность эритроцитов с различными морфо-функциональными нарушениями. Показано положительное влияние ТГц излучения на осмотическую резистентность эритроцитов, которые подвергались осмотическому гемолизу в присутствии солевого раствора NaCl (0,45%), при экспозиции 30 минут. При этом резистентность мембраны эритроцитов повышалась почти в 2 раза, а уровень продуктов пероксидации практически не менялся. Практическое значение: Выбранные и исследованные режимы облучения могут быть предложены для практической медицины в терапии хронических аллергодерматозов, патогенез большинства которых связан с нарушением нормального расположения мембранного бислоя и с повреждением мембранно-связанных белков, что является причиной инактивации мембранных рецепторных комплексов, а также систем транспорта воды и ионов через мембрану эритроцитов.
  • В экспериментах на одноклеточных водорослях исследовался электромагнитный отклик микроводорослей в аспекте параметров солнечной активности, который регистрировался в миллиметровом диапазоне длин волн при активации суспензии клеток излучением терагерцового диапазона. Была показана связь между действительной частью комплексной диэлектрической проницаемости (e¢) и количеством солнечных пятен (sunspots number), которые характеризуют уровень солнечной активности, при этом коэффициент корреляции (r) составил -0,71.

Практическое значение: Показана возможность прогнозировать производительность верхнего слоя акватории в зависимости от солнечной активности. Исполнители - с.н.с. Колесников В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2011

Аннотация выполнения годового плана по НИР «МОДЕЛЬ» (2007-2011гг.).

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Методами спектрофотометрии и дифференциальной сканирующей калориметрии исследовано комплексообразование в системе производное актиноцина ActII - salmon testes ДНК при различных соотношениях концентраций ДНК и лиганда. Получены величины мест связывания, констант связывания и энергетические параметры связывания ActII с salmon testes ДНК.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г, н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Для анализа данных спектрофотометрического титрования построена новая система многопотоковой параллельной оптимизации спектров поглощения БАВ с использованием генетических алгоритмов. Тестирование новой программы оптимизации проведения на системах лиганд1-лиганд1, лиганд1-лиганд2. Рассчитаны константы само- и гетероассоциации для смесей лигандов: профлавина, бромистого этидия, производного актиноцина, флавинмононуклеотида.

Исполнители - с.н.с. Духопельников Е.В., м.н.с. Кулишенко С.Ф.

  1. Методом дифференциальной КВЧ диэлектрометрии изучены диэлектрические свойства водных растворов хлорофиллина и комплекса ДНК-хлорофиллин. Обнаружено, что процесс комплексообразования сопровождается изменением диэлектрических свойств раствора, что обусловлено изменениями в водной оболочке нуклеиновой кислоты. На основе полученных данных и модельных представлений рассчитаны степени гидратации лиганда и его комплекса с ДНК. Установлено, что процесс формирования комплекса сопровождается уменьшением количества связанной воды в системе ДНК-хлорофиллин.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В., асп. Песина Д.А.

  1. Показано, что в пленках, полученных из растворов ДНК и солей щелочных и/или щелочноземельных металлов, регистрируются текстуры. Текстуры имеют структуру, которая присуща формам жидких кристаллов. Соотношение между плоскостью текстуры на пленке и плоскостью всей пленки зависит от свойств ионов, которые добавляли в раствор, и от соотношения концентраций солей металлов и ДНК в растворе. Большинство текстур, которые образуются в пленках, содержащих ДНК и соли различных металлов, являются текстурами фрактального типа, величины фрактальной размерности которых могут использоваться для предварительной оценки уровня мутагенности биологически активных веществ in vitro.

Исполнители - н.с. Глибицкий Г.М., м.н.с. Глибицкий Д.М., с.н.с. Малеев В.Я.

  1. С помощью ИК-спектроскопических исследований показано, что присутствие наночастиц серебра в пленках ДНК приводит к денатурации ДНК. Изменения, наблюдаемые в ИК-спектрах, свидетельствуют о разрыве водородных связей, которые образуются в нативной ДНК с участием групп сахарофосфатного остова. Эти результаты подтверждают предположение, что формирование текстур на поверхности пленок определяется степенью нативности ДНК.

Исполнители - н.с. Глибицкий Г.М., м.н.с. Глибицкий Д.М., с.н.с. Семенов М.А.

  1. Проведено исследование механизмов конкурентного связывания в тройной системе профлавин-ДНК-кофеин в широком интервале относительных концентраций ДНК/лиганд1, лиганд2. Показано, что в тройной системе кофеин проявляет и интерцепторный и протекторный механизмы.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., н.с. Гладковская Н.А., в. инж. Минакова Е.А.

  1. Выполнено исследование распределения нуклеотидов с альтернативными конформациями нуклесомной ДНК по данным статистического анализа 14 коровых частиц нуклеосом из PDB базы данных.

Исполнители - м.н.с. Житникова М.Ю., с.н.с. Шестопалова А.В.

Аннотация выполнения годового плана по НИР «БУКСИР» (2007-2011гг).

  1. Проведено измерение реакции нативных клеток при синхронном действии излучения от HCN-лазера, а также источника мм-диапазона радиоволн с целью исследования и поиска резонансного взаимодействия. Измерение и контроль комплексного действия радиоволн КВЧ и терагерцового диапазонов были проведены с помощью КВЧ комплекса мощностью 20 мВт (частоты 35 ГГц - 37,7 ГГц) и терагерцового комплекса мощностью 10 мВт (частоты 1,0 ТГц - 2,0 ТГц). Измерения были проведены с помощью установки «Установка для исследования биологических объектов волноводными методами в КВЧ-диапазоне».
  2. При моделировании осмотического гемолиза суспензии эритроцитов показан антиоксидантный эффект терагерцового излучения; при этом было зарегистрировано существенное увеличение резистентности мембраны эритроцитов к гемолизирующему агенту (0,45% солевого раствора NaCl) при терагерцовой лазерной экспозиции (f = 0,89 ТГц, P= 1,5 мВт / см2, время облучения 60 минут).
  3. Показана возможность моделировать солнечную активность в лабораторных условиях терагерцовым лазерным излучением. Зарегистрировано корреляцию между числом солнечных пятен и гидратацией суспензии одноклеточных водорослей. Показано, что терагерцовое излучение (f = 0,89 ТГц, P = 1,5 мВт/см2) относится к «альгофильным» частотам электромагнитного спектра.

Исполнители - с.н.с. Колесников В. Г., м.н.с. Древаль Н.В.


2012

Аннотация выполнения годового плана по теме "Модель-2"

Разработана и проведена апробация новой модели комплексообразования ДНК с различными по типу биологически активными соединениями для интерпретации данных микрокалориметрии. Установлено равновесные константы и термодинамические параметры связывания в системах, содержащих два класса биологически активных соединений (двойные системы) и ДНК с двумя различными классами биологически активных соединений (тройные системы). Для двойных систем экспериментально (методы колебательной спектроскопии) обнаружено межмолекулярные водородные связи, которые дополнительно стабилизируют образования гетероассоциатов биологически активных соединений в водном растворе. Полученные результаты необходимы для построения моделей взаимодействия ДНК с биологически активными соединениями, которые являются лекарственными средствами противоопухолевого действия.

Совершенствование измерительно-регистрирующего комплекса для изучения комплексного влияния электромагнитных волн мм и субмм диапазонов на биологические объекты позволило проводить исследования по договору о научно-практическом сотрудничестве между Институтом радиофизики и электроники им. А.Я. Усикова и ГУ «Институт дерматологии и венерологии АМН Украины» от 16 февраля 2012 года.

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Разработана модель комплексообразования ДНК-БАВ, которая позволяет рассчитывать параметры плавления и параметры связывания для исследованных систем по данным дифференциальной сканирующей калориметрии. Апробацию модели проведено на системе ДНК-профлавин.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Для установления равновесных параметров само- и гетероассоциации БАВ и их комплексообразования с ДНК методом спектрофотометрии проведены экспериментальные исследования:
  • гетероассоциации в двойных системах БАВ1-БАВ2: бромистый етидий- флавинмононуклеотид, бромистый этидий - хлорофиллин и профлавин – хлорофиллин;
  • комплексообразования в тройных системах ДНК-БАВ1-БАВ2: ДНК - бромистый этидий - флавинмононуклеотид, ДНК - бромистый этидий - хлорофиллин, ДНК - профлавин - хлорофиллин.

Константы само- и гетероассоциации, полученные независимо в одинаковых экспериментальных условиях, необходимы для расчета параметров комплексообразования в системе БАВ1-БАВ2-ДНК.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Методами ИК и КР спектроскопии исследовано образование гетерокомплексов БАВ: флавинмононуклеотида (FMN), бромистого этидия (EB), профлавина (PRF), теофиллина (TPH) и кофеина (CAF) в нейтральных водных растворах. Анализ ИК и КР спектров показал образования межмолекулярных водородных связей между функциональными атомными группами (С = О и NH2) в гетерокомплексах FMN-EB, FMN-PRF и TPH-EB. Обнаруженные смещения частот колебаний карбонильных групп в ИК спектрах позволили оценить величину энтальпии водородных связей. Показано, что межмолекулярные водородные связи дополнительно стабилизируют стопочными структурами исследуемых гетерокомплексов.

Исполнители - с.н.с. Семенов М.А., м.н.с. Близнюк Ю.Н.

  1. Методом дифференциальной КВЧ диэлектрометрии в мм диапазоне (λ = 7,6 мм) проведено исследование диэлектрических параметров водных растворов хлорофиллина, сывороточного альбумина человека и его комплекса с хлорофиллином. Выполнен анализ экспериментальных результатов, полученных методом диэлектрометрии для растворов сывороточный альбумин - хлорофиллин. На основании модельных представлений рассчитаны степени гидратации хлорофиллина, сывороточного альбумина человека и их комплекса.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., н.с. Хорунжая О.В., асп. Песина Д.А.

  1. Исследована самоорганизация ДНК при дегидратации в присутствии ионов Na+, Ag+ и наночастиц серебра. Показано, что характер образования дендритных текстур, который определяется по размеру площадей таких структур на поверхности пленки дегидратированной ДНК, зависит от конформационного состояния ДНК и коррелирует с мутагенными свойствами добавленных соединений.

Исполнители - н.с. Глибицкий Г.М., м.н.с. Глибицкий Д.М., с.н.с. Семенов М.А.

  1. Закончена разработка и модернизация программного обеспечения для регистрации взаимодействия элементов крови с миллиметровым излучением. Дискретизации спектра измерительного трека в диапазоне от 0 до 96000 Гц составляет не хуже 0,17 Гц. Модернизация программного обеспечения позволила проводить расчеты мнимой части диэлектрической проницаемости с учетом значительного поглощения форменными элементами крови в 8-мм диапазоне радиоволн.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.

  1. Проведено усовершенствование волноводной части измерительно-регистрирующего комплекса с дополнительным введением циркуляторов для проведения исследований, связанных с поиском резонансных частот эритроцитов, плазмы крови, микроводорослей и других биообъектов.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.


2013

Аннотация выполнения годового плана по теме "МОДЕЛЬ-2"

Разработана новая модель, описывающая комплексообразование ДНК с различными по типу биологически активными соединениями в условиях конкурентного связывания для интерпретации данных микрокалориметрии. Для обработки данных спектрофотометрических измерений создан программный модуль расчета параметров гетероассоциации в системах лиганд1-лиганд2 с учетом самоассоциации каждого лиганда. Для оптимизационного поиска параметров гетероассоциации лигандов используются различные модификации генетического алгоритма.

Разработан оригинальный метод оценки влияния биологически активных соединений (БАС) на биополимеры. Метод основан на использовании анализа площадей, которые занимают текстуры на пленках, выращенных из растворов смесей биополимер-БАС; на наличии масштабно инвариантных фрактальных текстур на поверхности пленок и на оценках фрактальных размерностей текстур пленок биополимеров.

Впервые получены результаты по антиоксидантному действию лазерного терагерцового излучения при моделировании индуцированного гемолиза, вызванного гипотоническим раствором хлорида натрия. Установлена ​​возможность применения метода КВЧ-диэлектрометрии в экспресс-диагностике сенсибилизации организма к анестезирующим препаратам на примере исследования молекулярного действия местного анестетика артифрина на клеточные структуры эритроцитов.

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Получена система уравнений, описывающих взаимодействие двух лигандов с ДНК в условиях конкурентного связывания. В широком диапазоне соотношений концентраций лигандов и различных значениях параметров связывания построены теоретические зависимости изменения удельной теплоемкости комплексов ДНК-лиганд1-лиганд2 от температуры и рассчитаны термодинамические параметры плавления.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., м.н.с. Хребтова А. С., асп. Фомин А.В.

  1. Для обработки данных спектрофотометрических измерений создан программный модуль расчета параметров гетероассоциации в системах лиганд1-лиганд2 с учетом самоассоциации каждого лиганда. Проведено тестирование различных модификаций генетического алгоритма для оптимизационного поиска параметров гетероассоциации лигандов.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Кулишенко С.Ф., асп. Фомин А.В.

  1. Методом дифференциальной сканирующей калориметрии проведены экспериментальные исследования систем бромистый этидий - ДНК и бромистый этидий - флавинмононуклеотид - ДНК. Показано, что в растворах с низкой ионной силой добавление флавинмононуклеотида приводит к увеличению температуры и энтальпии плавления ДНК в тройной системе по сравнению с двойной системой.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г., с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., м.н.с. Хребтова А.С.

  1. Методом ИК спектроскопии в области поглощения карбонильных колебаний проведено исследование самоассоциации флавинмононуклеотида в растворах и в пленках, выращенных из нейтральных (рН=7,0) и слабокислых (рН=6,2) растворов. В нейтральных растворах определены спектральные параметры карбонильных колебаний: абсолютные интенсивности, дипольные моменты и др. В ИК спектрах поглощения пленок, выращенных из слабокислых растворов флавинмононуклеотида, впервые обнаружена новая высокочастотная полоса карбонильного колебания С4=О у 1729 см-1. В рамках молекулярной теории экситонов в диполь-дипольном приближении объяснено происхождение этой полосы и построена n-мерная модель самоассоциации флавинмононуклеотида.

Исполнители - с.н.с. Семенов М.А., м.н.с. Близнюк Ю.Н., асп. Глибицкий Д.М., инж. Минакова Е.А.

  1. Методом дифференциальной КВЧ диэлектрометрии изучены диэлектрические параметры в мм диапазоне (λ = 7,6 мм) водных растворов сывороточного альбумина быка (САБ) и его комплекса с хлорофиллином. На основе полученных данных и модельных представлений рассчитаны степени гидратации белка и его комплекса с лигандом. Установлено, что процесс формирования комплекса сопровождается уменьшением количества связанной воды в системе САБ-хлорофиллин.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Малеев В.Я., н.с. Хорунжая О.В., асп. Песина Д.А.

  1. Выполнены расчеты электростатического потенциала фрагментов свободной ДНК из структурных баз данных. Зафиксировано зависимость распределения электростатического потенциала малого желобка двойной спирали от последовательности нуклеотидов и типа соседних нуклеотидов в последовательностях.

Исполнители - м.н.с. Житникова М.Ю., с.н.с. Шестопалова А.В.

  1. Разработан оригинальный метод оценки влияния биологически активных соединений (БАС) на биополимеры. Метод основан на использовании анализа площадей, которые занимают текстуры на пленках, выращенных из растворов смесей биополимер-БАС; на наличии масштабно инвариантных фрактальных текстур (МИФТ) на поверхности пленок и на оценках фрактальных размерностей текстур пленок биополимеров. Показано, что текстуры пленок, полученных из растворов, содержащих ионы натрия, калия и рубидия, формируют МИФТ на поверхности, а текстуры пленок, полученных из растворов, содержащих мутагенные ионы цинка, меди и серебра соответствующих концентраций, не формируют МИФТ. Подана заявка на выдачу патента «Способ определения влияния вещества на биополимеры».

Исполнители - c.н.с. Глибицкий Г.М., м.н.с. Глибицкий Д.М., с.н.с. Семенов М.А., с.н.с. Гасан А.И.

  1. Впервые получены результаты по антиоксидантному действию лазерного терагерцового излучения при моделировании индуцированного гемолиза, вызванного 0,45% гипотоническим раствором хлорида натрия.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.

  1. Результаты исследования молекулярного действия местного анестетика артифрина на клеточные структуры эритроцитов с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии показали возможность применения его в экспресс-диагностике сенсибилизации организма к анестезирующим препаратам.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.


2014

Аннотация выполнения годового плана по теме "МОДЕЛЬ-2"

Проведены спектрофотометрические температурные исследования влияния кофеина, хлорофиллина, флавинмононуклеотида на взаимодействие в системах ДНК-бромистый этидий и ДНК-профлавин. Показано, что кофеин проявляет как протекторные, так и интерцепторные свойства при высоких относительных концентрациях (концентрация кофеина должна быть в 104 раз больше, чем концентрация биологически активных лигандов). Хлорофиллин является мощным интерцептором - уменьшает концентрацию профлавина или бромистого этидия, образуя устойчивые гетерокомплексы с ними. Флавинмононуклеотид не проявляет конкурирующего действия.

На основании результатов анализа формирования фрактальных текстур на поверхности пленок, полученных из растворов биополимеров в присутствии различных ионов, предложена новая методика анализа влияния биологически активных веществ на биополимер.

Для установления влияния конформационных изменений сахарофосфатного остова ДНК на электростатический потенциал малой бороздки выполнены расчеты его значений на основании решения нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана (программный пакет DelPhi). Показано, что электростатические свойства свободной ДНК зависят от типа оснований (сиквенс-специфичные) и от конформации сахарофосфатного остова. Такие структурные отличия и связанные с ними изменения физических свойств двойной спирали могут объяснять механизмы косвенного узнавания ДНК путем изменения родства белков в определенных последовательностях ДНК.

Проведена модернизация аппаратурно-регистрирующего комплекса, в состав которого входит КВЧ-диелектрометр, волноводные и генерирующие цепи и программное обеспечение. Это ПО позволяет с помощью компьютера регистрировать электромагнитный отзыв биологических объектов, используя быстрое Фурье преобразование. С использованием модернизированного комплекса проведено измерение диэлектрической проницаемости эритроцитов параллельно с измерением скорости оседания эритроцитов в присутствии анестетиков (артифрин, септонест и ультракаин). Высокий коэффициент корреляции (r=0,917) результатов по двум методикам свидетельствует о возможности применения метода КВЧ-диэлектрометрии для диагностики ограниченной склеродермии в клинических условиях и об информативности КВЧ-диэлектрометрии для оценки сенсибилизации эритроцитов к анастетикам нового поколения. Измерения на клетках крови и плазме крови проведены в лицензированном институте ГУ «Институт дерматологии и венерологии» АМН Украины.

Все полученные результаты не имеют научных аналогов в Украине и в мире.

  1. Методом спектрофотометрии проведены температурные исследования связывания в системах ДНК-бромистый этидий, ДНК-профлавин в присутствии конкурирующих лигандов (флавинмононуклеотида, хлорофиллина, кофеина). Обнаружено, что кофеин проявляет как протекторные, так и интерцепторные свойства при высоких относительных концентрациях (концентрация кофеина должна быть в 104 раз больше, чем концентрация биологически активных лигандов). Хлорофиллин проявляет высокие интерцепторные свойства - образует устойчивые гетерокомплексы с лигандами, уменьшая их концентрацию в комплексах с ДНК. Флавинмононуклеотид не проявляет конкурирующего действия. Спектрофотометрические исследования системы профлавин-хлорофиллин показали, что величина константы гетероассоциации практически не зависит от температуры, то есть энтальпия процесса равна нулю.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г, с.н.с. Духопельников Е.В., н.с. Гладковская Н.А., асп. Фомин А.В.

  1. Разработана модель для построения теоретических кривых теплопоглощения систем ДНК-лиганд для трех случаев мультимодального связывания. Проанализированы вид кривых теплопоглощения, изотерм связывания и изменение концентраций различных комплексов, образующихся в зависимости от типа мультимодального связывания.

Исполнители - с.н.с. Березняк Е.Г, с.н.с. Духопельников Е.В., м.н.с. Хребтова А.С., м.н.с. Кулишенко С.Ф.

  1. Методом пьезогравиметрии получены изотермы гидратации пленок флавинмононуклеотида (FMN), выращенных из нейтральных (рН=7,0) и слабокислых (рН=6,2) растворов. Показано, что уровень сорбции воды на пленке из нейтрального раствора выше (на ~ 30%) уровня сорбции на пленке из слабокислого раствора. Сделано предположение, что самоассоциация изоаллоксазинових колец FMN уменьшает доступ молекул воды к центрам гидратации FMN. ИК-спектроскопическое исследование пленок FMN позволило установить, что полосы поглощения внутрикольцевых колебаний с участием атомов N5 и N1 испытывают частотные сдвиги при изменении кислотности раствора, из которого выращивается пленка, от нейтрального (рН = 7,0) до слабокислого (рН = 6,2) значений. Но в серии экспериментов, выполненных в растворах с D2O, таких эффектов не выявлено.

Исполнители - с.н.с. Семенов М.А., м.н.с. Близнюк Ю.Н., асп. Глибицкий Д.М., инж. Минакова Е.А.

  1. Выполнен анализ измерений диэлектрической проницаемости растворов комплексов ДНК и сывороточного альбумина быка и человека с хлорофиллином, проведенных методом дифференциальной КВЧ диэлектрометрии. Обнаружена зависимость изменения гидратации от наличия жирных кислот, связанных с белком, при комплексообразовании в системах белок-хлорофиллин.

Исполнители - с.н.с. Кашпур В.А., с.н.с. Малеев В.Я., н.с. Хорунжая О.В., м.н.с. Песина Д.А.

  1. Для установления влияния конформационных изменений сахарофосфатного остова ДНК на электростатический потенциал малой бороздки выполнены расчеты его значений на основании решения нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана (программный пакет DelPhi). Показано, что электростатические свойства свободной ДНК зависят как от типа оснований (сиквенс-специфичные), так и от конформации сахарофосфатного остова (угла γ и конформации дезоксирибозы). Также было обнаружено, что одинаковые последовательности ДНК могут иметь разный электростатический потенциал, и, наоборот, различные последовательности ДНК имеют подобные конформации с одинаковым распределением электростатического потенциала в малой бороздке. Такие структурные отличия и связанные с ними изменения физических свойств двойной спирали могут объяснять механизмы косвенного узнавания ДНК путем изменения сродства белков в определенных последовательностях ДНК.

Исполнители - м.н.с. Житникова М.Ю., с.н.с. Шестопалова А.В.

  1. Проведено исследование влияния ионов железа на формирование текстур на поверхности пленок, полученных из растворов бычьего сывороточного альбумина (БСА). Показано, что на поверхности пленок БСА формируются фрактальные текстуры типа «зигзаг». Уменьшение удельной длины фрактальных текстур коррелирует с повышением концентрации ионов железа в растворе с БСА. Проанализирована зависимость в изменениях УФ и фотолюминесцентных спектров растворов БСА от концентрации ионов железа, фтора, брома и хлора. Показано, что различия в текстурах пленок является результатом различного типа взаимодействия анионов фтора, брома и хлора с БСА. На основании полученных результатов предложена новая методика анализа влияния биологически активных веществ на биополимер.

Исполнители - c.н.с. Глибицкий Г.М., м.н.с. Глибицкий Д.М., с.н.с. Семенов М.А., с.н.с. Гасан А.И.

  1. Проведена модернизация аппаратурно-регистрирующего комплекса, в состав которого входит КВЧ-диелектрометр, волноводные и генерирующая цепи, а также ПК с программным обеспечением. Это ПО позволяет регистрировать электромагнитный отклик биологических объектов с применением программы быстрого Фурье преобразования. Модернизация аппаратурно-регистрирующего комплекса проведена с помощью специально сконструированного и изготовленного волноводного фильтра для ввода терагерцового излучения в измерительную кювету при проведении экспериментов на биологических объектах. Разработаны и изготовлены элементы измерительных кювет для работы в сильных магнитных полях. Модернизировано программу обработки и анализа амплитудного формата первичного массива данных при различных разрешениях регистрационных файлов. Аппаратурно-регистрирующий комплекс не имеет аналогов.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.

  1. Проведены исследования гидратации и поверхностного натяжения плазмы крови больных ограниченной склеродермией в КВЧ-диапазоне радиоволн (f = 35,6 ¸ 37,7 ГГц) в области дисперсии диэлектрической проницаемости свободной воды. Рассчитан индекс реакции в отношении присутствия аутоантител к ДНК с помощью иммуноферментной тест-системы «Антитела к ДНК - ИФА». Анализ параметра реальной части комплексной диэлектрической проницаемости (e¢) показал уменьшение гидратации в образцах плазмы крови с более выраженным индексом реакции ДНКнативная. Проведены измерения диэлектрической проницаемости эритроцитов параллельно с измерением скорости оседания эритроцитов в присутствии анестетиков (артифрин, септонест и ультракаин). Высокий коэффициент корреляции (r=0,917) результатов по двум методикам свидетельствует о возможности адаптации метода КВЧ-диэлектрометрии для диагностики ограниченной склеродермии на плазме крови в клинических условиях и об информативности КВЧ-диэлектрометрии для оценки сенсибилизации эритроцитов к анастетикам нового поколения. Измерения на клетках крови и плазме крови проведены в лицензированном институте ГУ «Институт дерматологии и венерологии» АМН Украины.

Исполнители - с.н.с. Колесников В.Г., н.с. Хмель Н.В.

Основные публикации

За все время существования отдела опубликовано (в том числе, направлено в печать) более 740 научных работ, в том числе 301 статья, 7 монографий и разделов в монографиях. Получено 4 патента.

Основные публикации:
  1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // Int.J.Qunt.Chem. – 2010. - 110, №1. - Р.230-232.
  2. Sukhanov S. et al. Structure and hydrogen bonding in polyhydrated complexes of guanine // Structural Chemistry. – 2008. – 19, N 1. – P. 171-180.
  3. Березняк Е. Г. и др. Взаимодействие производного актиноцина с различными структурами poly(rC) // Биофизика. – 2007. – 52,  N – С. 812-821.
  4. Шестопалова А. В. Связывание производного актиноцина c фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло // Биополимеры и клетка. – 2007. – 23, N – С.35-44.
  5. Shestopalova A.V. The investigation of the association of caffeine and actinocin derivatives in aqueous solution: A molecular dynamics simulation // J. Mol. – 2006. – 27, N1-3. – P.113-117.
  6. Miroshnychenko K. V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation – 2005. - 31, N. 8. - P. 567–574.
  7. Круглова Е.Б., Больбух Т.В., Гладковская Н.А., Близнюк Ю.Н. Связывание антибиотиков актиноцинового ряда с матрицей полифосфата // Биополимеры и клетка. – –  21, №4. – С.358-364.
  8. Круглова Е.Б., Гладковская Н.А., Малеев В.Я. Использование метода спектрофотометрического анализа для вычисления термодинамических параметров связывания в системах актиноциновые производные – ДНК // Биофизика. – 2005. – 50, № 2. – С. 253-264.
  9. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Спектрофотометрическое исследование связывания берберина и амитозина с тимусной ДНК в присутствии этидиум бромида // Украинский биохимический журнал. – 2005. – Т. 77. – № 4. – С. 74-80.
  10. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation. – 2005. – 31, N 8. – P. 567–574
  11. Sukhodub L.F., Moska C., Sukhodub L.B., Sulkio-Cleff B., Maleev V.Ya., Semenov M.A., Bereznyak E.G., Bolbukh T.V. Collagen-hydroxyapatite-water interactions investigated by XRD, piezogravimetry, infra-red and Raman spectroscopy // Mol. Structure. – 2004. – 704. – Р.53-58.
  12. Veselkov A. N., Maleev V. Ya. , Glibin E. N., Karawajew L., Davies D. B. Structure–activity relation for synthetic phenoxazone drugs. Evidence for a direct correlation between DNA binding and pro-apoptotic activity // Eur. J. Biochem. – 2003. – 270. – P. 4200–4207.
  13. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B., Bolbukh T.V, Gasan A.I., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V. Spectroscopic and calorimetric study of DNA interaction with a new series of actinocin derivatives // J. Mol. Structure. – 2003. – 645. – Р.145-158.
  14. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B. A spectroscopic and calorimetric study of DNA complexation with a new series of actinocin derivatives (ActII-ActV). В книге: Anti-cancer drug design: biological and biophysical aspects of synthetic phenoxazone derivatives. Editors: A.N.Veselkov, D.D.Davis; SEVNTU press, Sevastopol. – 2002, Р. 47-125.
  15. Анищенко Д.Б., Березняк Е.Г., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. Физические механизмы взаимодействия производных актиноцина с ДНК. 8. Моделирование структуры и гидратации производных актиноцина с различной длиной аминоалкильных цепочек // Вісник Харківського університету №568, Біофізичний вісник. – 2002. – Вып.2 (11). – С.25-29.
  16. Maleev V., Semenov M., Kashpur V., Bolbukh T., Shestopalova A., Anishchenko D. Structure and hydration of polycytidylic acid from the data of infrared spectroscopy, EHF dielectrometry and computer modeling // J. Mol.Structure. – 2002. – 605, N1. – Р.51-61.
  17. Virnik K.M., Gasan A.I., Maleev V.Ia.,Shestopalova A.V. Energetics of hydration of nucleic acids with various nucleotide composition // Biofizika. – 2002. – 47, №3. – Р.420-426.
  18. Shestopalova A.V. Hydration of nucleic acids components in dependence of nucleotide composition and relative humidity: a Monte Carlo simulation // The European Physical Journal D. – 2002. – 20. – Р.331-337.
  19. Glibitskij G.M. Electrodynamic model of measurement in dielectrometer cell // Journal of Physics D: Applied physics. – 2001. – 34, N 1. – P.327 -327.
  20. Karawajew L., Glibin E.N., Maleev V.Ya., Czerwony G., Droken B., Davies D.B., Veselkov A.N. Role of crown-like side chains in the biological activity of substituted-phenoxazone drugs // Anti-Cancer Drug Design. – 2000. – 15. – P. 331-338.
  21. Tolstorukov M.Ye., Maleev V.Ya. Conformational Transitions of DNA induced by changing water content of the samples: a theoretical study // J. Biomol. Struct. Dyn. – 2000. – 17, N5. – Р.913-920.
  22. SemenovA., Bereznyak E.G. Hydration and stability of nucleic acids in the condensed state - J. Comments on Mol. Cell. Biophys. – 2000. – 1, N1. – Р.1-23.
  23. Kashpur V.A., Semenov M.A., Sagajdakova N.N. Relaxation and spectroscopic manifestations of hydration of poly(rC) // Вісник ХДУ. – № 466, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип. - С. 29-33.
  24. Круглова Е.Б., Довбешко Г.И., Красницкая А.А., Карпенко И.А., Алесина М.Ю. Исследование структурных повреждений в молекулах ДНК из гамма-облученных крыс // Вісник ХДУ. – № 450, Біофізичний вісник. – 1999. – Вип.4. – С.92-95.
  25. Вирник К.М., Толсторуков М.Е. Расчеты фрактальных размерностей для различных конформаций ДНК // Вестн.проблем биол. и мед. – 1998. - №2. - С.5-16.
  26. Вирник К.М., Корзовская О.В., Лисецкий Л.Н. Термогравиметрический анализ связанных состояний воды в гидратированных системах на основе фосфолипидов и ДНК // Укр.биохим. журнал. – 1998. - № 5б. - С. 534-539.
  27. Tolstorukov M.Ye., Virnik K.M. Mathematic Model of Nucleic Acids Conformational Transitions with Hysteresis over Hydration-Dehydration Cycle. Lectures Notes in Computational Sciences and Engineering. V.4., Computational Molecular Dynamics: Challenges, Methods, Ideas. Berlin, Heidelberg, Springer-Verlag, 1998,p.116-128.
  28. Толсторуков М.Е., Гасан.А.И, Гаташ С.В., Малеев В.Я. Молекулярные механизмы сорбционного гистерезиса в системе ДНК-вода // Биофизика. – 1997. - 42,№4. - С.844-854
  29. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Влияние воды на структурные переходы и стабильность ДНК из perfringes // Биофизика. – 1997. - 42, №3. - С.591-598.
  30. Semenov M.A., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. Infrared study of the influence of water on DNA stability in the dependence on AT/GC composition // Journal of Mol. Struct. – 1997. – 408/409. – Р.213-217.
  31. Кашпур В.А., Дубовицкая О.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. КВЧ-диэлектрический метод исследования -облученной ДНК // Радиофизика и электроника. – 1997. - 2, №2. - С.153-156.
  32. Семенов М.А., Больбух Т.В., Гасан А.И., Малеев В.Я. Гидратация и структурные переходы ДНК из lysodeikticus в пленках // Биофизика. – 1996. - 41, №5. - С.1007-1015.
  33. Круглова Е.Б., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Спектрофотометрия комплексов нуклеиновых кислот с красителем пиронином G в качестве теста радиационных повреждений ДНК // Молекул. биология. – 1995. – 29, №1. – С. 125-134.
  34. Гасан А.И., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Термические перестройки и гидратация сывороточного альбумина // Биофизика. – 1994. – 39, № 4. – С.588-593.
  35. Семенов М.А., Больбух Т.В., Красницкая А.А., Малеев В.Я. Гидратация и структурное состояние ДНК из печени крыс, облученных в зоне Чернобыльской АЭС // Радиационная биология. Радиоэкология. – 1994. – 34, № 3. – С.328-335.
  36. Больбух Т.В., Корнилова С.В., Капийнос Л.Е., Томкова А., Мишковский П., Благой Ю.П. Изучение методами ИК- и рамановской спектроскопии взаимодействия ДНК с ионами меди // Биофизика. – 1994. - 39,№3. - С.423-437.
  37. Семенов М.А., Больбух Т.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я., Мревлишвили Г.М. Гидратация и стабильность В-формы Li-ДНК // Биофизика. – 1994. - 39, №1. С.50-57.
  38. Гасан А.И., Красницкая А.А., Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Структурные изменения в ДНК, выделенной из печени крыс разного возраста, находившихся в зоне Чернобыльской АЭС // ДАН Украины. – 1993. – № 4. – С.149-153.
  39. Круглова Е.Б., Зиненко Т.Л. Экспериментальные и теоретические исследования образования комплексов ДНК с биологически активными лигандам, содержащими хромофорные группы, в зависимости от ионной силы раствора // Молекул.биология. – 1993. – 27, №3. – С.655-665.
  40. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В.А. Физические свойства системы ДНК-вода // Биофизика. – 1993. – 38. – С.768-790.
  41. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический анализ поведения растворов ДНК в воде и при низких ионных силах // Биополимеры и клетка. – 1992. - 8, № 1.- С.56-62.
  42. Семенов М.А., Малеев В.Я., Березняк Е.Г., Гасан А.И., Больбух Т.В. Гидратация и стабильность комплекса поли(рГ)-поли(рЦ) // Молекул. биология. – 1991. - 25, №6. – С.1626-1634.
  43. Веревкин А.Г., Березняк Е.Г., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое изучение влияния низких температур на структуру и гидратацию ДНК // Проблемы криобиологии. – 1991. - №4. - С.5-10.
  44. Starikov E.B., Semenov M.A., Maleev V.Ya., Gasan A.I. Evidental study of correlated events in biochemistry: physico-chemical mechanisms of nucleic acids hydration as revealed by factor analysis // Biopolymers. – 1991. – 31, №1. – Р.255-273.
  45. Малеев В.Я., Семенов М.А., Гасан А.И. Энергетические аспекты гидратации ДНК. // В книге "Равновесная динамика структуры биополимеров." - М., Наука, 1990
  46. GasanI., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136. – Р.171-178.
  47. Перский Е.Э., Гимпилевич Б.Г., Гасан А.И., Никитина Н.А., Утевская Л.А. Термостабильность коллагенов типа I и II // ДАН УССР. – 1990. – сер.Б. – С.72-78.
  48. Круглова Е.Б. Спектрофотометрический метод определения параметров кооперативного связывания в системах полинуклеотид-лиганд // Молекул.биология . – 1990. – 24. – с.514.
  49. Gasan A.I., Maleev V.Ya., Semenov M.A. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen // Studia biophysica. – 1990. – 136, № 1. – Р.171-178.
  50. Shestopalova A.V. Interaction of caffeine molecular associates with water: theory and experiment // Croatica Chem.Acta. – 1989. - 62, N4. - Р.825-834.
  51. Danilov V.I., Shestopalova A.V. Hydrophobic effect in biological associates: a Monte Carlo simulation of caffeine molecules stacking // Int. Journ. Quant. Chem. 1989. – XXXV, N1. - Р.103-112.
  52. Гасан А.И., Перский Е.Э., Малеев В.Я., Утевская Л.А. Зависимость термодинамических и механических свойств коллагена крыс от возраста // Биофизика. – 1988. – 33, № 4. – С.772-780.
  53. Стариков Е.Б., Семенов М.А. ИК-спектроскопическое и квантово-химическое изучение гидратации динатриевой соли цитидин-5-монофосфат // Ж.физ.химии. – 1988. – 42, №6. – С2120-2131.
  54. Semenov M., Starikov E.B., Bolbukh T.V. Hydration isotherms and structural state of nucleotides and polynucleotides // Studia biophysica. – 1988. – 123, N 4. – P.217-229.
  55. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование комплексообразования бромистого этидия с ДНК во влажных пленках методом ИК-спектроскопии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 3. – С.234-243.
  56. Семенов М.А., Кашпур В.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации компонентов нуклеиновых кислот методами ИК-спектроскопии и СВЧ диэлектрометрии // Биополимеры и клетка. – 1987. – 3, № 1. – С.18-27.
  57. Maleev V.Ya., Kashpur V.A., Glibitsky G.M., et al. Does DNA absorb microwave energy? // Biopolymers. – 1987. – 26. – P.1965-1970.
  58. Семенов М.А., Малеев В.Я. Энергетика гидратации ДНК // Биофизика. – 1986. – 31. – С. 764-771.
  59. Семенов М.А., Больбух Т.В., Малеев В.Я. Исследование гидратации двуспирального комплекса полиА-полиУ методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. – 1985. – 30, №4. – С.571-579.
  60. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изотермы гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1085. – 30, №3. – С.409-417.
  61. Шестопалова А.В., Данилов В.И., Малеев В.Я. Природа стекинга молекул кофеина в воде: изучение методом Монте Карло // Докл. АН СССР. – 1985. – 282. – С.1000-1003.
  62. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Влияние концентрации и температуры на взаимодействие пиронина G с полинуклеотидами // Молекул. биология. – 1985. – 19. – С.566-570.
  63. Bolbukh T.V., Starikov E.B., Semenov M. The hydration of double-helical poly(rA) films studied by IR-spectroscopy and piezomicrobalance // Studia biophysica. – 1985. – 108, N 1. – P.199-209.
  64. Semenov M.A., Bolbukh T.V., Starikov E.B. Infrared-spectroscopic study of the hydration of polyadenilic acid potassium solt films // Studia biophysica. – 1985. – 106, N – P.181-192.
  65. Semenov M.A., Bolbukh T.V. Carbonil vibration resonance interactions of helical polynucleotides Poly(dA)Poly(dT) and PolyG-PolyC // Studia biophysica. – 1984. – 102, №3. – P.215-220.
  66. Семенов М.А., Больбух Т.В. Исследование конформационнозависимых изотерм гидратации ДНК // Биофизика. – 1984. – 29, №3. – С.37-42.
  67. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение макромолекул биополимеров по данным СВЧ-диэлектрометрии // Биофизика. – 1984. – 29, № 6. – С.690-691.
  68. Щеголева Т.Ю. Гидратация – параметр для определения сортовых отличий зерен пшеницы // Биофизика. – 1984. – 28, № 4. – С.690-691.
  69. Шестопалова А.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Гидратация кофеина в растворах по данным СВЧ-диэлектрометрии // ДАН УССР. – 1984. - Серия «Б», №7. - С.79-82.
  70. Малеев В.Я. О применимости термодинамического анализа тепловой денатурации сложных белков на основе уравнения Вант-Гоффа // Биофизика. – 1984. – 29, № 1. – С.45-48.
  71. Щеголева Т.Ю. Гидратное окружение белка по данным пространственной структуры // Биофизика. – 1983. – 28, №6. – С.937-943.
  72. Малеев В.Я., Кашпур В.А. Взаимодействие миллиметровых волн с водными растворами нуклеиновых кислот и их компонентов. В кн. «Эффекты нетеплового воздействия миллиметрового излучения на биологические объекты», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1983, С.163-171.
  73. Semenov M., Bolbukh T.V. Investigation of conformation-depending hydration isotherms for DNA // Studia biophysica. – 1982. – 87, №2/3. – P.227-228.
  74. Круглова Е.Б., Малеев В.Я. Спектроскопическое проявление взаимодействия пиронин G – полинуклеотид // Молекул. биология. – 1982. – 16. – С.865-870.
  75. Малеев В.Я., Кашпур В.А., Щеголева Т.Ю. Диэлектросметрия в миллиметровом диапазоне длин волн как метод исследования взаимодействия биополимеров с водой. В кн. «Нетепловые эффекты миллиметрового излучения», под ред. Девяткова Н.Д. – М., 1981, С.26-41.
  76. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я. Гидратируются ли азотистые основания при низкой влажности? // Биофизика. – 1981. – 26. – С.979-984.
  77. Sukhorukov B.I., Semenov M.A., Shabarchina L.I., Maleev V.Ya. IR-spectroscopic study of structural transitions of hydrated shell sugar-phosphate chain and nucleic bases of DNA hydrate // Studia biophysica. – 1980.- 79, N1. – P.75-79.
  78. Сухоруков Б.И., Семенов М.А., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование структурных превращений сахаро-фосфатной цепи и азотистых оснований гидрата ДНК методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. - 24, № 4. – С.611-619.
  79. Семенов М.А., Сухоруков Б.И., Малеев В.Я., Шабарчина Л.И. Исследование температурной аномалии воды, сорбированной на ДНК, методом ИК-спектроскопии // Биофизика. – 1979. - 24, № 2. – С.210-216.
  80. Семенов М.А., Малеев В.Я., Сухоруков Б.И. Исследование стабильности гидрата ДНК методом термогравиметрии // Биофизика. – 1978. – 23, № 6. – С.1097-1098.
  81. Гасан А.И., Малеев В.Я. Деспирализация ДНк под влиянием персульфата калия // ДАН УССР. – 1977. - Серия «Б», №6. - С.536-539.
  82. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации глобулярных белков дифференциальным диэлактрическим методом // Молек. биология. – 1976. – 10. – С.568-575.
  83. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Shchegoleva T.Yu. // Variation of hydration with pH for serum albumin // Studia biophysica. – 1975. – 48b,N – P.97-108.
  84. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Диэлектрические измерения гидратации глобулярных белков // ДАН УССР. – 1975. - Серия Б, № 2. - С.150-153.
  85. Больбух Т.В., Семенов М.А. Изучение изотерм гидратации полинуклеотидов // Биофизика. – 1975. – 30, №2. – С.409-413.
  86. Блок Л.Н., Красницкая А.А., Анохина Г.А., Никитин В.Н. Синтез белка в бесклеточной системе микросомами и рибосомами печени крыс разного возраста // Докл. АН СССР. – 1974. – 217, № 3. – С.726-729.
  87. Maleev V.Ya., Gasan A.I. A statistical-mechanical study ofhelix-coil transition in concentrated solutions of polypeptides and proteins // Biopolymers. – 1974. – 13. – P.2409-2422.
  88. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Щеголева Т.Ю. Исследование гидратации сывороточного альбумина при конформационном N-F – переходе методом СВЧ-диэлектрометрии // Докл. АН СССР. – 1974. – 215. – С.218-220.
  89. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
  90. Кашпур В.А., Малеев В.Я. Дифференциальный метод измерения в миллиметровом диапазоне длин волн диэлектрометрической проницаемости растворов с большими потерями // Приборы и техника эксперимента. – 1973. – № 3. – С.140-142.
  91. Малеев В.Я., Гасан А.И. Концентрационные эффекты при тепловой денатурации веществ белковой природы // Докл. АН СССР. – 1973. – 209. – С.969-972.
  92. Maleev V.Ya. Concentration effects at conformational transitions in biopolymers // Studia biophysica. – 1973. – 40b. – P.189-196.
  93. Семенов М.А., Малеев В.Я. Изучение ИК методом термоустойчивости альбумина при различной степени его ионизации // ДАН УССР. – 1972. - Серия Б, №12. - С.1095-1097.
  94. Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование температурно-концентрационной устойчивости белковых молекул в растворах // Докл. АН СССР. – 1971. – 200, № 3. – С.716-718.
  95. Гасан А.И., Малеев В.Я. Калориметрические исследования концентрированных растворов белка // ДАН УССР. – 1971. - Серия Б, №3. - С.241-243.
  96. Семенов М.А., Гасан А.И., Малеев В.Я. Исследование процесса термического разрушения фага Т2 и его компонентов методами ИК спектроскопии и адиабатической калориметрии // Докл. АН СССР. – 1971. – 198. – С.1449-1451.
  97. Малеев В.Я., Семенов М.А. Гиперхромизм нуклеиновых кислот в инфракрасной области // Биофизика. – 1971. – 16, № 2. – С.389-397.
  98. Малеев В.Я., Семенов М.А., Блок Л.Н. Продольный гиперхромный эффект в полинуклеотидах в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. - Серия Б, №5. - С.448-451.
  99. Малеев В.Я., Семенов М.А. Температурные разностные спектры растоворов ДНК в инфракрасной области // ДАН УССР. – 1970. - Серия Б, №1. - С.73-77.
  100. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Спектры поглощения кристаллов азотистых оснований в дальней инфракрасной области // Оптика и спектроскопия. – 1969. – 26, № 1. – С.95-100.
  101. Малеев В.Я., Станевич А.Е. Длинноволновые инфракрасные спектры поглощения кристаллов нуклеозидов // Оптика и спектроскопия. – 1968. – 25, № 1. – С.72-76.
  102. Малеев В.Я. О возможности определения нуклеотидной последовательности по спектрам крутильных колебаний оснований // Биофизика. – 1966. – 11, № 3. – С.561-564.
  103. Малеев В.Я. Крутильные колебания оснований в нуклеиновой кислоте // Биофизика. – 1965. – 10, № 4. – С.729-734.
  104. Малеев В.Я., Тодоров И.Н. О принципиальной возможности определения последовательности нуклеотидов в полинуклеотиде по его колебательному спектру // Биофизика. – 1965. – 10, № 1. – С.221-225.
  105. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem– 2010. - 110, №1. - Р.161-176.
  106. Fleury V., Al-Kilan A., Boryskina O.P. et al. Introducing the scanning air puff tonometer for biological studies // Phys Rev E. – 2010 - 81(2 Pt 1):021920.
  107. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Полиморфизм ДНК и белково-нуклеиновое узнавание // Биополимеры и клетка. - 201 - № 5, Т.26. - С.360-372.
  108. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК-лиганд по данным диэлектрометрии // ДАНУ. – 2010. – 10. - C.170-175.
  109. Кондакова Г. К., Семко Г.О., Древаль Н.В., Колесніков В.Г., Каменєв Ю.Ю. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro // Дерматология и венерология.- 2010.- №4 (50).- С. 33-37.
  110. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Khorunzhaya O.V. Application of differential EHF dielectrometry in molecular biophysics // Telecommunications and Radio Engineering. – 2010. – V.69. – n.16. – P. 1473-1489.
  111. Beshnova D.A., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice // – 2011. – V.95. – N.3. – P.208-216.
  112. Fleury V., Boryskina O.P., Al-Kilani A. Hyperbolic symmetry breaking and its role in the establishment of the body plan of vertebrates / C. R. Biol. – – V.334.– N.7. – P. 505-515.
  113. Iermak Ie. Light-absorption spectroscopy of mutagen - DNA complex: binding model selection and binding parameters calculation / Iermak Ie. // J. Applied Electromagnetism. – 2011. - V.13, N 3. - P. 15-22.
  114. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Исследование термической устойчивости нуклеиновых кислот и их структурных компонентов // Биофизика. – 2011. – Т.56, № 3. – С.403-409.
  115. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Комплексы белки-ДНК: специфичность и механизмы узнавания // Биополимеры и клетка. - 201 - № 1, Т.27. - С.3-16.
  116. Древаль Н.В., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Теличко Т.В. Исследование поверхностного натяжения плазмы крови больных дерматозами с помощью акусто-диэлектрического метода // Дерматология и венерология.- 2011.- № 4.- С. 47-51
  117. Глибицкий Г.М., Джелали В.В., Зегря Г.Г., Рошаль А.Д., Мартинов А.В. Исследование межфазных границ, содержащих адсорбированные наночастицы Ag@N и нанокластеры Ag@NДНКN // Вопросы химии и хим. технологии. – 2011. - №4. - С. 162-164.
  118. Semenov M.A., Blyzniuk Iu.N., Bolbukh T.V., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P., Maleev V.Ya. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules probed by the methods of vibrational spectroscopy // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. – – 95, N1. - P. 224–229.
  119. Glibitskiy G. M. et al. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles // Ukr. Phys. J. – 2012. – 57, N7. – P.695-699.
  120. Dukhopelnikov E. V., Bereznyak E. G., Khrebtova A. S., Lantushenko A. O., Zinchenko A. V. Determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimensional DSC curves // J. Therm. Anal. Calorim. - 2013. - 111, N3. - P. 1817–1827.
  121. Glibitskiy G. M., Perepelytsya S.M., Volkov S.N. Texture formation in DNA films with alkali metal chlorides // Biopolymers. - 2013. - 99, N - P.508-516.
  122. Ponomarenko A.M., Kostina T.V., Blyzniuk I.M., Persky E.E., Semenov M.A. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress // European Researcher. – 2013. - 44, № 3-2. - P.666-672.
  123. Солошенко Э.Н., Кондакова А.К., Колесников В.Г., Хмель Н.В., Шевченко З.М., Ярмак Т.П. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61).– С. 32 – 37.
  124. Glibitskiy G. Fractal textures of bovine serum albumin films // Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  125. Pesina D. A., Kashpur V. A., Khorunzhaya O. V., Shestopalova A.  Hydration of complexes of chlorophyllin with human and bovine serum albumin investigated by differential EHF dielectrometry // Біофізичний Вісник (Вісник ХНУ) - Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  126. Zhitnikova M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V. Sequence-specific transitions of the torsion angle gamma change the polar-hydrophobic profile of the DNA grooves: implication for indirect protein-DNA recognition // Biomol. Struct. Dyn. - 2014. - V.32. – N 10. – pp. 1670-1685.
  127. Шестопалова А. В., Житникова М.Ю., Борискина Е.П. Полиморфизм ДНК и проблема белково-нуклеинового узнавания: монография. — LAP: Lambert Academic Publishing, Saarbrucken, Germany, 2014-03-25, 112 с., ISBN 978-3-659-30140-7.
  128. Малеев В. Я. Методы биофизических исследований: монография. — Х.: ХНУ им. В.Н. Каразина, Харьков, 2014. — 457 с., ISBN 978-966-285-102-1.
  129. Evstigneev M.P., Shestopalova A.V. Structure, Thermodynamics and Energetics of Drug-DNA Interactions: Computer Modeling and Experiment, pp.21-58, In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine; Series: Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, V. 17; Netherlands. Springer, Springer Science+Business Media Dordrecht, 2014, 550 p. ISBN: 978-94-017-9256-1.
  130. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Гладковская Н.А., Хребтова А.С.,Песина Д.А., Хорунжая О.В., Костюков В.В., Евстигнеев М.П. Термодинамика комплексообразования лигандов с нуклеиновыми кислотами в водном растворе: Монография. - М.: Вузовский учебник:  НИЦ ИНФРА-М, 2015. - 166 с. - (Научная книга). ISBN 978-5-9558-0417-0.

Патенты.

Наименование Издательство ФИО
1 Відкритий резонатор для вимірювання діелектричної проникності матеріалів Деклараційний патент на винахід №67978 А від 15.07.2004 р. И.К. Кузьмичов, Г.М. Глибицький, П.Н.Мележик.
2 Пристрій для визначення діелектричної проникності і тангенса кута втрат матеріалів Деклараційний патент на корисну модель №5629 U від 15.03.2005 р. Г.М. Глибицький, И.К. Кузьмичов.
3 Спосіб визначення впливу речовини на нуклеїнову кислоту Патент на корисну модель №26115 U від 10.09.2007 р. Г.М. Глибицький, А.А.Красницька.
4 Спосіб визначення впливу речовини на нуклеїнову кислоту Патент на винахід №86242 С2 від 10.04.2009 р. Г.М. Глибицький, А.А.Красницька.

Публикации

2005

Статьи
  1. Miroshnychenko K.V., A.V. Shestopalova. Flexible docking of DNA fragments and actinocin derivatives // Molecular Simulation. – 2005. – V. 31. – N. 8. – P. 567–574.
  2. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Спектрофотометрическое исследование связывания берберина и амитозина с тимусной ДНК в присутствии этидиум бромида // Украинский биохимический журнал. – 2005. – Т.77. – № 4. – С. 74-80.
  3. Е.Б. Круглова, Н.А. Гладковская, В.Я. Малеев Использование метода спектрофотометрического анализа для вычисления термодинамических параметров связывания в системах актиноциновые производные-ДНК // Биофизика. – 2005. – Т. 50 – Вып.2. – С. 253-264.
  4. Круглова Е.Б., Больбух Т.В., Гладковская Н.А., Близнюк Ю.Н. Связывание антибиотиков актиноцинового ряда с матрицей полифосфата // “Біополімери і клітина”. – – Т.21. – №4. – С.358-364.
  5. Мележик Е.П., Семенов М.А., Иванов А.Ю.. Исследование тонкой структуры полосы амид I ИК-Фурье спектра коллагена. // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1(15). – С. 62-67.
  6. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В., Круглова Е.Б., Семёнов М.А., Малеев В.Я. Исследование комплекса актиноцил-бис-(3-диметиламинопропил) амина ─ двуспиральная полирибоцитидиловая кислота по данным Раман спектроскопии и спектрофотометрии. Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник” . – 2005. –Вып.1(15). – С. 29-34.
  7. О.В.Хорунжая, В.А.Кашпур, А.А.Красницкая, В.Я.Малеев. Влияние гамма излучения на гидратацию и структуру комплекса ДНК – кофеин. Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – –Вып.1(15). – С.68-72.
  8. Шестопалова А.В., Мирошниченко Е.В. Компьютерное моделирование комплексообразования производной актиноцина и двуспиральной полирибоцитидиловой кислоты // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1(15). – С.57-62.
  9. Минакова Е.А., Будько Л.В., Близнюк Ю.Н., Круглова Е.Б. Изучение комплексообразования актиноциновых производных с ДНК методами спектрофотометрии и Раман спектроскопии. // “Вестник Сев. ГТУ”. Севастополь. – 2005. – 70 – C. 111-118.
  10. Малеев В.Я., Шестопалова А.В. Физические принципы молекулярной организации биополимеров // Радиофизика и электроника. – 2005. – Т.10, спец.впуск. – С. 677-699.
  11. Борискина Е.П., Больбух Т.В., Семенов М..А. Валентные колебания карбонильных групп в Раман спектрах коллагена и poly(Gly-Pro-Pro): расчет и эксперимент // Вісник ХНУ №716, “Біофізичний вісник”. –2005. –Вып. 2 (16). – С. 5-10.
  12. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Калориметрическое исследование термической устойчивости структурных элементов нуклеиновых кислот // Вісник ХНУ №665, “Біофізичний вісник”. – 2005. – Вып.1 (15). – С. 11-14.
Тезисы
  1. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Kruglova E.B. Raman spectroscopy and spectrophotometry investigation of actinocin derivatives interaction with polynucleotides. III International Conference “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”, May 27-31, 2005, Kyiv, Ukraine, p.184.
  2. Shestopalova A.V. The investigation of the molecular mechanisms of the association of actinocin derivative and caffeine in aqueous solution: the molecular dynamics simulation //III Int.Conf. “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”, May 27-31, 2005, Kyiv, Ukraine,р. 178.
  3. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Computer simulation of target-ligand interactions // 1st Int.Symp.Methods and Applications of Computational Chemistry, 30 June-1July 2005, Kharkov,Ukraine, Books of Abs., p.54.
  4. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Kruglova E.B. Conformational changes of actinocin derivatives by the Raman spectroscopy and pH-metry. XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, p.37.
  5. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Molecular dynamics simulation of single-stranded polyribocytidylic acid // XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, Book of Abs., p.208.
  6. Ermak E.L., Kruglova E.B. Spectrophotometric investigation of competitive binding of actinocine derivative ActII and 6-Azacytidine to DNA // Proc. Of the International School-Seminar Spectroscopy of Molecules and Crystals XVII ISSSMC. – Beregove, Ukraine. – 2005. – P.286.
  7. Kruglova E.B, Gladkovskaya N.А.The shift of the melting temperature of DNA-ligand complexes compared with melting temperature of “pure” DNA. XVII International School-Seminar” Spectroscopy of Molecules and Crystals” 20.09-26.09.2005, Beregove, Crimea, Ukraine, p.281.
  8. A. Gladkovskaya, E. B. Kruglova. The comparison of different calculation methods of the melting temperatures for DNA-ligand complexes. The International Biophysics Congress Montpellier, France 2005 IUPAB, 15th Congress and EBSA, 5th Congress.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Связывание актиноцинового производного ActII с ДНК в присутствии бромистого этидиума и Хоехста 33258 // актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики “Физика. Биофизика – 2005”. Севастополь, 4-9 апреля 2005 г., С. 62.
  10. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. конкурентное связывание актиноцинового производного ActIV этидиума бромида с ДНК // конференція молодих учених КМУ-ФНТ-2005. – Харків, Україна. – 2005. – С.35.
  11. Ermak E.L., Kruglova E.B. Investigation of competitive binding of biologically active ligands with calf thymus DNA in aqueous solution // 3rd International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2005. – P.191.
  12. Круглова Е.Б., Ермак Е.Л., Волощук Т.П., Потопальский А.И., Потопальская Ю.А. Исследование взаимодействия модифицированного тиотэфом алкалоида чистотела большого амитозина1 с тимусной ДНК в присутствии окрашенных биологически активных меток // Міжнародний форум “Основи молекулярно-генетичного оздоровлення людини і довкілля”. Київ, Україна. – 2005. – С.105-108.
  13. Минакова Е.А., Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Изучение взаимодействия актиноциновых производных с ДНК методами спектрофотометрии и Раман спектроскопии. Всеукраинская науч.-технич. Конф. Мол. Ученых “Актуальные вопросы теор. И прикладн. Физ. И биофиз.”, Севастополь, 2005, с. 46.
  14. Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Исследование взаимодействия актиноциновых производных с ДНК методом Раман спектроскопии. Конференція молодих вчених “Фізика Низьких Температур (КМУ-ФНТ-2005)”, Харків 2005, с 35.
  15. Близнюк Ю.Н. Исследование комплексообразования актиноциновых производных с разной длиной боковых цепочек с ДНК методами Раман спектроскопии и спектрофотометрии в УФ и видимой области. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с.46.
  16. Будько Л.В., Близнюк Ю.Н. Применение Раман спектроскопии для исследования комплексообразования этидиум бромида с ДНК. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 47.
  17. Е.П. Борискина. Исследование межпептидной водородной связи в коллагеновых структурах. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 55.
  18. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Новые аспекты взаимодействия бромистого этидиума с тимусной ДНК. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 48.
  19. Животова Е.Н., Духопельников Е.В. Исследование водных растворов оксиэтилированного глицерина (N=30) методами ДСК и ИК-спектроскопии. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 48.
  20. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Расчетное и экспериментальное сравнение комплексообразования с молекулами ДНК актиноциновых производных с различным строением боковых цепей. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 49.
  21. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Расчет точечных зарядов на атомах двухзарядного катиона производной актиноцина Аct3 // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 50.
  22. Хребтова А.С. Исследование плавления комплексов ДНК с производным актиноцина Аct3 при различных соотношениях концентраций ДНК-лиганд. // Тезисы докладов 5-й Харьковской конференции молодых ученых «Радиофизика и СВЧ Электроника», Харьков, 14-16 декабря 2005, с. 53.
Автореферат
  1. Духопельников Є.В. Молекулярні механізми взаємодії нових антибіотиків актиноцинового ряду з матрицями нуклеїнових кислот. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2004. – 17 с.


2006

Статьи
  1. Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование ассоциации кофеина и производных актиноцина в водных растворах // Биофизика, 2006, т.51, вып.3, с 389-401.
  2. Shestopalova A.V. The investigation of the association of caffeine and actinocin derivatives in aqueous solution: A molecular dynamics simulation // Journal of Molecular Liquids, 2006, v.127, N1-3, P.113-117.
  3. Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование гидратации фрагментов различных структурных форм полирибоадениловой кислоты // Біофізичний вісник. – 2006. - вип.1(17). - С.5-14.
  4. Шестопалова А.В., Больбух Т.В., Семенов М.А. Молекулярные механизмы взаимодействия кофеина с различными структурными формами полирибоадениловой кислоты: эксперимент и компьютерное моделирование // Біофізичний вісник. – 2006. - вип.1(17). - С.24-35.
  5. Берест В.П., Малеев В.Я., Карпенко Н.О. Характеристика структурно-функціональних властивостей клітин крові тварин за різної тривалості опромінювання. // В кн. „Вплив радіаційного фактора Чорнобильської зони відчудження на організм тварин”. – 2006. Київ, Атіка. – С.163-173.
    1. Борискина Е.П., Больбух Т.В., Семенов М.А., Малеев В.Я. Физические факторы стабильности трехспиральных структур колагенового типа // Біополімери та клітина. – 2006. – Т. 22, № 6. – C. 458-467.
Тезисы
  1. Kruglova O.B., Ermak E.L., Bolbukh T.V. binding modes of ethidium bromide to calf thymus DNA // Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 68.
  2. Gladkovskaya N.A. Multimodal binding of actinocin derivative to single stranded poly(dA)// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 64.
  3. Boryskina O.P., Bolbukh T.V., Semenov M.A. Factors of stabilization of collagen structures: Quantitative estimations of energies of peptide-peptide and peptide –water hydrogen bonds// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II May 11-13, 2006. Bedlewo (Poland) – 2006 – P. 54.
  4. Minakova Ye.O., Kruglova O.B. Influence of the structure of actinicin derivatives on binding process with Calf Thymus DNA// Proceedings of the Workshop on the Structure and Function of Biomolecules II 2006. Bedlewo (Poland) – May 11-13, 2006 – P. 68.
  5. Boryskina O.P., Semenov M.A. Peptide-peptide and peptide-water hydrogen bonds in collagen: estimation of energies on the basis of IR spectroscopy, quartz piezogravimetry and differential scanning calorimetry // Proceedings of the III-th International Conference on Hydrogen Bonding and Molecular Interactions. - Kyiv (Ukraine). - May 15-21, 2006. - P. 34.
  6. Борискина Е.П. Расчет тонкой структуры полосы Амид I в Раман спектрах poly(Gly-Pro-Pro) и коллагена // Сборник тезисов докладов II-й Всеукраинской научно-технической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики» Физика. Биофизика. - Севастополь (Украина). - 17-22 апреля 2006 г. - С. 87-89.
  7. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Особенности взаимодействия бромистого этидия с тимусной ДНК // актуальные вопросы теоретической и прикладной физики и биофизики “Физика. Биофизика – 2006”. Севастополь, 2006 г., С. 104.
  8. Близнюк Ю.Н., Круглова Е.Б. Раман исследование В→А структурного перехода ДНК в присутствии єтидиума бромида // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. - С.33.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.Г., Алексеева И.В. Исследование конкурентного связывания аналогов цитидина и бромистого этидия с тимусной ДНК // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 2006. – 13-14 грудня 2006. - С.37.
  10. Духопельников Е.В., Хребтова А.С. Моделирование конформационніх переходов Poly(rC), индуцированных изменением рН // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.36.
  11. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Моделирование влияния ионных сил на изотермы связывания лекарственных веществ с ДНК при разных значениях фактора кооперативности // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 13-14 грудня 2006. –С.41.
  12. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Молекулярно-динамическое моделирование различных спиральных форм полирибоцитидиловой кислоты // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна.– 13-14 грудня 2006. – С.41.
  13. Нестеренко А.Л., Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование комплекса односпиральной полирибоцитидиловоц кислоты с кофеином методом докинга и молекулярной динамики // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.42.
  14. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Красницкая А.А. Гидратация кофеина и его интактного и гамма-облученного комплексов с ДНК по данным КВЧ-диэлектрометрии // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. – 13-14 грудня 2006. – С.47.
  15. Борискина Е.П., Флори В. In vivo исследование эластичности тканей куриных эмбрионов на различных этапах эмбриогенеза // Шоста Харківська конференція молодих науковців. Радіофізика та електроніка. – Харків, Україна. –13-14 грудня 2006. – С.46.
  16. Малеєв В.Я. Деякі проблеми сучасної молекулярної біофізики // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.27.
  17. Борискина Е. П., Семенов М.А., Больбух Т.В., Суходуб Л.Б. особенности гидратации и конформационных переходов чистого и минерализованного коллагена // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.275.
  18. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Красницкая A.A. Изменения взаимодействия комплекса ДНК-кофеин с растоворителем при воздействии гамма излучения // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.300.
  19. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Влияние производного актиноцина на конформационное состояние полирибоцитидиловой кислоты // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.273.
  20. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В. Структурные изменения ДНК при взаимодействии с ЭБ по данным Раман спектроскопии // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.274
  21. Глибицкий Г.М., Красницкая A. A., Гудзенко В.И. Текстуры пленок Na-ДНК, полученных из растворов при разных влажностях и температурах // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.286.
  22. Шестопалова А.В. О двух возможных механизмах влияния кофеина на биологическую активность производных актиноцина – аналогов противоопухолевых антибиотиков // Тези доповідей IV з'їзду Українського біофізичного товариства, Донецьк, 19-21 грудня 2006, С.332-333.
Автореферат
  1. Гладковська Н.О. Спектрофотометричний аналіз зв’язування біологічно активних лігандів з молекулами ДНК.– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2006. – 24 с.


2007

Статьи
  1. Шестопалова А.В. Связывание производного актиноцина c фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло // Биополимеры и клетка. – 2007. – Т.23. – С.35-44.
  2. Boryskina O.P., Bolbukh T.V., Semenov M.A., Gasan A.I., Maleev V.Ya. Energies of peptide-peptide and peptide-water hydrogen bonds in collagen: evidences from infrared spectroscopy, quartz piezogravimetry and differential scanning calorimetry // J. Mol. Struct. – 2007. – Vol. 827. – P. 1-10.
  3. Круглова Е. Б. Необычные формы изотерм адсорбции в трехкомпонентных системах // Биофизика. – 2007. – Т.52. – Вып. 5. – С. 822-824.
  4. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Взаимодействие производного актиноцина с различными структурами poly(rC). // Биофизика. – 2007. – Т.52. – Вып. 5. – С. 812-821.
  5. Акимов В.И., Тулупенко В.Н., Шестопалова А.В., Alfinito E., Penneta C., Reggiani L. Электрические свойства молекулы белка в составе двухтерминального устройства / Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник. - 2007. - Вып.1(18). - С.26-30.
  6. Борискина Е.П., Семенов М.А., Больбух Т.В., Суходуб Л.Б., Суходуб Л.Ф., Малеев В.Я. Влияние минерализации на гидратацию и структурное состояние коллагена // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник. - –Вип. 18. - С. 5-13.
  7. Гладковская Н.А Анализ Взаимодействия биологически активных лигандов с Нуклеиновыми кислотами // Біофізичний вісник – 2007. – Вып.19. - С. 55-64.
  8. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Связывание теофиллина с тимусной дНК в присутствии конкурирующих лигандов // Біофізичний вісник. – 2007. – Вып.19. - С. 13-19.
  9. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.Г., Алексеева И.В. Спектрофотометрическое исследование механизмов связывания аналогов цитидина и бромистого этидия с днк // Биополимеры и клетка. - 2007. –T. 23. - вып.6. с.529-537.
  10. Березняк Е.Г., Круглова Е.Б., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Влияние производного актиноцина Act III на плавление ДНК в составе комплексов ДНК – Aсt III при различных концентрациях лиганда. // Біофізичний вістник – 2007. – Вып.19. - С. 29-35.
  11. Еременко З.Е., Кашпур В.А. Диэлектрические измерения сильно поглощающих жидкостей в миллиметровом диапазоне длин волн // Вісник ХНУ. Біофізичний Вісник. – 2007. Вип. 19. - С. 122-136.
  12. Семенов М.А., Борискина Е.П., Малеев В.Я. Подвижность азотистых оснований при гидратации двунитевых полинуклеотидов в пленках. // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2007. – Вып.19. - С. 20-28.
Тезисы
  1. O. Minakova, O.B. Kruglova Investigation of ionic strength influence on the binding of the Actinomycin D deriveative to DNA//6th EBSA European Biophysics Congress, London (U.K.).-July 14th - 18th 2007. - P. S202.
  2. Boryskina O. P., Le Grand Y., Fleury V. Visualization of collagen distribution in skin by means of double imaging by two-photon excited fluorescence and second harmonic generation: implication for developmental biology. Proc. of the Mediterranean Microwave Symposium MMS 2007. May 14-16, 2007. Budapest, Hungary.
  3. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V. Molecular dynamics simulation of DNA dodecamers of different sequence, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 66.
  4. Golius A.M., Miroshnychenko K.V., Shestopalova A.V.Computer simulation of interaction of actinocin derivative with DNA fragments of different sequence, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 65.
  5. Sukhanov O.S., Shestopalova A.V., Miroshnychenko K.V. “Analysis of intramolecular hydrogen bonds of actinocin derivatives – analogues of anticancer antibiotics”, Book of abstracts of the 2nd International Symposium “Methods and Applications of Computational Chemistry”, Kyiv, Ukraine, 2 – 4 July, 2007, p. 47.
  6. Kruglova O.B., Gladkovskaya N.A., Palchykovskaya L.N., Alexeeva I.V. Binding affinity of the 6-azacytidine to DNA molelules// XVIII International School-Seminar" Spectroscopy of Molecules and Crystals" 20.09-27.09.2007, Beregove, Crimea, Ukraine, p.215.
  7. Iermak Ie.L., Kruglova O.B. Method of spectrophotometrical investigation of competitive binding of two biologically active ligands with DNA // Тези Міжнародної конференції студентів і молодих науковців з теоретичної та експериментальної фізики „ЕВРИКА-2007”, м. Львів, Україна – 2007 – с. 25.
  8. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Исследование связывания актиноцинового производного и бромистого этидия с тимусной ДНК// VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка". 12-14.12.2007, Харків, Україна, с. 38.
  9. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Влияние одновалентных ионов на связывание актиноцинового производного с нативной и денатурированной ДНК// VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка". 12-14.12.2007 , Харків, Україна, с. 37.
  10. Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Березняк Е.Г. Определение параметров связывания лигандов с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии. // VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків, 2007. С.30.
  11. Zhivotova E.N., Zinchenko A.V., Kuleshova L.G., Dukhopelnykov E.V. Physical states of a binary system water – oxyethylated glycerol (polymerization degree is n = 5) at temperatures lower than 273 K. // Конференція молодих вчених «Фізика низьких температур», Харків 2007. С.21.
  12. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. “Динамика додекамеров ДНК различной последовательности”, Збірник анотацій VII Харківської конференції молодих науковців “Радіофізика та електроніка”, Харків, Україна, 12-14 грудня, 2007, с.34.
  13. Голиус А.М., Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. “Молекулярный докинг производного актиноцина и фрагментов ДНК разной последовательности”, Збірник анотацій VII Харківської конференції молодих науковців “Радіофізика та електроніка”, Харків, Україна, 12-14 грудня, 2007, с.35.
  14. Филипский А.В. Исследование механизма термического разрушения нуклеиновых кислот. // VII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків, 2007. С.29.
Автореферат
  1. Борискіна О.П. Енергії водневих зв’язків, що стабілізують конформацію гідратованих колагенових структур. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2007. – 19 с.
  2. Шестопалова Г.В. Молекулярні механізми гідратації та комплексоутоврення нуклеїнових кислот з біологічно активними речовинами // Автореферат дисертації на здобуття наук.ступ. доктора фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харьків, 2007, 35 с.


2008

Статьи

1. Sukhanov O.S., Shishkin O.V., Gorb L., Leszczynski J., Structure and hydrogen bonding in polyhydrated complexes of guanine. Structural Chemistry 2008, Vol 19, N 1 , 171-180.

  1. P. Boryskina, Y. Le Grand, C. Odin and V. Fleury. The role of distribution and orientation of collagen fibers in tissue development: study by means of double imaging by two-photon excited fluorescence and second harmonic generation microscopy. J. .European Microwave Association. – 2008. - V. 4. - N 3. - P. 255-259.
  2. Odin C, Guilbert T, Alkilani A, Boryskina OP, Fleury V, Le Grand Y. Collagen and myosin characterization by orientation field second harmonic microscopy. Opt Express. – 2008. - V.16. – N 20. – P.16151-6165.
  3. Al-Kilani A, Lorthois S, Nguyen TH, Le Noble F, Cornelissen A, Unbekandt M, Boryskina O, Leroy L, Fleury V. During vertebrate development, arteries exert a morphological control over the venous pattern through physical factors. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. – 2008. – V.77. - (5 Pt 1):051912.
  4. N. Zhivotova, A.V. Zinchenko, L.G. Kuleshova, E.V. Dukhopelnikov, V.V. Chekanova Low-temperature phase behaviour of the binary system water–oxyethylated glycerol of polymerization degree n=5 and intermolecular interactions in the system // Molecular Physics. – 2008. - V. 106. - N. 14. – Р. 1751–1759
  5. Акимов В.И., Шестопалова А.В., Тулупенко В.Н., Alfinito E., Penneta C., Reggiani L. Способы моделирования флюктуаций молекулы белка в рамках метода нерегулярной сети импедансов // УФЖ, T. 53, N 6, C.595-601, 2008.
  6. Кашпур В.А., Малеев В.Я., Хорунжая О.В. Применение метода дифференциальной КВЧ диэлектрометрии в молекулярной биофизике // Радіофізика та електроніка. – Харків: Ін-т радіофізики та електрон. НАН України. – 2008. – Том 13, спец. вип. – С.446-454.
  7. Е.Н. Животова, Е.В. Духопельников Оценка количества воды, связанной с оксиэтилированными производными глицерина // Доп. НАН України. — 2008. — N — С. 89-93.
  8. Мирошниченко Е.В., Шестопалова А.В. Молекулярно-динамическое моделирование различных спиральных форм полирибоцитидиловой кислоты // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2008 – Вып.21 (2). - С. 5-18.
  9. Гладковская Н.А., Ермак Е.Л., Круглова Е.Б., Пальчиковская Л.И., Алексеева И.В. Взаимодействие 6-азацитидина с молекулами ДНК. // Вісник ХНУ. - Біофізичний вісник, – 2008. – Вып.21 (2). - С. 19-28.
  10. Glibitsky G.M. Na-DNA films with ions of metals. // Biophysical Bulletin. – 2008. – Issue 21 (2). – P.29-34.
Тезисы
  1. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Хребтова А.С. Исследование плавления комплексов ДНК с профлавином при различных соотношениях концентраций ДНК – лиганд // Материалы IV Всеукраинской научно-технической конференции. Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2008. Тези доповідей. С.195-196.
  2. S. Khrebtova, Ye.V. Dukhopelnykov, E.G. Bereznyak, N.A.Gladkovskaya, A.V.Zinchenko. Thermodynamic parameters of DNA – proflavine interaction // 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems. Kyiv, Ukraine 2008. - Book of Abstr. - P.207.
  3. S. Khrebtova, Ye.V. Dukhopelnykov, E.G. Bereznyak, N.A. Gladkovskaya. Proflavine-DNA interaction at different ligand concentration // Збірник тез. Міжнародна наукова конференція присвячена 70-річчю від дня народження проф. Гойди О.А. Біофізичні механізми функціонування живих систем. Львів 2008. С.20-21.
  4. А.С. Хребтова. Спектроскопические исследования взаимодействия профлавина с матрицами различного нуклеотидного состава // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.
  5. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Сравнительный анализ взаимодействия взаимодействия теофиллина и кофеина с тимусной ДНК в присутствии конкурирующих лигандов // IV Всеукраинская научно-техническая конференция актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии “БФФХ – 2008”. Севастополь, Украина. – 2008. – Тезисы докладов. С.152 – 153.
  6. Ермак Е.Л., Круглова Е.Б. Методика анализа конкурентного связывания двух лигандов с нуклеиновыми кислотами // 1-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2008. – Харків, Україна. – 2008. – Тези доповідей. - С.102.
  7. Iermak Ie.L., Kruglova O.B. Study of ethidium bromide binding to calf thymus DNA in presence of competing ligands in aqueous solution // 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P.206.
  8. V.Miroshnychenko, A.V.Shestopalova The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Advanced Research Workshop "Molecular Self-Organization in Micro-, Nano-, and Macro-Dimensions: From Molecules to Water, to Nanoparticles, DNA and Proteins", 8 - 12 June, Kiev, Ukraine, Book of Abstr. – Р.72
  9. Е.В. Мирошниченко Представление оси двойной спирали ДНК в виде ломанной с минимальнім числом отрезков // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. - С.151
  10. Bliznyuk Ju.N., Bolbukh T.V., Gasan A.I. The molecular mechanisms of binding of riboflavin to DNA by the data of Raman spectroscopy and VIS-UV spectrophotometry. IV International Conference “Physics of Liquid Matter: Modern Problems”. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P. 206.
  11. Bliznyuk J.N., Bolbukh T.V., Gasan A.I. Binding of riboflavin-5’-phosphate to DNA studied by the Raman spectroscopy and VIS-UV spectrophotometry. The Europolymer Conference 2008 (EUPOC 2008) on “Advanced Polymeric Materials for the Energy Resources Exploitation: Synthesis, Properties and Applications”, Italy, Gargnano (Brescia), 2008. – Book of Abstr. - P.78
  12. Kashpur V.A., Khorunzha O.V and Maleev V. Ya. Interrelation of hydration in solutions with complexation of biological molecules as revealed by dielectrometry. 4th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP. – Kyiv, Ukraine. – 2008. – Book of Abstr. - P. 205.
  13. Кашпур В.А., Хорунжа О.В., Малєєв В.Я. Гідратаційні ефекти при утворенні комплексів біологічних молекул // Збірник тез. Міжнародна наукова конференція присвячена 70-річчю від дня народження проф. Гойди О.А. Біофізичні механізми функціонування живих систем. Львів 2008. С.16-17
  14. Шестопалова А.В. Молекулярные модели комплексов нуклеиновых кислот и биологически активных веществ в условиях мультимодального и конкурентного связывания // Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2008. Тези доповідей. С.193
  15. Yu. Tkachenko, А.V. Shestopalova, М.Y. Tolstorukov. ProtNA-ASA: Protein-Nucleic Acid Structural Database with Information of Accessible Surface Area NATO. Advanced Research Workshop "Molecular Self-Organization in Micro-, Nano-, and Macro-Dimensions: From Molecules to Water, to Nanoparticles, DNA and Proteins", 8 - 12 June, Kiev, Ukraine, Book of Abstr. – Р.195
  16. М.Ю. Ткаченко, Е.П. Борискина, М.Е. Толсторуков, А.В. Шестопалова Исследование непрямых механизмов белково-нуклеинового узнавания с использованием базы данных ProtNA-ASA // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. - С. 154
  17. В.И. Акимов, А.В. Шестопалова, В.Н. Тулупенко, L.Reggiani Моделирование действия одномолекулярного белкового нанобиосенсора // 3-я міжнародна науково-технічна конференція "Сенсорна електроніка та мікросистемні технології" (СЕМСТ-3), Україна, Одеса, Червень 2-7, 2008, тези доповідей, с.214.
  18. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Связывание актиноцинового производного с ДНК в присутствии одновалентных ионов//IV Всеукраинская научно техническая конференция «Акутальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», 21-26.04.2008, Севастополь, Украина, С.197
  19. Minakova E.A., Kruglova E.B. Different interaction models for explanation of ligands binding to polynucleotides optical properties//XXIX European Congress on molecular spectroscopy “EUCMOS 2008”, 31.08-05.09.2008, Opatija, Croatia, Р. 196
  20. Minakova Ye., Kruglova O. Influence of different types of monovalent ions on binding parameters actinocine ligands to denatured DNA // Міжнародна наукова конференція „Біофізичні механізми функціонування живих систем”, 16-18.10.2008, Львів, Україна
  21. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Исследование влияния ионов щелочных металлов на комплексообразование в системах ДНК-лиганд // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.153
  22. Борискина Е.П., Семенов М.А. Подвижность азотистых оснований при дегидратации ДНК в пленках // Тези доповідей. VIII Харківська конференція молодих науковців "Радіофізика та електроніка", Харків 2008. С.168
Автореферат
  1. Єрмак Є. Л. "Конкурентне зв’язування біологічно активних речовин з полінуклеотидними матрицями"– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2008. – 19 с.
  2. Суханов О. С "Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну"– Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. хімічних наук за спеціальністю 02.00.04 – фізична хімія – Комп¢ютерно-копіювальний центр „МіФ”, Харків, 2008. – 19 с.


2009

Статьи
  1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // 10.1002/qua.22067 Published Online: 19 May 2009
    1. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem. DOI1002/qua.22290 Published Online: 27 Oct 2009
    2. Bliznyuk Yu.N., Kruglova E.B., Bolbukh T.V., Ovchinnikov D.V. Influence of solution acidity on structure of actinocin derivatives and their affinity to DNA studies as a function of pH by Raman spectroscopy // Spectroscopy Letters, v.42, 2009, P.498-505
    3. Близнюк Ю.Н., Больбух Т.В., Круглова Е.Б., Семенов М.А., Малеев В.Я. Исследование комплексообразования бромистого этидия с ДНК методом спектроскопии комбинационного рассеяния света // Биополимеры и клетка, т.25, № 2, 2009, с.126-132.
    4. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Зинченко А.В. Особенности взаимодействия профлавина с ДНК при различных соотношениях их концентраций // Биофизика, т.54, вып.5, 2009, с.805-812
    5. Жукова Т.В., Перский Е.Э., Больбух Т.В., Семенов М.А. Влияние деформации кожи на гидроксилирование пролина в синтезируемом коллагене типа I и его гидратацию // Доповіді Національної академії наук України, 2009, №5, с.191-194.
      1. Н. В. Древаль, С. Ю. Рубан, В. Г. Колесников. Влияние миллиметровых волн и лазерного излучения на структурно-динамические свойства воды в биологических системах // Науково-технічний бюлетень, вип. 10, № 1-2, 2009 г., стр. 427 – 413.
    6. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Малеев В.Я. Гидратация комплексов ДНК с полиаминами // Бiофiзичний вiсник. - 2009. - Вип. 22 (1). - C. 5-13.
    7. Филипский А.В. Механизм термического разрушения нуклеиновых кислот // Бiофiзичний вiсник. - 2009. - Вип. 22 (1). - C. 98-102.
    8. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Взаимодействие производного актиноцина с молекулами ДНК при разных концентрациях одновалентных ионов щелочных металлов Na+ и K+// Біофізичний Вісник, Вип 2 (23), 2009, c. 30-39.
    9. Колесников В. Г., Древаль Н. В., Каменев Ю. Е., Корж В. Г. Связь солнечной активности с электромагнитным откликом микроводорослей открытых водоёмов Харьковской области // Физика живого, Т. 17, No1, 2009. С.98-104.
    10. Древаль Н.В., Рубан С.Ю., Чернєцов О. А., Колесніков В. Г. Можливість застосування методу НВЧ-діелектрометрії для оцінки якості свіжоодержаного еякуляту бугаїв-плідників // Науково-технічний бюлетень.- №100. -2009.- С. 219-223.
Тезисы
  1. Boryskina O.P., Tkachenko M.Y., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. DNA accessible surface area and indirect protein-DNA recognition: study by bioinformatical approach // 7th EBSA European Biophysical Congress, July 11-15, Genova, Italy. – P.562
  2. Minakova E.A., Kruglova E.B. Different interaction models for explanation of ligands binding to polynucleotides optical properties//Xth international conference on molecular spectroscopy “From molecules to molecular materials and biological systems”, 6-10.09.2009, Kraków – Bialka Tatrzanska, Poland, p.87
  3. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Исследование роли альтернативных конформаций торсионного угла гамма сахарофосфатного остова ДНК в белково-нуклеиновом узнавании // Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2008», Севастополь 2009. Тези доповідей. С.141-143
  4. Минакова Е.А., Круглова Е.Б. Исследование влияния ионов щелочных металлов на параметры комплексообразования в системах лиганд – ДНК // V Всеукраинская научно техническая конференция «Акутальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии «БФФХ-2009», 21-25.04.2009, Севастополь, Украина, с.148
  5. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Доступная поверхность ДНК при различных конформациях сахарофосфатного остова: значение для непрямого белково-нуклеинового узнавания // 2-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2009. – Харків, Україна. – 2009. – Тези доповідей. - С.91
  6. Пащенко В.В., Ермак Е.Л. Взаимодействие акридинового мутагена ICR-191 с тимусной ДНК // Конференція молодих вчених «Фізика низьких температур», 1-5 червня 2009, Харків. С. 90.
  7. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК-профлавин // Програма і тезі доповідей 2-а Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених «Фізика низьких температур КМВ-ФНТ-2009» 1-5 червня 2009 р., Харків, с. 96.
  8. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Роль изменения торсионного угла гамма сахаро-фосфатного остова ДНК в механизмах непрямого узнавания // ХІІІ международная школа-конференция „Биология – наука ХХІ века”, 09 – 2.10.2009 г., Пущино, Россия, тезисы докладов, с.45-46
  9. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Применение метода КВЧ диэлектрометрии для определения степени гидратации комплекса ДНК с профлавином // ХІІІ международная школа-конференция „Биология – наука ХХІ века”, 09 – 2.10.2009 г., Пущино, Россия, тезисы докладов, с.146-147
  10. Колесников В. Г., Древаль Н. В., Каменев Ю. Е., Корж В. Г. Влияние некоторых участков электромагнитного спектра на реакцию водорослей открытых водоёмов Харьковской области // 8-я Международная конференция “Космос и биосфера”, 28 сентября - 3 октября 2009, Крым, г. Судак, стр. 141.
  11. Близнюк Ю.Н. Гидратация и структурное состояние комплекса ДНК-витамин В2 во влажных пленках // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с. 136.
  12. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толсторуков М.Е. Конформационные переходы пары углов альфа-гамма сахарофосфатного остова ДНК в нуклеосомах // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.127
  13. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК с бромистым этидием // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с. 126.
  14. Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Березняк Е.Г. Расчет параметров связывания профлавина с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.128
  15. Минакова Е.А. Определение вклада конкуренции ионов за места свзяывания в свободную энергию комплексообразования актиноцинового производного с ДНК // Збірник анотацій ІХ Харківська конференція молодих науковців «Радіофізика, електроніка, фотоніка та біофізика» 1-3 грудня 2009 р., с.125
  16. Песина Д.А., Хорунжая О.В., Кашпур В.А. Изменение гидратации ДНК при образовании комплекса с бромистым этидием по данным КВЧ диэлектрометрии // Конференція молодих вчених "Сучасні проблеми теоретичної фізики", 24-26 грудня 2009 р., Київ, с. 30.
Автореферат
  1. Древаль Н.В. "Застосування міліметрових і субміліметрових радіохвиль та їх комбінації в дослідженні біологічних об’єктів." – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. Біол. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 2009. – 23 с.


2010

Статьи
  1. Tkachenko M. Y., Boryskina O. P., Shestopalova A. V., Tolstorukov M. Y. ProtNA-ASA: Protein-nucleic acid structural database with information on accessible surface area // Int.J.Qunt.Chem., v.110, 2010, p.230-232.
  2. Miroshnychenko K.V., Shestopalova A. V. The Effect of Drug-DNA Interactions on the Intercalation Site Formation // Int.J.Qunt.Chem., v.110, 2010, p.161-176.
  3. Fleury V., Al-Kilan A., Boryskina O.P. Cornelissen A. G. M., Nguyen T.- H., Unbekandt M., Leroyx L., Baffet G. Le Noble F., Sire O., Lahaye E. Introducing the scanning air puff tonometer for biological studies. - Phys Rev E 81(2 Pt 1):021920 (2010)
  4. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Полиморфизм ДНК и белково-нуклеиновое узнавание // Биополимеры и клетка. - 201 - № 5, Т.26. - С.360-372.
  5. Кашпур В.А., Хорунжая О.В., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК-лиганд по данным диэлектрометрии // ДАНУ, т.7, 2010, с.170-175.
  6. Хорунжая О.В., Кашпур В.А., Песина Д.А., Малеев В.Я. Изменение гидратации при образовании комплексов ДНК с некоторыми интеркаляторами // Біофізичний Вісник, Вип. 1 (24), 2010, c.5-13.
  7. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Зинченко А.В. Спектроскопическое и калориметрическое исследование системы флавин-мононуклеотид – ДНК // Біофізичний Вісник, Вип. 1 (24), 2010, c.14-19.
  8. Кондакова Г. К., Семко Г.О., Древаль Н.В., Колесніков В.Г., Каменєв Ю.Ю. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro // Дерматология и венерология.- 2010.- №4 (50).- С. 33-37.
  9. Колесников В. Г., Древаль Н. В. Применение комбинированного воздействия электромагнитных и акустических волн на микроводоросли для выявления резонансных частот // Физика живого.- - Т. 18, No1.- С. 42 - 45.
  10. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Духопельников Е.В.,Зинченко А.В. Калориметрическое и спектрофотометрическое исследование связывания профлавина с ДНК из salmon testes // “Біофізичний вісник”. 2010. Вып. 2 (25) , c.26-33.
  11. Kashpur V.A., Maleev V.Ya., Khorunzhaya O.V. Application of differential EHF dielectrometry in molecular biophysics // Telecommunications and Radio Engineering. – 2010. – V.69. – n.16. – P. 1473-1489.
Тезисы
  1. Shestopalova A.V. Physical parameters as a criterion for estimation of efficacy of DNA-anticancer antibiotics complexation on the molecular level // 2nd International Conference on Drug Discovery and Therapy Dubai, United Arab Emirates, February 1 - 4, 2010, Р.
  2. Tkachenko M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. Gamma angle transitions in nucleosomal DNA backbone: significance for protein–DNA recognition // New Biotechnology. - 2010.V. 27(Supplement 1). - Abstracts of the 4th ESF Conference on Functional Genomics & Disease, 14–17 April 2010, Dresden, Germany – P. S24 (www.elsevier.com/locate/nbt)
  3. Iermak Ie.L., Pashchenko V.V. Acridine mutagen ICR-191 binding to calf thymus dna in presence of methylxanthines // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 257.
  4. Kashpur V.A., Khorunzhaya O.V., Pesina D.A. Hydration changes in DNA – ligand complexes // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 281.
  5. Dukhopelnikov E.V., Bereznyak E.G., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A. Сalculation of ligand to DNA binding parameters from the liquid calorimetry data // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р.284.
  6. Dukhopelnikov E.V., Bereznyak E.G., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A., Zinchenko A.V. Study of proflavine to DNA binding by means of the liquid calorimetry method // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р.251.
  7. Minakova E.A., Blyzniuk Iu.N., Kruglova E.B., Bolbukh T.V. Spectroscopic and piezogravimetric investigation of alkaline ions influence on the complexation in the intercalated ligand-DNA system // Proceedings of the International Conference “5th International Conference Physics of Liquid Matter: Modern Problems PLM MP”. – Kyiv (Ukraine). – 2010. - Р. 280
  8. Kondakova A. Telichko T., Dreval N., Kolesnikov V., Korzh V. Effect of combined tera- and gigahertz irradiation on hemolytic features of human erythrocytes in vitro // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  9. Glibitskiy G.M., Maleev V.Ya., Izhyk E.V. Cell for measurement of dielectric permittivity of solution // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  10. Glibitskiy G.M. Energy of activation of saccharose in solution // MSMW’2010., International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves Kharkov, Ukraine, June 21 – 26, 2010, G
  11. Ермак Е.Л., Пащенко В.В. Взаимодействие акридинового мутагена ICR-191 с кофеином и теофиллином // Збірник тез доповідей конференції молодих вчених: “VI Международная научно-техническая конференция актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии “БФФХ – 2010”. Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2010 г. – Т. 2. - С.134.
  12. Д. А. Песина, О. В. Хорунжая, В. А. Кашпур. Гидратация комплексов ДНК с ароматическими лигандами по данным метода КВЧ диэлектрометрии // Тезисы докладов VI Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии», 26 – 30 апреля 2010 г., Севастополь, Украина. – 2010. – Т. 2. – С.138-139.
  13. Березняк Е.Г., Хребтова А.С., Духопельников Е.В., Гладковская Н.А. Зинченко А.В. Исследование взаимодействия флавинмононуклеотида с ДНК // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.161-164.
  14. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Зинченко А.В. Расчет параметров связывания лигандов с ДНК по данным дифференциальной сканирующей калориметрии // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.186-189.
  15. Ткаченко М.Ю., Борискина Е.П., Шестопалова А.В., Толосторуков М.Е. Положение и сиквенс-специфичность конформаций торсионных углов альфа и гамма сахарофосфатного остова ДНК в нуклеосоме // VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, 26-30 апреля 2010 г., с.155-158.
  16. Минакова Е.А., Близнюк Ю.Н. Спектрофотометрическое и пьезогравиметрическое исследование влияния ионной силы на образование комплексов ДНК с лигандом актиноцинового типа // Збірник тез доповідей конференції молодих вчених: VI Международная научно-техническая конференция «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии» БФФХ – 2010, Севастополь, Украина, 26-30 апреля – С.160-161.


2011

Статьи
  1. Beshnova D.A., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V., Evstigneev M.P. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice // – 2011. – V.95. – N.3. – P.208-216.
  2. Fleury V., Boryskina O.P., Al-Kilani A. Hyperbolic symmetry breaking and its role in the establishment of the body plan of vertebrates / C. R. Biol. – 2011. – V.334.– N.7. – P. 505-515.
  3. Iermak Light-absorption spectroscopy of mutagen - DNA complex: binding model selection and binding parameters calculation / Iermak Ie. // J. Applied Electromagnetism. – 2011. - V.13, N 3. - P. 15-22.
  4. Гасан А.И., Малеев В.Я., Филипский А.В. Исследование термической устойчивости нуклеиновых кислот и их структурных компонентов // Биофизика. – 2011. – Т.56, № 3. – С.403-409
  5. Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Шестопалова А.В. Комплексы белки-ДНК: специфичность и механизмы узнавания // Биополимеры и клетка. - 201 - № 1, Т.27. - С.3-16
  6. Древаль Н.В., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Теличко Т.В. Исследование поверхностного натяжения плазмы крови больных дерматозами с помощью акусто-диэлектрического метода // Дерматология и венерология.- 2011.- № 4.- С. 47-51
  7. Глибицкий Г.М., Джелали В.В., Зегря Г.Г., Рошаль А.Д., Мартинов А.В. Исследование межфазных границ, содержащих адсорбированные наночастицы Ag@N и нанокластеры Ag@NДНКN // Вопросы химии и хим. технологии. – 2011. - №4. - С. 162-164.
  8. Близнюк Ю.Н., Семёнов М.А., Больбух Т.В., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. Проявление межмолекулярных водородных связей в гетерокомплексах биологически активных веществ по данным колебательной спектроскопии / Біофізичний Вісник - 2011. - Вып. 27(2). – C.5-16
  9. Глибицкий Г.М. Текстура пленок ДНК с ионами серебра // Вісник СумДУ. Серія «Медицина», №2, 2011. С.51-54
  10. Глибицкий Г.М., Семенов М.А. Текстуры пленок Na-DNA, полученные из растворов, содержащих Трис и ЭДТА // Біофізичний вісник. - 2011. - Вып. 27(2). – С.26-29.
Тезисы
  1. Шестопалова А.В., Борискина Е.П., Ткаченко М.Ю., Толсторуков М.Е. Механизмы белково-нуклеинового узнавания и конформационная динамика ДНК // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.150-151.
  2. Песина Д. А., Хорунжая О. В., Кашпур В. А., Шестопалова А. В. Диэлектрические свойства и гидратация комплексов ДНК с некоторыми интеркаляторами // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.156-157.
  3. Ермак Е.Л. Спектрофотометрическое исследование конкурентного связывания кофеина и бромистого этидия с тимусной ДНК // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.177.
  4. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А. Теоретическое описание процесса плавления комплекса ДНК-лиганд // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.198-200.
  5. Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Зинченко А.В. Влияние актиноциновых производных ActII и ActIII на термодинамические параметры плавления ДНК из молок лосося // Сборник тезисов VII Международной научно-технической конференции «Актуальные вопросы теоретической и прикладной биофизики, физики и химии - БФФХ – 2011». Севастополь, Украина, 26-30 апреля 2011 г. – С.200-202.
  6. Шестопалова А.В. Прогнозирование биологической активности противоопухолевых препаратов на молекулярном уровне // Сборник тезисов международной конференции «Биологически активные вещества: фундаментальные и прикладные вопросы получения и применения», 23-28 мая 2011, Новый Свет, АР Крым, Украина, с. 211-212.
  7. Борискіна О.П., Житникова М.Ю., Шестопалова Г.В. Роль альтернативних конформацій сахарофосфатного кістяку ДНК в нуклеїново-білковому впізнаванні // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с.27-28.
  8. Борискіна О.П., Житнікова М.Ю., Шестопалова Г.В. Конформаційна динаміка сахарофосфатного кістяка ДНК у складі нуклеосом // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 28.
  9. Глибицкий Г.М., Глибицкий Д.М. Застосування кювет різною робочою довжиною для дослідження властивостей поліетиленгліколю // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 38-39.
  10. Колесніков В.Г., Древаль Н.В. Ефективність впливу акустичних хвиль на діелектричні параметри мікроводоростей для розробки біосенсора дисбалансу аква-системи // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с. 70-71.
  11. Близнюк Ю.Н., Семенов М.А., Шестопалова А.В. Исследование гетероассоциации флавин мононуклеотида, бромистого этидия и теофиллина в водных растворах методами ик и Раман спектроскопии // Сборник тезисов V съезда Украинского биофизического общества, Луцк, 22-25 июня 2011, с.24-25.
  12. Shashel Ya.V., Shestopalova A.V., Tolstorukov M.Y. The influence of sugar switches dynamics on the formation of bending deformation of DNA on base pair level // Methods and Applications of Computational Chemistry, Forth International Symposium MACC-4 28 June - 2 July 2011, Lviv, Ukraine, Book of abstracts, P.135.
  13. Pesina D. A. Hydration effects in complexation of DNA with biologically active compounds / D. A. Pesina, O. V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 36th FEBS Congress “Biochemistry for tomorrow’s medicine”, June 25-30, 2011, Torino, Italy : book of abstracts. – The FEBS Journal. – 2011. – V. 278 (Supplement 1). – P. 440-441.
  14. Iermak Ie., Light-absorption spectroscopy of mutagen-DNA complex in presence of competing biologically active compounds / Iermak Ie., Piosik J., Woziwodzka A., Gwizdek-Wisniewska A. // XXX URSI General Assembly and Scientific Symposium of International Union of Radio Science, Istanbul, Turkey, P. 249.
  15. Golunski G., Woziwodska A., Iermak Ie., Piosik J. Formation of stacking aggregates between methylxantines and aromatic mutagens reduces their biological activity // 2nd Congress of Biochemistry and Cell Biology, September 5th-9th, 2011, Krakow, Poland, P. 74.
  16. Shestopalova A.V., Boryskina E.P., Zhitnikova M.Yu., Tolstorukov M.Ye. Nucleosome as an example of a nanosystem formation: structural dynamics of nucleosomal DNA // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.118.
  17. Bereznyak E.G., Dukhopelnikov E.V., Khrebtova A.S., Gladkovskaya N.A. Theoretical approach for determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimentional DSC curves // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.51.
  18. Glibitski D.M., Glibitsky G.M. Fractal properties of DNA film textures // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.50.
  19. Jelali V.V., Glibitsky G.M., Semenov M.A., Volyansky A.Yu. Films of DNA with nano-silver particles // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.61.
  20. Dreval N.V., Kondakova A.K., Kolesnikov V.G., Semko G.A., Kamenev Yu.E. Effects of electromagnetic radiance of terahertz range on nanosystem b-adrenergic receptor/G-protein of erythrocytes membrane // Nanobiophysics 2011: fundamental and applied aspects, Kiev, 6-9 october 2011, Kiev, Ukraine, p.126.
  21. Древаль Н.В., Колесников В.Г. Регуляция геотермальных течений в Мировом океане путем управления жизнедеятельностью микроводорослей // IX Международная Крымская конференция "Космос и биосфера" – «Актуальные вопросы биофизики и экологии»: Алушта, Крым, Украина, 10 – 15 октября, 2011 г.
  22. Glibitskiy D. M. Evaluation of cell for measuring of dielectric properties in a wide temperature range as exemplified by polyethyleneglycol solution [Електроний ресурс] / D. M. Glibitskiy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  23. Glibitskiy D. M. Investigation of relationship of fractal characteristics of DNA films with mutagenic effect of metal ions [Електроний ресурс] / D. M. Glibitskiy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  24. Minakova Ye. A. Spectrophotometric investigation of proflavine and caffeine competitive binding to DNA [Электронный ресурс] / Ye. A. Minakova // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  25. Blyzniuk Iu. N. Intermolecular hydrogen bond in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules by the methods of vibrational spectroscopy // 11th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2011. – 1 електрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. з етикетки диску.
  26. Shashel Ya.V., Shestopalova A.V. The DNA deformability in the process of indirect protein-nuclein interaction // III International Young Scientists Conference “Modern Problems of Theoretical Physics”, December 21-23, 2011, Kyiv, Ukraine. Books of Abstracts, P.9.


2012

Монография
  1. Малєєв В. Я., Семенов М. О., Шестопалова Г. В. Фізичні принципи побудови системи біополімер–вода, с. 11-70: монография: Благой Ю. П., Веселков О. Н., Волков С. Н., Говорун Д. М., Євстигнєєв М. П., Жураківський Р. О., Корнелюк О. І., Малєєв В. Я., Семенов М. О., Сорокін В. О., Харкянен В. М., Христофоров Л. М., Шестопалова Г. В. (за ред. В. Я. Малєєва). Фізичні принципи молекулярної організації і структурної динаміки біополімерів. Монографія (ІРЕ ім. О.Я.Усикова НАНУ, ФТІНТ ім. Б.Є.Веркіна НАНУ, ІМБіГ НАНУ, ІТФ ім. М.М.Боголюбова, Інститут фізики НАНУ, СевНТУ МОН. Вид. ХНУ імені В. Н. Каразіна, Харків, 2012; 352 c. (ум. друк. арк. 15,54), УДК 577.3, ББК 28.07, Ф 50, Тираж 300, ISBN 978-966-623-906-1.
Статьи
  1. Semenov M.A. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic molecules probed by the methods of vibrational spectroscopy / M.A. Semenov, Iu.N. Blyzniuk, T.V. Bolbukh, A.V. Shestopalova, M.P. Evstigneev, V.Ya. Maleev // Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. – -V. 95. - p. 224–229.
  2. Glibitskiy G. M. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles / G. M. Glibitskiy et al. // Ukr. Phys. J. – 2012. – 57, N 7, – P.695-699.
  3. Колесников В.Г., Хмель Н.В., Хмель С.И. Оценка биологического заражения смазочно-охлаждающей жидкости в миллиметровом диапазоне радиоволн // Физика живого.–– Т. 20, № 2.– С. 38 – 42.
Тезисы
  1. Близнюк Ю.Н. Образование межмолекулярных водородных связей в гетероассоциатах биологически активных веществ по данным колебательной спектроскопии. VIII Международная науч.-техн. конф. “Актуальные вопросы биологической физики и химии”, Севастополь, 2012, с. 128-129.
  2. Песина Д. А. Диэлектрические свойства и гидратация комплекса ДНК-хлорофиллин / Д. А. Песина, О. В. Хорунжая, В. А. Кашпур, А. В. Шестопалова // Матер. VIII Междунар. научн.-техн. конф. «Актуальные вопросы биологической физики и химии БФФХ-2012», 23-27 апреля 2012 г., Севастополь, Украина: тезисы докладов. - Севастополь: СевНТУ. - 2012. - С. 131-132.
  3. Березняк Е.Г., Гладковская Н.А., Духопельников Е.В., Мирошниченко Е.В., Песина Д.А., Хорунжая О.В., Хребтова А.С., Шестопалова А.В. Комплексный подход к исследованию взаимодействия лигандов с нуклеиновыми кислотами. (Сomplex approach to the investigation of ligands interaction with nucleic acids.)/ IV Съезд биофизиков России. Симпозиум I «Физико-химические основы функционирования биополимеров и клеток» Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. - С. 44.
  4. Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., Хребтова А.С., Шестопалова А.В. Моделирование кривых теплопоглощения комплексов днк-лиганд при мультимодальном и конкурентном связывании. (Modeling of heat absorption curves of DNA-ligand complexes at multimodal and competitive binding) / IV Съезд биофизиков России. Симпозиум I «Физико-химические основы функционирования биополимеров и клеток» Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. - С. 45.
  5. Глибицкий Д.М., Семенов М.А., Гасан А.И., Рошаль А.Д. Влияние ионов серебра и кальция на формирование дендритной текстуры Nа-ДНК в пленках / IV Съезд биофизиков России. Симпозиум IV «Новые тенденции и методы в биофизике». Материалы докладов. – Нижний Новгород, 2012. – C. 370.
  6. Pesina D. A. Dielectric properties and hydration of DNA complexes with biologically active compounds / D. A. Pesina, V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 7th Conference of the International Dielectric Society, September 3-7, 2012, Leipzig, Germany: book of abstracts. – P. 116.
  7. Zhitnikova M.Yu., Boryskina E.P., Shestopalova A.V. Transitions of the γ angle in the sugar-phosphate DNA backbone and indirect protein-DNA recognition // International Conference “Problems of Theoretical Physics”, October 8-11, 2012, Kyiv, Ukraine: book of abstract. – P.30.
  8. Khrebtova A.S. Calculation approaches for analysis of ligand to DNA binding parameters prom DSC experiment [Электронный ресурс] / A.S.Khrebtova // 12th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and - Kharkiv, 2012. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  9. Glibitskiy G..M., Yu Shan, Golyuk E.O., Povelitsa A.A. Change of conductivity of Lao Gong point after Tai Chi exercise // Психофізіологічні та вісцеральні функції в нормі і патології. VI Міжнародна наукова конференція. Україна, Київ, 9-11 жовтня 2012 року. Тези доповідей.


2013

Статьи
  1. Dukhopelnikov E. V. Determination of ligand to DNA binding parameters from two-dimensional DSC curves / E. V. Dukhopelnikov, E. G. Bereznyak, A. S. Khrebtova, A. O. Lantushenko, A. V. Zinchenko // J. Therm. Anal. Calorim. (2013), V.111, N3, pp 1817–1827.
  2. Glibitskiy G. M. Texture formation in DNA films with alkali metal chlorides / G. M. Glibitskiy, Perepelytsya S.M., Volkov S.N. // Biopolymers (2013), V. 99, рр. 508-516.
  3. Ponomarenko A.M. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress / A.M. Ponomarenko, T.V. Kostina, I.M. Blyzniuk, E.E. Persky, M.A.Semenov // European Researcher (2013), V. 44, № 3-2, pр.666-672.
  4. Солошенко Э.Н. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии / Э.Н. Солошенко, А.К. Кондакова, В.Г. Колесников, Н.В. Хмель, З.М. Шевченко, Т.П. Ярмак. // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61).– С. 32 – 37.
  5. Glibitskiy G. Fractal textures of bovine serum albumin films / Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
  6. Pesina D. A., Kashpur V. A., Khorunzhaya O. V., Shestopalova A. Hydration of complexes of chlorophyllin with human and bovine serum albumin investigated by differential EHF dielectrometry // Біофізичний Вісник (Вісник ХНУ) - Bioph Bul. 2013. – N. 30(2). – P. 5-14.
Тезисы
  1. Духопельников Е.В. Плавление систем ДНК-лиганд при мультимодальном и конкурентном связывании / Е.В. Духопельников, Е.Г. Березняк, А.С. Хребтова, Н.А. Гладковская // Труды XIV Международной конференции по термическому анализу и калориметрии в России (RТАС - 2013). С-Петербург, 2013. - С. 247-250.
  2. Pesina D. A. Dielectric properties and hydration of human and bovine serum albumin complexes with chlorophyllin / O. V. Khorunzhaya, V. A. Kashpur, A. V. Shestopalova // 9th EBSA European Biophysics Congress, July 13-17, 2013, Lisbon, Portugal : book of abstracts. – Eur. Biophys. J. – 2013. – V. 42 (Suppl. 1). – P. S180.
  3. Духопельников Е.В. Влияние флавинмононуклеотида на термодинамические параметры плавления комплексов бромистого этидия с ДНК. / Е.В. Духопельников, А.С. Хребтова, Е.Г. Березняк, Н.А. Гладковская, А.В. Фомин, А.В. Зинченко // Актуальні питання біологічної фізики та хімії. БФФХ – 2013. - Севастополь, 2013. - С.80.
  4. Песіна Д. О. Діелектричні властивості та гідратація комплексів хлорофіліну з біологічними полімерами / Д.О. Песіна, О.А. Каплун, Г.В. Шестопалова // ІІІ Всеукраїнська наукова конференція молодих вчених «Фізіологія: від молекул до організму», Київ, 24-25 жовтня 2013. – С.
  5. Gerus A.A. Тhe study of flavin mononucleotide-ethidium bromide-DNA system by calorimetry and spectrophotometry [Электронный ресурс] / A.A.Gerus, A.V. Fomin // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  6. Blyzniuk Iu. N. pH-dependent self-association of flavin-mononucleotide. [Электронный ресурс] / Iu. N. Blyzniuk // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  7. Pesina D. A. Dielectric study on hydration of HSA and BSA complexes with chlorophyllin [Электронный ресурс] / D. A. Pesina // 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. – Kharkiv, 2013. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). – Загл. с этикетки диска
  8. Глибицкий Д.М. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в структуре самоассоциата флавинмононуклеотида [Электронный ресурс] / 13th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. - Kharkiv, 2013. - 1 электрон. опт. диск (CD-ROM). - Загл. с этикетки диска.
  9. Blyzniuk Yu.N. Self-association and hydration of flavin mononucleotide in films / Yu.N. Blyzniuk, D.M. Glibitskiy // V Young Scientists Conference “Problems of Theoretical Physics”. – Kyiv, 2013. – Р. 72.
  10. Kondakova A.K. Investigation of terahertz radiations influence on enzyme α-amylase / A.K.Kondakova, N.V. Khmel, V.G. Kolesnikov, Yu.E. Kamenev, T.V. Telichko, V.G. Korzh. // The Eighth International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves (MSMW'2013) and Workshop on Terahertz Technologies (TERATECH'2013), Kharkov, Ukraine, June 23 – 28, G 17.
  11. Soloshenko E. Operation monitoring of allergic reaction to artifrin by means of EHF-dielectrometry method / E. Soloshenko, A. Kondakova, V. Kolesnikov, N. Khmel, Z. Shevchenko, T. Yarmak, V. Korzh. // The Eighth International Kharkov Symposium on Physics and Engineering of Microwaves, Millimeter and Submillimeter Waves (MSMW'2013) and Workshop on Terahertz Technologies (TERATECH'2013), Kharkov, Ukraine, June 23 – 28, 2013, G
  12. Shestopalova A. V. Monte Carlo simulation of hydration of DNA-binding biologically active compounds / A. V. Shestopalova, D. A. Pesina // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposium, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 68
  13. Miroshnychenko K.V. The study of different binding modes of proflavine with DNA and RNA sequences by molecular docking method: evidence for a proflavine as a minor groove binder / K.V. Miroshnychenko, A.V. Shestopalova // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposiu m, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 67
  14. Blyzniuk Iu.N. Intermolecular hydrogen bonds in hetero-complexes of biologically active aromatic ligands: Monte Carlo simulations / Iu.N. Blyzniuk, M.A. Semenov, A.V. Shestopalova // Methods and Applications of Computational Chemistry, Fifth Symposium, 1 - 5 July 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p. 107
  15. Glibitskiy D.M. Specifics of textures of films formed from DNA-metal ion solutions / D.M. Glibitskiy, G.M. Glibitskiy, M.A. Semenov, V.Y. Maleev, A.I. Gasan // Nanotechnology and nanomaterials. International research and practice conference (August 25 - September 1, 2013, Bukovel, Ukraine): book of abstracts. – Bukovel, 2013. – P. 395.
  16. V. Khmel, V.G. Kolesnikov, Y.E. Kamenev, V.G. Korzh. Investigation of reparational properties of lens proteins on the basis of combined influence of terahertz and millimeter radiance // International research and practice conference «Nanotechnology and nanomaterials», Bukovel, Ukraine, from August 25 to September 1, 2013, P. 57.
  17. Zhitnikova M.Yu. Some physical principles of nanosystems’ formation on the example of protein-DNA recognition / M.Yu. Zhitnikova, O.P. Boryskina, A.V. Shestopalova // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.38.
  18. Glibitskiy G.M. Textures of the films of human serum albumen // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.109
  19. Perepelytsya S.M. Texture formation in DNA films with alkalimetal chlorides / S.M. Perepelytsya, M. Glibitskiy, S.N. Volkov // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.112.
  20. Солошенко Э.Н. Исследование влияния плюс капилляр-биола на эритроциты крови человека с помощью акусто-диэлектрометрического метода / Э.Н. Солошенко, Н.В. Хмель, З.М. Шевченко, Т.П. Ярмак, В.Г. Колесников. // IV Международная междисциплинарная конференция «Биологические активные вещества и материалы: фундаментальные и прикладные вопросы получения и применения», 27 мая - 1 июнь, 2013 г., АР Крым, Новый Свет, С. 181-182.


2014

Монографии
  1. Шестопалова А. В., Житникова М.Ю., Борискина Е.П. Полиморфизм ДНК и проблема белково-нуклеинового узнавания: монография. — LAP: Lambert Academic Publishing, Saarbrucken, Germany, 2014-03-25, 112 с., ISBN 978-3-659-30140-7.
  1. Малеев В. Я. Методы биофизических исследований: монография. — Х.: ХНУ им. В.Н. Каразина, Харьков, 2014. — 457 с., ISBN 978-966-285-102-1.
  1. Evstigneev M.P., Shestopalova A.V. Structure, Thermodynamics and Energetics of Drug-DNA Interactions: Computer Modeling and Experiment, pp.21-58, In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine; Series: Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Vol. 17; Gorb, Leonid, Kuz'min, Victor, Muratov, Eugene (Eds.), 2014, XIII, 550 p.; ISBN: 978-94-017-9256-1 (Print) 978-94-017-9257-8 (Online).
Статьи
  1. Zhitnikova M.Y., Boryskina O.P., Shestopalova A.V. Sequence-specific transitions of the torsion angle gamma change the polar-hydrophobic profile of the DNA grooves: implication for indirect protein-DNA recognition // Biomol. Struct. Dyn. - 2014. - V.32. – N 10. – pp. 1670-1685. Impact Factor = 2.983- 2013.
  2. БлизнюкЮ. Н. Самоассоциация и гидратация флавин-мононуклеотида в растворах и плёнках. / Ю. Н. Близнюк, Д. М. Глибицкий, М. А. Семёнов, А. В. Шестопалова, В. Я. Малеев // Біофізичний Вісник. – 2014. – № 31(1). – C. 5-22.
  3. Glibitskiy G.M. Fractal textures of serum albumin and Na-DNA films from solutions with metal // Биоф. Вестн. – 2014. – № 31(1). – C. 23-28.
  4. В.Е. Духопельников. Моделирование кривых теплопоглощения тройных систем лиганд-конкурент-ДНК// Биофизический вестник. Вип. 31 (1). 2014. С.49-58.
  5. А.А. Герус, А.В. Фомин, Н.А. Гладковская, Е.Г. Березняк, Е.В. Духопельников, А.С. Хребтова, А.В. Зинченко. Влияние флавинмононуклеотида на взаимодействие в системе бромистый этидий -ДНК// Биофизический вестник, Вип. 32 (2). 2014. С.5-13.
  6. Хмель Н.В. Эффективность применения терагерцового излучения при контаминации микрофлорой смазочно-охлаждающих жидкостей // // Учёные записки Таврического национального университета им. В.И. Вернадского, «Вчені записки Таврійського національного університету», Серия «Биология, химия».- 2014.- Т.27(66), № 2.- С. 165-171.
  7. Хмель Н. В. Диэлектрическая проницаемость и поверхностное натяжение в оценке жизнедеятельности микроводорослей // Ученые записки Таврического национального университета им В.И. Вернадского, Серия «Биология, химия».- 2014.- Т. 27(66), № 4.- С. 84 – 92.
Тезисы
  1. Солошенко Э.Н., Колесников В.Г., Кондакова А.К., Хмель Н.В., Шевченко З.М., Ярмак Т.П. Гидратация как маркер диагностики аутоиммунной патологии. Материалы научно-практической конференции с международным участием «Международная интеграция и научные достижения украинской дерматовенерологии», г.Харьков, 2014, стр. 103 – 104.
  2. Khmel N.V., Kamenev Yu.E., Kolesnikov V.G., Khmel S.I. Effect of terahertz irradiation on microalgae permittivity as adaptation marker at working of metal-cutting compound // Interdisciplinary Scientific Conference «Adaptation strategies of the living systems», Novy Svet, AR Crimea, Ukraine, May 12–17, 2014, p. 18 – 19.
  3. Zhitnikova M.Yu. Analysis of distribution of electrostatic potential in a minor groove of DNA double helix // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium, 7 - 10 October 2013, Kharkiv, Ukraine, Book of Abstracts, p.38.
  4. Glibitskiy D.M., Glibitskiy G.M., Gorobchenko O.O., Nikolov O.T., Semenov M.A. Textures of BSA films with sodium halides // International research and practice conference "Nanotechnology and Nanomaterials", 23-30 August 2014, Lviv
  5. Pesina D.A. Hydration of complexes between sodium copper chlorophyllin and serum albumines / D.A. Pesina, O.V.Khorunzhaya, V.A. Kashpur, A.V.Shestopalova // 8th International Conference on Broadband Dielectric Spectroscopy and its Applications, Wisla, Poland, September 14-19, 2014 : programme and book of abstracts. – P-33.
  6. Глибицкий Д.М., Глибицкий Г.М. Критерий оценки воздействия биологически активных веществ на биополимеры по изменениям текстур пленок // 14th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. Kharkiv, October 14-17, 2014. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM)
  7. Герус А.A. Влияние хлорофиллина на взаимодействие в системе ДНК-профлавин// 14th Kharkiv Young Scientists Conference on Radiophysics, Electronics, Photonics and Biophysics. Kharkiv, October 14-17, 2014. – 1 электрон. опт. диск (CD-ROM).


2015

Монографии
  1. Термодинамика комплексообразования лигандов с нуклеиновыми кислотами в водном растворе: Монография / Е.Г. Березняк и др. - М.: Вузовский учебник: НИЦ ИНФРА-М, 2015. - 166 с.: 60x90 1/16. - (Научная книга). (о), ISBN 978-5-9558-0417-0. Код - 334700.01.01.
  2. Zhitnikova M.Yu., Boryskina O.P., Shestopalova A. V. Nucleosome as an example of a nanosystem formation: structural dynamics of nucleosomal DNA / Chapter XX. In book: “Nanobiophysics: Fundamentals and Applications”, Pan Stanford Publishing (принято к публикации).
Статьи
  1. Кашпур В. А., Песина Д. А., Хорунжая О. В., Малеев В. Я., Шестопалова А. В. Связанная вода в комплексе ДНК–хлорофиллин // "Химия, физика и технология поверхности" "Химия, физика и технология поверхности". – (принято к публикации).
  2. Glibitskiy G., Glibitskiy D., Gorobchenko O., Nikolov O., Roshal A., Semenov M., Gasan A. Textures of BSA films with different concentrations of sodium halides and water state in solution, «Nanoscale Research Letters», направлено в печать.
  3. Э.Н.Солошенко, А.К.Кондакова, В.Г.Колесников, Н.В.Хмель, З.М.Шевченко, Т.П.Ярмак. Исследование параметров гидратации и поверхностного натяжения плазмы крови больных ограниченной склеродермией // Дерматология и венерология, 2015.– № 1 (67).– С. (направлена в редакцию).
  4. Sorokin V.A., Usenko E.L., Valeev V.A., Berezniak E.G., Andrushchenko V.V. Interaction of Zn2+ ions with single-stranded polyU and polyC in neutral solutions // J. Phys. Chem B. (in press).
  5. Bereznyak E.G., Gladkovskaya N.A., Khrebtova A.S., Gerus A.A., Evstigneev M.P. Theoretical approaches for investigation of Drug-DNA melting thermodynamics // Therm. Anal. Calorim. (направлена в редакцию).
  6. Влияние двух типов связывания лигандов с ДНК на параметры перехода спираль-клубок в полінуклеотидах / Гладковская Н.А., Хребтова А.С., Березняк Е.Г., Духопельников Е.В., ЗинченкоА.В. // Биофизика (на рецензировании).
Тезисы
  1. Pesina D.A., Khorunzhaya O.V., Kashpur V.A., Shestopalova A.V., Mallev V. Ya. Hydration of biopolymer–chlorophyllin complexes measured by microwave differential dielectrometry // 45th European Microwave Conference, Paris, France, September 6-11, 2015.
Автореферат
  1. Хребтова Г.С. Вплив лігандів на термодинамічні характеристики переходу спіраль-клубок у полінуклеотидах. – Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня канд. фіз.-мат. наук за спеціальністю 03.00.02 - біофізика. – Ротапринт ІРЕ ім. О.Я. Усикова НАН України, Харків, 20015. – 20 с.

Награды

В 2008 г. сотрудники отдела доктора физико-математических наук, профессора Малеев В.Я. и Семенов М.А. получили Государственную премию Украины в области науки и техники за цикл работ «Фундаментальні фізичні властивості біополімерів, що визначають їхнє функціонування» (выдвинута Институтом радиофизики и электроники им. А.Я.Усикова НАН Украины). Сотрудники отдела Духопельников Е.В. в 2005-2006 гг., Гладковская Н.А. в 2006-2007 г., Хребтова А.С. в 2007-2008 г., Ермак Е.Л. в 2008-2009 г. награждались Харьковской городской стипендией для молодых ученых в области биофизики им. Б.И. Веркина «Надежда Харкова». Кандидат физико-математических наук Ермак Е.Л. в 2006 г. стала победителем первого областного конкурса «Найкращий молодий науковець Харківщини – 2005», получала стипендию НАН Украины (2006 - 2008 гг.). Духопельников Е.В. в 2005-2007 гг. и Мирошниченко Е.В. 2007 – 2009 гг. получали стипендию Президента Украины. image012

Лауреаты Государственной премии Украины в области науки и техники за цикл работ «Фундаментальні фізичні властивості біополімерів, що визначають їхнє функціонування», 2008 г. (выдвинута Институтом радиофизики и электроники им. А.Я.Усикова НАН Украины) (слева направо): Корнелюк А.И. (ИМБиГ НАНУ, Киев), Семенов М.А (ИРЭ НАНУ, Харьков), Говорун Д.Н. (ИМБиГ НАНУ, Киев), Малеев В.Я. (ИРЭ НАНУ, Харьков), Патон Б.Е., Харкянен В.Н. (Інститут физики НАНУ, Киев), Сорокин В.А. (ФТИНТ НАНУ, Харьков), Христофоров Л.Н. (ИТФ НАНУ, Киев), Волков С.Н. (ИТФ НАНУ, Киев).

Сотрудничество

Сотрудники отдела биологической физики в 2010-2014 гг. проводили совместные исследования с несколькими научными и учебными организациями.

  • Севастопольский национальный технический университет, Севастополь: изучение конкурентного связывания нескольких типов биологически активных веществ с ДНК (Beshnova D. A. A novel computational approach "BP-STOCH" to study ligand binding to finite lattice / D. A. Beshnova et al. // – 2011. – 95, N.3. – P.208-216);
  • Институт теоретической физики им. Н.Н.Боголюбова НАНУ, Киев: исследование формирования фрактальных структур на пленках ДНК в присутствии ионов различных металлов при изменении их относительных концентраций (PerepelytsyaM. Texture formation in DNA films with alkalimetal chlorides / S.M. Perepelytsya, G. M. Glibitskiy, S.N. Volkov // NANOBIOPHYSICS: Fundamental and Applied Aspects, Third Symposium. – Kharkiv, 2013. – P.112).
  • Физико-технический институт низких температур им. Б.И. Веркина НАН Украины: исследования взаимодействия полинуклеотидных матриц с ионами металлов (Sorokin V.A., Usenko E.L., Valeev V.A., Berezniak E.G., Andrushchenko V.V. Interaction of Zn2+ ions with single-stranded polyU and polyC in neutral solutions // J. Phys. Chem B. (in press)).
  • Институт проблем криобиологии и криомедицины НАНУ: исследование тепловых переходов в системах ДНК-биологически активные вещества (Герус А.А. Влияние флавинмононуклеотида на взаимодействие в системе бромистый этидий –ДНК / А.А. Герус, А.В. Фомин, Н.А. Гладковская, Е.Г. Березняк,  Е.В. Духопельников, А.С. Хребтова, А.В. Зинченко // Биофизический вестник, 2014г., №1).
  • Харьковский национальный университет им. В.Н.Каразина:
    • выполнялись совместные темы НИР с кафедрой молекулярной и медицинской биофизики: «Механізми впливу фізичних факторів і біологічно активних речовин на ДНК, білки та біомембрани», «Структурні перебудови біомакромолекул і клітин при взаємодії з наночастинками і біологічно активними речовинами»;
    • кафедра биохимии: изучение особенностей формирования структуры коллагена в зависимости от уровня гидратации (Ponomarenko A.M. Changes Of Hydration Level In Type I Collagen And Glycosaminoglycans Synthesized In The Rat’s Skin Under The Mechanical Stress / A.M. Ponomarenko et al. // European Researcher. – 2013. – 44, N 3-2. – P.666-672);
    • институт химии при ХНУ имени В.Н.Каразина: изучение процессов формирования фрактальных структур на пленках ДНК в присутствии ионов серебра (Glibitskiy G. M. Interaction of DNA with Silver Nanoparticles / G. M. Glibitskiy et al. // Ukr. J. Phys. – 2012. – 57, N 7, – P.695-699).
  • Институт дерматологии и венерологии АМН Украины, исследования в рамках договора о творческом сотрудничестве: с помощью оригинального аппаратурно-регистрирующего комплекса на базе КВЧ-диэлектрометра проводятся измерения диэлектрической проницаемости образцов крови для разработки и модификации диагностики в клинических условиях ограниченной склеродермии по состоянию элементов плазмы крови (Кондакова Г. К. Комбінований вплив терагерцевого та міліметрового випромінювання на антиоксидантний статус та осмотичний гемоліз еритроцитів in vitro / Г. К. Кондакова та ін. // Дерматология и венерология. – 2010. – №4 (50). – С.33-37) и оценка сенсибилизации эритроцитов к анастетикам нового поколения (Солошенко Э.Н. Оценка диэлектрической проницаемости эритроцитов при выявлении сенсибилизации к анестезирующему средству артифрину с помощью метода КВЧ-диэлектрометрии / Э.Н. Солошенко и др. // Дерматология и венерология.– 2013.– № 3 (61). – С. 32 – 37).
Сотрудники отдела участвовали в следующих проектах:
  • Грант международной программы «Геном человека», 1991-1994.
  • Проект Государственного фонда фундаментальных исследований: проект 02.04/00759 («Дельта») – «Експериментальні та теоретичні дослідження гідратно-залежних процесів в стабілізації структури природних та модельних нуклеїнових кислот».
  • Проект 02.04/00764 («Гамма») – «Дослідження молекулярних механізмів дії гамма-опромінення на ДНК, фібриноген та міжклітинні взаємодії».
  • Проект Государственного фонда фундаментальных исследований: проект07/00004 «Дослідження фізичних механізмів функціонування макромолекул ДНК в нерівноважних умовах».
  • Грант EU INTAS 97-31753, 1999-2002: «Design, synthesis and testing of novel biologically-active molecules as potential drugs with sequence-specific binding to nucleic acids»
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 2155 «Комплексное изучение механизмов взаимодействия ионов и твердых тел и развитие количественных методов диагностировани состояния твердых тел на атомном уровне» (в сотрудничестве с Харьковским национальным университетом имени В.Н.Каразина и ФТИНТ им. Б.И.Веркина НАН Украины), 2003-2006 гг.
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 3870 «Инновационный диэлектрометр миллиметрового диапазона для определения аутентичности вин и фруктовых соков» (в сотрудничестве с научно-исследовательском Институтом «Магарач»), 2007-2010 гг.
  • ПРОЕКТ УНТЦ № 4872 «Стратегическое планирование развития Института радиофизики и электроники им. А.Я.Усикова НАН Украины», 2009-2012 гг.
  • Аpplication of dielectrometry method and modulated terahertz radiation for the development of biosensors for testing the level of water pollution by microalgae cells in aspect of solar activity (Грант Академии наук Германии (Deutscher Akademischer Austauschdienst, DAAD))
  • «Efficiency of cells membranes permeability modulation for transmembrane drugs delivery via terahertz laser treatment»,  2015 –2016 гг. Международный конкурс проектов International Agency for the Development of Culture, Education and Science (IADCES), Австралия (в сотрудничестве с  ГУ «Институт дерматологии и венерологии» АМН Украины).

Подготовка кадров

За все время существования отдела защищены 3 докторские диссертации (Малеев В.Я., 1976 г.; Семенов М.А., 1991 г.; Шестопалова А.В., 2007), 4 кандидатские диссертации медико-биологического профиля (Анохина Г.А., 1969 г.; Красницкая А.А., 1970 г.; Розенберг В.Д., 1972 г.; Древаль Н.В., 2009 г.), 20 кандидатских диссертаций физико-математического профиля (Гасан А.И., 1974 г.; Семенов М.А., 1975 г.; Кашпур В.А., 1977 г.; Щеголева Т.Ю., 1981 г.; Больбух Т.В. 1986 г.; Шестопалова А.В., 1987 г.; Стариков Е.Б., 1988 г.; Жилякова Т.А., 1991 г.; Кулешова Л.Л., 1992 г.; Круглова Е.Б., 1996 г.; Толсторуков М.Е., 1998 г.; Вирник К.М., 1999 г.; Березняк Е.Г., 2000 г.; Глибицкий Г.М., 2000 г.; Хорунжая О.В., 2004 г.; Духопельников Е.В., 2005 г.; Гладковская Н.А., 2006 г.; Борискина Е.П., 2007 г.; Ермак Е. Л., 2008 г.; Суханов О. С., 2008 г., Хребтова А.С., 2015 г.).

В настоящий момент в отделе работают 3 аспиранта (Герус А. А., Фомин А. В., Глибицкий Д. М.). В 2016 г. запланирована защита кандидатской диссертации физико-математического профиля Житниковой М. Ю., в 2017 г. – Песиной Д. А.

Сотрудники

ФИО Должность Уч.ст. Уч. звание E-mail Телефон, рабочий Место работы, комната
Шестопалова Анна Викторовна Зав. отделом №25 Д.ф.-м.н. С.н.с. shestop@ire.kharkov.ua 720-33-37 78
Малеев Владимир Яковлевич С.н.с. Д.ф.-м.н. Профессор maleev@ire.kharkov.ua 720-33-37 78
Семенов Михаил Алексеевич С.н.с. Д.ф.-м.н. Профессор semenov_ma@pochta.ru 720-33-37 77
Кашпур Всеволод Андреевич С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. kashpur@ire.kharkov.ua 720-33-06 76
Гасан Анатолий Иосифович С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. 720-33-06 75
Березняк Екатерина Германовна С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. k_berez@mail.ru 720-33-06 75
Духопельников Евгений Владимирович С.н.с. К.ф.-м.н. - dukh@ire.kharkov.ua 720-33-06 75
Гладковская Наталья Александровна Н.с. К.ф.-м.н. - nataligladkovskaya@gmail.com 720-33-06 75
Хребтова Анна Сергеевна М.н.с. - - khrebtova_ann@mail.ru 720-33-06 75
Фомин Александр Владимирович Аспирант - - alikfomin@gmail.com 720-33-06 75
Герус Анастасия Андреевна М.н.с., аспирант - - nastyona.ger@gmail.com 720-33-06 75
Хорунжая Ольга Владимировна Н.с. К.ф.-м.н. - khorunzhaya_olga@mail.ru 720-33-37 76
Мирошниченко Екатерина Владимировна М.н.с. - - kateryna.miroshnychenko@gmail.com 720-33-37 76
Песина Дарина Александровна М.н.с. - - darynapesina@gmail.com 720-33-37 76
Житникова Мария Юрьевна М.н.с. - - allusio@gmail.com 720-33-37 76
Борискина Елена Петровна С.н.с. К.ф.-м.н. - ypmelezhik@yahoo.com 720-33-37 76
Минакова Евгения Александровна Инженер І кат. - - evgenia_minakova@mail.ru 720-33-37 76
Близнюк Юлия Николаевна М.н.с. - - julia.blyzniuk@yandex.ua 720-33-37 77
Глибицкий Геннадий Марксович С.н.с. К.ф.-м.н. - glibit@ukr.net 720-36-32 Гараж, к. 1
Глибицкий Дмитрий Михайлович М.н.с., аспирант - - dima.glib@gmail.com 720-36-32 Гараж, к. 6
Колесников Владимир Григорьевич С.н.с. К.ф.-м.н. С.н.с. kolesnik@ire.kharkov.ua 5-72 Корпус ЭПО, к. 9, 10
Хмель Наталья Владимировна Н.с. К.б.н. - dreval@ire.kharkov.ua 5-72 Корпус ЭПО, к. 9, 10
Брацлавский Юрий Харитонович Инженер - - 720-33-37 2
Суханов Олег Станиславович Инженер К.х.н. - oleg.sukhanov@gmail.com 720-33-06 76
Егоров Дмитрий Олегович Инженер - - ded_yegor1987@mail.ru 720-33-37 77

Print Friendly